命令与征服：泰伯利亚之日

本作的故事发生在距离前作《命令与征服》的35年后，也就是2030年，整个世界已经严重的遭受了泰伯利亚的污染，而且严重的污染也导致了一种新的气候：离子风暴的诞生，以及进一步变异的泰伯利亚生物。而在高污染环境下，仍然有部分人类生存了下来，他们的身体发生了独特的变异使其能够适应泰伯利亚，外人称呼他们为“变异人”或者“发光者”，而他们则自称“被遗忘者”，意为被世界遗忘的人类。GDI与Nod兄弟会的战争即使经过了35年，但依然在继续。然而这次，他们所争夺的目标，却并非世界的主导权，而是一个名为“塔西佗”的数据矩阵。据说塔西佗拥有着足以从泰伯利亚的手中拯救地球的关键秘密……

2030年，GDI最高指挥中心“费城”太空站，詹姆斯·所罗门将军意外的收到了本应该在35年前被离子炮杀死的凯恩的通讯，意识到情况危急，他马上召回正在西南训练中心进行训练任务的迈克尔·麦克尼尔前往增援凤凰城基地，清除由NOD将军维迦所指挥的Nod部队并摧毁防空导弹让运输机能够护送平民撤离。

随后麦克尼尔收到小队回报，在附近发现了一座坠毁的外星飞船，麦克尼尔决定兵分两路，占领火车站阻止Nod朝飞船位置增援，随后派兵占领飞船。然而在控制飞船的途中遭遇了离子风暴，并且麦克尼尔也在飞船内遭遇了前来调查的女性变异人：乌玛贡。在短暂的交流后麦克尼尔选择暂时与乌玛贡联手，以救援变异人的领袖：特拉托斯。而作为交换，乌玛贡可以告诉麦克尼尔关于维迦的情报。

在救出特拉托斯后，特拉托斯表示凯恩已经获得了塔西佗。麦克尼尔挥师对维迦的基地进行了强攻。维迦急忙向凯恩求助却被抛弃。麦克尼尔抓住维迦想对其审问之时却发现维迦已经注射了过量毒品而自杀了，而维迦死前引爆了藏在基地内的核弹，但麦克尼尔及时逃出幸免于难。

所罗门表示Nod已经攻陷了欧洲以及占领了哈默菲斯特。然而麦克尼尔发现他的弟弟正是驻守于哈默菲斯特。再重新占领了哈默菲斯特后，麦克尼尔收到了来自于凯恩的消息，他的弟弟已经被Nod残忍的杀害了，并且凯恩已经夺取了GDI的音波水晶。所罗门要求在Nod运送音波水晶的火车到达之前把水晶夺回来。

费城已经分析得出了凯恩的意图，他企图通过发射催化导弹使地球泰伯利亚化。乌玛贡表示凯恩已经破译了塔西佗，所罗门要求麦克尼尔先摧毁导弹工厂，而乌玛贡则希望麦克尼尔救出她的同胞。麦克尼尔救出了变异人平民，随后与变异人一同切断了Nod的电力供应。在摧毁Nod导弹工厂的时候，麦克尼尔发现了Nod已经投放了新型的战机，不过依然顺利的摧毁了工厂。

特拉托斯表示是他帮凯恩破译塔西佗的，他背叛了人类，希望麦克尼尔阻止凯恩。所罗门要求麦克尼尔破坏Nod的战机生产工厂。乌玛贡自告奋勇带领小队前往破坏，然而不幸被俘并且被凯恩注射“神化”药物。而此时科迪亚克号则遭遇了离子风暴以及Nod的伏击。在恢复通讯后麦克尼尔发现了乌玛贡被凯恩俘虏，随之决定全军进发对开罗进行总攻。最终在开罗的神殿中，凯恩被麦克尼尔用钢筋插死，乌玛贡被救出，经过特拉托斯研发的反神化药物，阻止了乌玛贡的转化。

在一个战死士兵的移动终端上，一场Nod的处决大戏正在上演。安东·斯拉维克将军将要被处刑，他被现任Nod领导者哈桑指控为GDI间谍。在斯拉维克将要被处刑之际，表面上为亲哈桑电视台的记者，实际为斯拉维克的心腹的欧克桑娜·克里斯特突然发动攻击，解决了处决现场的所有士兵并且救出了斯拉维克。在回到总部之后斯拉维克亲手解决了那个背叛的士兵。然而此时哈桑却在和“费城”空间站内的所罗门将军通话，原来他才是真正的GDI间谍。

电视台播出了欧克桑娜的“死讯”，在总部中，欧克桑娜表示只要占领电视台就能使得Nod中反哈桑的派系投诚。欧克桑娜以死而复生的姿态高调出现于电视台、宣告了哈桑的反叛罪证并且鼓动众人加入斯拉维克，而斯拉维克则救出了众多反叛的将军。在准备万全之后斯拉维克对哈桑所在的开罗进行总攻并且抓住了哈桑。随后哈桑被公开处决，并且在处决现场，凯恩通过远程通讯高调宣布回归并领导Nod。

凯恩要求斯拉维克夺回位于萨拉热窝的Nod大神宫，维迦将军将会配合。在夺回萨拉热窝之后，凯恩要求斯拉维克将埋藏在大神宫地下的外星飞船开回开罗。然而在斯拉维克到达飞船机库时却发现空无一物，随后众人收到维迦的通讯，他偷走了飞船，然而却控制不了，飞船坠毁于大安的列斯群岛。当斯拉维克赶到的时候，飞船还在但塔西佗不见了。凯恩表示塔西佗才是最重要的。然而就在Nod士兵回报状况的时候却被一名变异人杀死，随后发现是乌玛贡。斯拉维克当机立断把乌玛贡抓了回来。

斯拉维克试图审问乌玛贡，但是被乌玛贡略施小计逃脱。然而Nod早就在乌玛贡身上植入了追踪器。斯拉维克的部队伪装成GDI的军队进攻变异人村落，然而凯恩收到消息称GDI拥有能逆转泰伯利亚“神化”的血清，随后凯恩指示斯拉维克去销毁这些血清。然而斯拉维克和欧克桑娜不幸被俘，面对麦克尼尔和乌玛贡，斯拉维克宁死不屈。通过在GDI内部的内鬼帮助，斯拉维克与欧克桑娜成功越狱。

凯恩很生气，他只给了斯拉维克一些测试新武器的小工作，然而斯拉维克依然出色地完成了，重新赢得了凯恩的器重。随后凯恩要求斯拉维克攻占哈默菲斯特，斯拉维克出色地完成了任务并且抓住了麦克尼尔的弟弟：杰克·麦克尼尔。在欧克桑娜的美人计之下，杰克很快屈服，将最重要的情报透露给了Nod。

Nod最终抓住了麦克尼尔并且部署了洲际导弹，麦克尼尔在斯拉维克的拷问之下，眼睁睁的看着费城空间站被洲际导弹毁灭。而凯恩则对全球发射了泰伯利亚催化导弹，地球最终被全面泰化，而凯恩，则随着泰化慢慢“升天”……

故事接续本篇GDI故事线结局。Nod兄弟会由于凯恩的死而陷入的派系倾轧的乱局，而GDI则因为特拉托斯被Nod暗杀而迟迟无法破译塔西佗，且与费城空间站连线中断而烦恼。此时，Nod的AI电脑CABAL，成为了两个派系的共同目标。但是，CABAL却有着自己的打算……而GDI与Nod，则为了自身的生存，不得不联手对敌……

凯恩死后，特拉托斯通知盖布埃拉·布卓博士，表示反神化药物失效，需要布卓博士前往开罗回收塔西佗。然而在归程之时科迪亚克号却遭遇了离子风暴而坠毁。在无法与其他基地以及费城空间站取得联系后，南十字星基地的指挥官：保罗·柯特兹中将接过了GDI的临时总指挥权限，随即命令指挥官前往开罗回收塔西佗。然而在回收塔西佗后却发现与一处居民区被泰伯利亚生物攻击，指挥官派出部队救出平民。

特拉托斯被暗杀，变异人极为愤怒，发动了暴乱，但是被指挥官雷厉风行的平息了。在特拉托斯死亡，塔西佗破译工作一筹莫展的时候，布卓博士提议抢夺Nod的战术AI：CABAL来破译塔西佗。在取得CABAL后，CABAL表示还有另外一部分的塔西佗在一群以塔西佗和泰伯利亚生物为信仰的邪教徒手上，柯特兹将军指示指挥官去取得那另外一部分的塔西佗。然而当取回塔西佗碎片之后，CABAL却背叛了，抢夺了塔西佗并且开始屠杀人类。布卓博士侥幸逃脱，柯特兹将军下令歼灭CABAL核心，但却发现是赝品。

柯特兹将军发现了CABAL正在抓走成年男子将他们改造成生化人并且屠杀老弱病残妇孺，下令要指挥官通知幸存村落的村民让他们进行防范。

凯恩死后，Nod内部派系四分五裂。安东·斯拉维克提议自己出面担任Nod的新领导。但是以马扎克将军为首的其他Nod高层却不同意。不过斯拉维克却展示了自己的铁腕手段，使其他将军不得不服气。在通讯结束后，斯拉维克要求指挥官返回开罗，回收CABAL的核心碎片并重新激活CABAL。在CABAL的提议下，斯拉维克要求指挥官利用神经毒素去“劝服”某个GDI居民区的居民，让他们将附近的一个泰伯利亚生物聚居区的泰伯利亚生物引到GDI基地以毁灭该地区的GDI。

CABAL引诱指挥官去暗杀特拉托斯，这一举动不仅引起了变异人的暴动，更引起了Nod高层内部的反弹。而斯拉维克也发现了CABAL的不妥之处，以停机为威胁。但是CABAL却发动了叛乱，除了斯拉维克外的所有Nod高层都被暗杀，而斯拉维克唯一能联系上的只有指挥官，他要求指挥官将所有Nod有生力量全部撤离。

在失去了CABAL之后，Nod缺少战术AI。斯拉维克希望指挥官前往一个GDI雷达站窃取一个GDI的战术AI：EVA，来为自己所用。随后Nod发动了一次对CABAL核心的突袭，然而突袭失败了，Nod锁定的是假核心。

走投无路的GDI与同样走投无路的Nod联系，达成了停火协议，GDI负责破坏生化人工厂截断兵力来源，Nod负责破坏CABAL的矿场截断经济来源。

最后GDI和Nod的部队会师CABAL真正的核心，意图一举歼灭CABAL，却遭到了CABAL军队的抵抗。而且，CABAL还制造出了一个恐怖的机器怪物：核心守卫者，来防御联军的攻击。最终，在弹尽粮绝之时，核心守卫者终于倒下，CABAL也被毁灭。

在CABAL毁灭之后，GDI终于与费城连上了线。而布卓博士惊奇地发现，完整的塔西佗居然开始自行破译部分数据。柯特兹进行了祝贺但是布卓却遗憾的表示如果他们的婚姻也像这样子就好了。最后，柯特兹向费城通报了好消息。

在CABAL毁灭之后，斯拉维克宣布“Nod最大的叛徒，人类最大的威胁”CABAL已经被铲除，Nod将会成为人类新的指路明灯。然而，在某个秘密的地下设施内，CABAL的备用核心仍在工作，而且培养皿内浸泡着的凯恩的身体，以及凯恩意识与CABAL的融合，预示着凯恩的回归……