我的世界：故事模式

從前，岩石之令有四大英雄：勇士蓋博、紅石工程師艾莉格拉、俠盜馬格努斯和建築師索倫。他們打敗了終界龍，拯救了世界，成為永恆的傳說。

好幾年後，傑西、奧莉維亞、艾克索和傑西的寵物豬魯奔正為終界嘉年華作準備，他們選定了要製作的建築。收集完材料後，他們朝比賽前進並選定了團隊名字。一個勁敵團隊——「豹貓隊」，想再次獲得勝利，他們把傑西一行人稱為「魯蛇隊」。儘管如此，他們還是完成了他們的建築，吸引了裁判和其他建造者的注意。豹貓隊的一個成員艾登生氣的把岩漿灑到魯奔的服裝上，使它著火併使魯奔逃到樹林中，傑西讓他的朋友/自己去找魯奔。

在樹林裡，他找到了躲在一些高草後的魯奔，但是他們被一群怪物攻擊了。在找到一條死胡同後，傑西要魯奔跑回終界嘉年華/停留。在聽到傑西的求救以後，佩特拉跑來幫傑西，他們到了附近的一個洞穴。在山洞裡，佩特拉告訴傑西她在地獄得到一個凋零骷髏頭顱，並告訴他在終界嘉年華有一個男人要她的凋零骷髏頭顱換一顆鑽石，但傑西覺得這交易很可疑。走出山洞的路上，他們在兩個方向被包圍在橋上。沒有出路，他們跳下橋並去到終界嘉年華。

回到終界嘉年華，傑西很開心他們一起贏得了這場比賽（或讓他們振作起來，如果他們失敗了），佩特拉接著要他一起到黑暗小巷交易。在巷子裡，他們與艾佛交易凋零骷髏頭顱。結果佩特拉被騙得到青金石，她和傑西試圖找艾佛討債。在大廳門口，售票員不允許他們入場，因為他們沒有票，但後來他們發現售票員害怕的是雞。他們想出一個計劃，使用史萊姆方塊打破養雞場，造成售票員分心，讓傑西和他的朋友進到大廳裡去。

在大廳裡，他們找到一個敞開的門，進去後找到了艾佛的秘密房間。傑西拉下一個控制桿，發現了兩個凋零骷髏頭顱、三個靈魂砂和指令方塊。盧卡斯告訴他們艾佛已打算召喚凋零怪風暴在人群中，他們都同意去阻止他。在他的計劃中阻止艾佛，艾佛跑到舞台上避開傑西一行人準備召喚凋零怪。蓋博對眾人演講時，艾佛出現並拉下一個控制桿，揭示凋零怪。凋零怪使用附加到其身體上的指令方塊創建凋零怪風暴。 傑西一行人、蓋博和艾佛全部撤退到蓋博的城堡，在地獄傳送門時發現。傑西開啟地獄傳送門讓他的朋友通過，傑西留下來幫助佩特拉和蓋博擊退凋零風暴。傑西試圖拯救他們，他與盧卡斯被凋零怪風暴的觸手撞回到地獄傳送門。

傑西決定找到馬格努斯/艾莉格拉，在那裡順便參加「死亡碗」/幫艾莉格拉製造指令方塊，但凋零風暴到達並破壞欣榮鎮/紅石尼亞，迫使傑西、魯奔、艾克索和馬格努斯/奧莉維亞和艾莉格拉撤退回神廟。

藥水效果消失後，他們想別的辦法去找索倫。傑西拿著護身符走來走去，偶然發現索倫在地下深處。他們挖了一個洞，經過一個通道，來到一個怪物磨床。一個苦力怕炸毀了通道的一部分，導致護身符溜出了傑西的手，落在一個平台上。和一些敵對怪物戰鬥後，傑西成功地取回護身符，但滑到了水裡，當他快死的時候，一個苦力怕正好炸毀了怪物磨床，所以他們安全地著陸。從那裡，他們被突如其來的水捲入後，不得不與更多的怪物戰鬥。好不容易逃脫後，他們找到一個出口。

在終界，他們看到了索倫的身影並跟過去。來到他的據點後，來到了一個用羊毛做的地方，但是盧卡斯生氣了，他認為這個地方什麼都沒有，擔心的事又太多，他就憤怒地走開了。而同時傑西找到了一扇暗門，他們走了進去，到達了索倫的堡壘。

在房子裡面，傑西和奧莉維亞偶然發現一些音樂在播放和門後發出的一個聲音。打開那扇門，他們發現是一個自動點唱機在播放錄音。他們很沮喪，之後奧莉維亞在房間裡搜尋一些線索，而傑西則在聽其他的錄音。一個錄音是關於索倫做了一套衣服把自己偽裝成一個終界使者，他後來找到並穿上了它。傑西還在儲物箱裡發現了一些藍圖，而奧莉維亞認為它被用來教終界使者建造東西。在房間內收集五塊黏土後，傑西出去，從終界使者那裡拿了第六塊，使得終界使者變得「沮喪」。傑西快速地完成了合成的工作，只是被另一個穿著終界使者衣服的人打了一拳。醒過來時，發現那人的確是索倫本人。索倫一開始感到懷疑，但馬上在傑西拿出護身符時認出了是岩石之令。蓋博（如果他活著）和索倫重新見面，但他們的慶祝因為終界使者瞬移到了他的房子裡而被打斷，導致他們逃離了終末之界。

傑西一行人都被迫撤退到安全區域，一邊躲避著凋零風暴的突襲一邊建造沿途的橋樑。在一個洞穴裡，他們停下休息。蓋博/佩特拉的記憶開始回復，回憶起更早些時候的某些事件，但卻又馬上忘掉。在外面，索倫和艾佛在爭吵關於凋零風暴的事，但艾佛也透露，凋零風暴是被設定跟蹤岩石之令護身符。他也表示後悔，並說他有一個解決方案，以摧毀凋零風暴內的指令方塊。之後，他們向位於邊境之地的艾佛的實驗室出發。

他們決定在沼澤休息，並在再次出發前找到了一些食物。傑西和艾佛發現附近的沼澤有一個蛋糕被放在窗口，但艾佛警告他，女巫討厭入侵者。拿了蛋糕後，女巫回到了小屋，用藥水攻擊了傑西。傑西和小隊好不容易逃脫猛攻併到達邊境之地。他們發現艾佛的實驗室的入口前面有一個迷宮。繞過迷宮後，發現一個待加工的紅石機器，夥伴因為被怪物圍攻而不得不使用紅石機器脫離。

在實驗室裡面，傑西和索倫發現了岩石之令的五個寶藏（海磷碎片、海燈籠、幽靈之淚、冰磚和一個龍蛋），並利用發現的順序來打開另一扇門，使他們到達了一個有著終界水晶的房間。傑西意識到晶體應該在終界龍被擊敗後已經爆炸，並迫使索倫說真相。他才說，終界龍實際上是被指令方塊瞬移到別的地方了，史艾佛不滿離開了岩石之令。傑西和他的一群朋友都被這個謊言震驚了，但他們還是必須擊敗凋零風暴。艾佛遞給傑西一些鑽石讓他製造鑽石武器和一本指令方塊的附魔書給他，來摧毀那個指令方塊，並把它使用在了鑽石工具上。他還使用了一套盔甲，能夠承受TNT爆炸。每個人都準備好了時，他們回到堡壘和凋零風暴戰鬥。

回到索倫的堡壘，他們試圖通過挑起終界使者使他們被凋零風暴吸走來摧毀它。終界使者能從凋零風暴那裡取走方塊，他們使用了他們所有的物品建造了一臺讓傑西進入凋零風暴體內的機器，或者一瓶跳躍藥水（取決於在沼澤小屋內玩家有沒有搜查儲物箱）。機器/藥水起作用了，將傑西和魯奔發射進/跳進凋零風暴。凋零風暴裡面，傑西和魯奔找到並發現指令方塊被四個觸角包圍著。由於傑西的附魔武器，指令方塊開始開裂，激怒了凋零怪風暴。傑西閃避觸手，並使得他/她能夠砍裂指令方塊第二次。然後，武器掉到了地上，魯奔勇敢地跳過了觸手並把武器遞給了傑西，可凋零風暴卻把魯奔打出了凋零風暴體內，傑西最後盡全力砍碎指令方塊，凋零風暴爆炸。

新岩石之令來到了叢林神廟，為了找到寶藏。解決難題後，他們找到了一樣很特別的寶藏———特殊附魔打火石，但被怪物攻擊。他們歷經艱辛終於逃脫，決定向艾佛打聽有關附魔打火石的資訊。在回來的路上，他們被烈焰棒隊找上，並侮辱他們的前隊長盧卡斯。吵了一番後，烈焰棒隊的人就離去了。

回到燈塔鎮，看到艾佛造了個會流出岩漿的房子，被其他鎮民認為是危險份子。傑西選擇將其拆除/留下。接著，艾佛、佩特拉、傑西和盧卡斯在藏寶室會面。當艾佛看到附魔打火石時，他意識到這與「永恆力量」有關，急著想去看看。他們都回到昨天發現的神廟，找到了一個傳送門，用打火石將其點燃，但烈焰棒隊搶了打火石後率先沖入，而傑西一行人則緊跟其後。

傳送門將四人帶到接近天空之城的一個島上，城市內禁止未經授權的建築。儘管如此，四人蓋了一座泥土橋通往城市。在那裡，他們遇到了某旅館的老闆麥洛，著名的天空之城居民。在他們可以得到關於烈焰桿的下落消息之前，整個城市都被要求召開緊急會議。伊莎———天空之城的創始人，聽從艾登說的謊言後，宣布要逮捕傑西一行人，但艾佛決定被抓以此進入王宮大殿，傑西選擇和艾佛、盧卡斯一起被抓/與佩特拉和麥洛逃跑。

如果傑西要一起被抓：艾佛、傑西和盧卡斯會與創始人見面，三人和創始人聊了一聊，解釋為什麼他們不是罪犯。儘管如此，創始人還是把他們關入監獄，在她弄清真相之前。但Reginald認為他們不是真正的罪犯，並且來到這裡是為了阻止烈焰棒隊，所以他釋放他們去阻止艾登。

如果傑西想逃跑：傑西、佩特拉和麥洛會來到旅館「建造俱樂部」的一個秘密的房間。它也表明，麥洛是俱樂部的領導者，但是裡面的建造者並不確定傑西是真正的建造者，他做出鐵砧/鐵魔像向他們證明。然後三人前往王宮大殿阻止烈焰棒隊。

在王宮大殿，五人見面，來到地下室。五人成功找到「永恆力量」，原來是一隻會下生怪蛋的雞。伊莎和艾登都出來阻止他們，艾登推傑西，盧卡斯和伊莎從窗台掉入虛空。伊莎很驚訝，原來，天空之城下面一直有陸地，並為之前的事情向傑西道歉。這樣，傑西和伊莎/盧卡斯回到天空之城阻止烈焰棒隊。

回到天空之城，烈焰棒隊製造了大量怪物，有地獄幽靈和殭屍，但傑西和伊莎/盧卡斯輕鬆地通過了它們。艾佛給傑西藥水，而穿過的烈焰桿的另兩個成員遇見了艾登。艾登生成兩個烈焰使者阻止傑西，但是他們都被消滅。然後艾登與傑西單挑，傑西占了上風，將艾登的劍打掉。意識到自己的命運，艾登只好投降，把附魔打火石還給他。傑西要艾登一起走/留在天空之城的邊緣，離他而去/把推下瀑布。

四人進入某座傳送門後，來到了一個墓地。其中一個墓碑上放著一本書，邀請他們來到主人的宅子。接著四個人就被數百隻殭屍包圍，但他們成功逃脫，奔向宅子。

但大樓的正門被鎖了，他們又環顧四周並打破廚房的窗戶進了宅子。在裡面，他們見到了Torque Dawg和Sparklez隊長。突然，Torque Dawg被從發射器裡發射出的劇毒藥水箭射死了，倒在了地上。莉西等人隨後迎接他們，所有的人都來到了大廳。宅子裡的人有凱西·蘿絲，以及她的寵物貓Winslow。還有丹、史丹皮和史黛西，他們聲稱自己也是被邀請函邀請過來的，接著他們來到了餐廳。

Sparklez隊長宣布，Torque Dawg剛才死了，傑西也告訴大家他的死因。隨後，他詢問任何人有關Torque Dawg的行為和性格。Sparklez隊長然後告訴他，Torque Dawg在尋找「稀有物品」——一種有著特殊附魔的打火石。傑西給/不給Sparklez隊長展示自己的附魔打火石。Sparklez隊長宣布，他們被帶到這裡，因為有人拿走了打火石。突然，Sparklez隊長掉在坑裡，大量的沙掉落，窒息死了。隨後白南瓜頭出現，然後通知大家，他要找到「他要的東西」（附魔打火石），他會一直戰鬥下去直到獲取它，即使會死一些人。凱西嚇得要離開這間宅子，但正門卻被殭屍包圍。傑西和盧卡斯隨後檢查餐廳，在餐廳的桌子上找到四個按鈕。他們發現白南瓜頭其實只是白南瓜和衣服放在了盔甲架上，看起來就像真人，可能是為了分散大家注意力。

傑西隨後依次詢問四位可能是白色南瓜的犯罪嫌疑人——丹、莉西、史丹皮和盧卡斯。丹聲稱，附魔打火石是他的，他從未見過劇毒藥水箭。而且他是一個紅石電路的新手。他找莉西詢問藥水的資訊，問史丹皮有關紅石的資訊。莉西想要附魔打火石，並聲稱她是中等的紅石專家，她是專業的煉藥高手，認為藥水箭製作過於低劣。她認為史丹皮偷了附魔打火石，而且她也去問他的藥水和紅石資訊。史丹皮說他不要打火石，丹捏造了這一切，而且他從未見過劇毒藥水箭。他去問莉西有關藥水的資訊。然而，史丹皮謊稱自己是紅石新手，而實際上，他是三段冠軍，是專業的紅石布局專家。接下來，傑西表示經過他的資訊整理，兇手可能是史丹皮/莉西/丹/沒有足夠的證據懷疑任何人。盧卡斯堅持盯住其他人，而另外三人則去廚房檢查陷阱。

在廚房裡，傑西發現印有苦力怕的畫有問題，一拳打在畫上，發現一個通道和一個控制桿。控制桿控制發射器發射劇毒藥水箭，說明白南瓜頭使用這條通道在大樓中穿梭。三個人順著通道來到了書房，傑西通過牆上一幅兔子的壁畫的小孔，發現藏在另一側壁畫後的白南瓜頭。隨後書房出現很多蜘蛛，傑西先處理蜘蛛/去找白南瓜頭，丹/史丹皮/莉西/史黛西死於被蜘蛛/白南瓜頭殺死。傑西和盧卡斯隨後爭著去大樓的東邊抓白色南瓜。白色南瓜將南瓜套在了盧卡斯頭上並逃走了。因此，大家都指認盧卡斯就是真正的白南瓜頭。隨後盧卡斯被審問關禁閉，而傑西和佩特拉則去找證據證明盧卡斯是無辜的。兩人來到了宅子的地下室的秘密入口。

四人又通過一扇傳送門，把帶入到一個惡地生態域中。傑西和佩特拉在那裡發現了一隻「超級殭屍」然後殺了它。在這發生後，又有四隻超級殭屍走向他們，並指示他們四個要跟著它們走。那些超級殭屍們接著帶領他們來到一座擁有先進文明的城市————Crown Mesa，一群後腦勺都被安裝上晶片的無自我意識居民居住的城鎮。傑西一行人之後碰到哈珀，一個與這背後的一切都有關聯的人，但是她逃走了，接著他們被四個被控制的居民找上並帶到帕瑪的面前。帕瑪是一台由大量紅石設備製成、能用意識控制任何頭上一樣晶片的生物（它把這描述為變得「有用」）的機器人。

帕瑪先表示歡迎他們來到Crown Mesa，但是發現這四人不是這顆星球的人。她就問他們一堆問題，想知道他們如何到達這裡，他們的星球又如何，但傑西一直不告訴她，她就把佩特拉和盧卡斯變得「有用」了。正當傑西險些被變得「有用」時，他和艾佛要麼用一道無法解決的數學問題/一個邏輯智力遊戲/一道謎語，來使帕瑪思緒混亂後轉移能量。傑西和艾佛兩人逃出去後和哈珀一起去她的秘密實驗室。在去她秘密實驗室的路上，他們偶然發現水能摧毀紅石晶片。在實驗室入口，三人就碰到一群被帕瑪控制的生物，其中就包括佩特拉和盧卡斯。傑西通過朝其潑水的方式拆下了佩特拉/盧卡斯的晶片。在哈珀被抓走前給了傑西一枝玫瑰，為了在她被傑西沒有拆下晶片的那個人綁架之前拿給「哈利」（一個有殭屍頭顱和唱片機的機關）。

在秘密實驗室裡，傑西把玫瑰給了「哈利」，移除放在「Margaret」的心臟裡的冰塊和給哈珀的另一個「朋友」的一個紅石火把。這讓傑西使用耳機（頭戴式受話器）來反過來控制帕瑪的侍從們，但同時也要在他被包圍時轉移到另一個侍從上。傑西趕在哈珀被變得「有用」前擺脫了綁架。她接下來告訴傑西要在她被帕瑪的控制前，前進到她的中央核心並移除紅石核心。接著三人向帕瑪的中央核心前進。

在核心內部，帕瑪與它的侍從直接面對著傑西，但是侍從輕而易舉就被消滅了。傑西為了停止連接到核心的方塊工作，之後潑水到它的上面。就當傑西快要移除紅石之心時，他又與佩特拉/盧卡斯（之前沒有拆下其晶片的那個人）對打，但是傑西將佩特拉/盧卡斯打下才終於移除了紅石之心，同時有成效地關閉了帕瑪並讓它的侍從得以從它的控制裡脫身。傑西一行人在回到傳送門走廊之前與Crown Mesa的居民們慶祝打敗帕瑪成功。

五人走上階梯後看到一扇門，突然哈珀無預警的就把他們推了下去，他們掉進了一場極限掘一死戰的比賽。在盧卡斯和艾佛/佩特拉被殺死後，傑西拔出他的劍要報仇。但他不知道這樣犯規。哈德里安、奧托和瑪維亞宣布遊戲暫停，向傑西說明「遊戲規則」。而盧卡斯和艾佛/佩特拉重生但被強迫去挖礦，而傑西和艾佛/佩特拉被安排待在選手村裡。

在選手村，傑西和艾佛/佩特拉試圖與其他選手相處，其中有人提到一個叫提姆的人，他是唯一一個能贏得比賽的人。讓Facemeat得到一塊麵包後，他就允許盧卡斯和艾佛/佩特拉離開礦坑。哈珀和奧托還告知他們是站在他們那一邊，然後四人就休息，度過這一夜。

第二天早晨，傑西和艾佛/佩特拉參加了第二天的比賽。綠隊要求休戰，傑西同意/拒絕。然後開始比賽，最終選手進入了鬥劍士的區域內。傑西勉強能活著完成，他能夠幫助奈爾（在綠隊裡）取得勝利。傑西並不知道，跟奈爾同隊的艾蜜莉在幫助海德里安消滅傑西。後來，Slab跟傑西說海德里安想要見他，傑西勉強同意。

在海德里安的辦公室裡，海德里安對傑西說他贏得了比賽。同時，傑西發現提姆只是海德里安虛構出來的人。打破一堵牆後，海德里安說他叫瑪維亞把奧莉維亞、艾克索和魯奔（第一集的售票員）抓起來了，海德里安改變了主意，說如果傑西贏了，那麼奧莉維亞和艾克索就要永遠當礦工。如果輸了，他所有的朋友都能離開，但他必須留下。傑西同意/拒絕這場交易，然後就被送回選手村。回到選手村，傑西告訴選手海德里安已經操縱了他們的比賽，還讓他們知道提姆是假的（取決於玩家的選擇），然後他們又休息了一夜。

隔天，每個人都參加了最後一項比賽「迷牆」。傑西進入了一塊積滿泥土和礫石的場地。在牆倒塌後，所有參與者都一起獲勝，這是他們早就計畫好的了。奧托為了遵守承諾，給了傑西地圖集，海德里安和瑪維亞不接受這樣的結果，就用黑曜石把奧托困住，又跟傑西戰鬥，將其殺死。傑西重生後，發現其他參賽者和傑西的朋友們都逃出來了，傑西得到了「提姆的盔甲」，最後把海德里安和瑪維亞殺死，也得到了地圖集。海德里安和瑪維亞在牢房裡重生，因為大家都開始造反，沒有人在聽命他們兩個行事了。爾傑西、艾克索、佩特拉、盧卡斯、奧莉維亞和艾佛跟大家告別後回自己的星球後把戰利品陳列。就要走的時候，傑西一行人看到艾佛拿著地圖集和附魔的打火石跑了，傑西追上去阻止/就讓他好好的冒險。

一年後，盧卡斯計畫要出版一部小說：傑西和他的朋友們度過許多艱難冒險以及他們獲得了巨大的名聲。盧卡斯完成後，傑西、艾克索和奧莉維亞對小說做出評論，盧卡斯同意一些地方做修改。接者，傑西雇用的助手———雷達前來向各位打招呼。五人走出岩石之令的總部，各自分開準備成立日的各種慶祝活動，一切都處理完後，傑西來到礦坑去見佩特拉，並交由雷達暫時負責燈塔鎮的事務。

在礦坑，傑西與佩特拉碰面並一同擊退前來搗亂的殭屍們。佩特拉為了找到一隻「神秘的猛獸」而拜託傑西一起找，順便與傑西賽跑，結果是一隻羊駝。他們抓住那隻羊駝，並意外發現了一個奇怪的手套。它在一堆礫石堆頂上，低語傑西的名字，傑西走過去時，那隻手套直接套在他的右手上，而且無論如何就是無法把它脫下。他們正站著的塔倒塌並露出一個無底深淵。傑西和佩特拉採取行動迅速地封鎖了深坑，然後穿過一個洞逃脫了。回到地表，傑西立了個警告告示牌，並走向勇士城來把羊駝帶還給史黛拉，以換回佩特拉的金劍。

到了勇士城，他們見到了史黛拉並將羊駝還給她。史黛拉接下來對佩特拉說「冒險」是一個騙局，拒絕還給她她的金劍，並且說她現在已經住在勇士城了，這讓傑西很難過。兩人覺得唯一夠本的方法是偷回金劍，他們決定與保鏢打鬥/偷偷溜進去。他們順利溜進了史黛拉的藏寶室，結果注意到佩特拉的金劍不在那裡。史黛拉尷尬地出現，然後認輸，把劍給回了佩特拉。正當他們離開時，史黛拉告訴他們這次遭遇是他們對抗的一個重要日子。

在回到燈塔鎮的路上，傑西和佩特拉封住的深坑突然爆炸，噴出了許多高壓苦力怕，不過他們輕易擊退了它們並再次封住了坑。兩人回到燈塔鎮去見傑克，他以前是一位探險家，並收集了很多寶物。他們到了厄運小徑去了「傑克和諾姆的冒險商店」。傑克告訴傑西關於海鱗石手套的事，並把他們介紹給了努爾姆，傑西請求傑克帶他們去海底神廟。傑克起初拒絕幫助他們，因為海底神廟是他對過去冒險的陰影，但最終還是同意了他們的請求。四人準備好後，傑西並請求/不要他們不在的期間讓雷達擔任代理負責人。

在去海底神廟的路上，傑克說有人認為海底神殿是由一種傳說中叫做「管理員」的生物管理的，它有著自己的一套規則。大家穿上潛水頭盔，游向海底神廟，並進入其中。進入後，他們遇到了遠古深海守衛並輕鬆逃過它們。傑西打開了謎題門，同時救出了沃斯。傑克很驚訝沃斯還活著，接著五人抵達神廟的核心部分。在盡頭，五人找到了兩個結構方塊，但傑西選擇其中一個後，另一個結構方塊就消失了，意味著只能二選一。但是接者數個海鱗石製的機器人守衛甦醒，包括巨大的海麟石像機器人管理員，並上前與傑西一行人決鬥，但他們很快的就把那些機器人打敗。傑西幫助佩特拉/傑克後，五人勉強得以存活並逃回燈塔鎮。回到燈塔鎮，傑西用結構方塊堵住了深坑，並且慶祝了成立日。就當慶典將要開始的時候，一隻巨人管理員追著傑西一行人到燈塔鎮，並說要徹底打敗他。

管理員在燈塔鎮找到傑西，並發起攻擊，破壞了燈塔鎮的許多建築。管理員用巨鐘將時間調成晚上，搶走了傑西的結構方塊並將其吞下。就在管理員要吞下傑西時，盧卡斯及時地用箭射中了管理員的眼睛，並解救了傑西。傑西發現，管理員的後腦勺有個符號，這個符號與那些機器人守衛後腦勺的符號一樣，於是傑西意識到，攻擊那個符號是能夠有效讓巨人停機的唯一方式。在緊急時刻，傑西騎上盧卡斯的馬，爬上了管理員身上，然後將其幹掉。停機的管理員掉落了大量海潾石碎片和巨鐘，傑西利用它調回白天。

事後，傑西和其他人盡力重建燈塔鎮，並且傑西將「時鐘大師」的名號給予盧卡斯/雷達，並讓他守著巨鐘。傑西碰見了傑克和沃斯，他們無意中泄露了傑西、努爾姆、佩特拉將進行一場冒險。突然，傑西和佩特拉瞥見了燈塔鎮下了雪，並揭示管理員是一個雪人。那個雪人給予傑西挑戰：燈塔鎮會陷入永夜，並陷入「管理員」聲稱的「在我的美輪美奐、無與倫比、絕望的超死亡冰宮的頭號頂峰」的怪物的伏擊中。傑西等人對抗眾多的流髑與殭屍，隨後傑西、佩特拉、盧卡斯、雷達、傑克、沃斯前往冰宮。在前往冰宮的路上，他們再度碰見了小月、史黛拉，再一次討論他們之間的「競爭」。她後來便跟著他們，以便「監視他們」。史黛拉隨後透露，雷達最初是史黛拉的庫存管理團隊的一部分，並堅持認為傑西要小心雷達有太多的領導作用。

在冰宮，雪人把他們扔進巨洞裡，傑西可以讓盧卡斯/佩特拉尋找能夠到達頂部的路。他們通過一個過山車般的迷宮，再次遇見雪人，雪人給予他們許多挑戰：射箭、跑酷、攻打雪人魔像。管理員執意認為只有一個人能贏，並把雷達丟入其他關卡，將沃斯隨機地消失。然後他們（傑西、盧卡斯、雷達/傑西、佩特拉、傑克和沃斯）用鑽石鎬挖開一條出路，並且面對許多管理員輕手打造的變種生物———終界苦力怕。傑西讓佩特拉/傑克擊破頂部的鐘，後解救被困在冰凍機關的史黛拉/對史黛拉置之不理。傑克/佩特拉到達並破壞了鐘，將地球調回正常的時間。傑克堅持要找到沃斯，其他人也幫助傑克一起找。找到後，他們發現，沃斯的真實身分竟是管理員，管理員表示，真正的沃斯早已離世。並堅持與史黛拉合作/把史黛拉留在冰凍機關中。接著，管理員把傑西一行人傳送到某個地方去。

傑西醒來後，發現自己被傳送到一個充斥著黑曜石和岩漿的地方，一個播音器告訴傑西要去沿著一條「橙色的線」以進入「登記台」。傑西照做後，他來到了一個叫「陽光研究院」的地方。典獄長見了傑西，並告訴他這座研究院實際上是一所對「異類團」的感化院。佩特拉/傑克也被傳送過來了，並與傑西一起攻擊了典獄長和其身邊的機器人守衛，以爭得了逃跑的時間。兩人與怪物們和機器人守衛跑追了一番，好不容易躲過它們的追捕，在嘗試著爬上了迷宮頂部時，不巧被機器人守衛發現並抓住。事後，典獄長將佩特拉/傑克送去「蘑菇房」，並將傑西帶到他的辦公室。

在辦公室裡，典獄長利用雷達和諾姆的性命來威脅傑西，並且把雷達置於「鋼鐵奪命機」之下，在這之下，傑西終於願意為典獄長工作/仍寧死不屈。史黛拉也出現了，又再次提到了他們之間的「競爭」 。接著三個人（傑西、史黛拉和雷達）前往蘑菇房，在裡面，他們遇見Bigbst4tz2。傑西也與許多囚犯聊天，並給雷達一塊餅乾/一碗蘑菇湯。突然，囚犯X試圖逃脫「陽光學院」，Bigbst4tz2要求四人（傑西、雷達、佩特拉/傑克和諾姆）躲進安全的牢房。佩特拉/傑克向傑西解釋說，囚犯X被鎖在這座牢房的最深處，傑西認為他們需要囚犯X的幫忙。回到蘑菇房，傑西相信如果他發現牛血做了違反規則的事情，那麼他就可以獲得晉升。典獄長向傑西解釋說，他必須剪掉哞菇身上的蘑菇才能晉升，不過傑西仍然不肯動手，而被降級為「來賓」。事後被帶到殭屍礦山。傑西發現，有一個紅石電路連接到賽納的牢房，所以需要一個控制桿，才能連結它。傑西正計劃製造一個控制桿，並與史黛拉休戰，而且打開了通往最深處的門。就在傑西即將進入囚犯X的牢房時，管理員出現了，並懲罰典獄長，將其降級為「來賓」，因為他沒有辦法控制住傑西。並要求傑西與佩特拉/傑克作戰，後兩人計畫藉此暗殺管理員，但被發現，被要求戰鬥結束。接著管理員把自己的外觀變成跟傑西一模一樣，並帶著史黛拉一起去到燈塔鎮。然後五人（傑西、佩特拉、傑克、雷達和努爾姆）去囚犯X的牢房裡尋找她。不過門關得很快，佩特拉、傑克和雷達被鎖在外面，而傑西與諾姆繼續尋找她

在囚犯X的牢房裡，她透露了管理員的本名：羅密歐。也說明自己的本名為賽娜。賽娜同意幫助傑西逃離，不過他們中的一個（諾姆或小月）必須留在牢裡，這樣炸藥陷阱才不會被觸發，許多囚犯紛紛逃離陽光研究院。典獄長對於賽娜的逃跑感到憤怒，並表示說賽娜曾是管理員。當典獄長要點燃TNT的那一瞬間，賽娜用劇毒箭矢射死他。六人（傑西，佩特拉，雷達，傑克，賽娜和諾姆/小月）與許多怪物作戰，包括管理員自創的蜘蛛苦力怕和三面地獄幽靈。然後賽娜又透露：還有另一個管理員，叫作弗來德，在他們與羅密歐的戰鬥中死亡。她還表明，剝奪羅密歐的力量的唯一辦法是去到基岩層的底下。

傑西、賽娜、佩特拉、雷達、傑克和諾姆/小月來到了基岩下方，而賽娜也表示這是她、羅密歐和弗來德第一顆建造的星球，但之後羅密歐卻用基岩覆蓋這顆星球，從此不見天日，並在塔中的某個房間把弗來德殺死。突然，一隻巨型終界使者前來要拆除塔，但他們還是成功逃脫了，並前往賽娜所說的綠洲————一座能支持自動農業種植的城市。但這座城市已經一片狼藉。莎拉在被破壞的床旁發怒。事後並告訴傑西，要回去他們的星球只能通過一個傳送門，而開啟傳送門的鑰匙這是弗來德的秘密武器。於是傑西、佩特拉、雷達、傑克和努爾姆/小月搭乘礦車前往弗來德的寶庫。

在路上，巨型終界使者毀了軌道，使得隊伍分離。傑西和傑克懸持在懸崖邊緣，然後「清道夫」們前來查看動靜。他們表示，如果傑西和傑克提供劍作為交易，他們可以幫助兩人上來。傑西考慮後，決定給予他們劍/仍然拒絕這場交易，他們幫助傑西和傑克拉到地上/傑克掉了下去，下落不明，而傑西差點掉下去時抓住一些東西而安全地爬上來。之後傑西、佩特拉、雷達、努爾姆/小月和傑克（如果傑西同意給劍）終於到達了弗來德的寶庫。

在這裡，他們見到了寶庫的主管賓塔。賓塔告訴他們，只有贏得知識競賽，他們才能進入弗來德的房子，傑西同意了。傑西通過與這裡的其他人討論來搜取關於弗來德的一些情報，因而得知弗來德最喜歡的工具是鑽石鋤、寵物雞的名字叫胡扯蛋、最喜歡的顏色是青金石藍、最喜歡的木材是樺木（賽娜先前告訴過傑西）。肯特是弗來德生前最親近的摯友，此前勝券總掌握在他手中，因此他時常自信滿滿。之後傑西贏了/輸了，他進入後在房裡開始自由地搜索武器/但他試著潛入並尋找武器。然而，「武器」事實上在弗來德的個人日記中。儘管如此，傑西相信弗來德的人民在傑西來自的星球生活會更好。在賓塔做準備的同時，傑西、佩特拉、雷達、努爾姆/小月和/或傑克向羅密歐堡進發。

去羅密歐堡的路上，礦車撞到了溝中，佩特拉、雷達、努爾姆/小月和/或傑克被由羅密歐下令謀殺傑西的守衛使用緩速藥水攻擊。在一番打鬥後，守衛向傑西表示他的真實身份就是艾弗。據艾弗所述，羅密歐給他岩石之令的護身符以追蹤到「冒牌貨」（真傑西）並將其殺死。傑西要艾弗編造一個謊言來欺騙羅密歐，而艾弗將護身符交給傑西使用。之後艾弗就在一縷白煙中消失了。

到了羅密歐堡，一行人與羅密歐的「軍隊」們對峙，結果所謂的「軍隊」只是一台唱片機。得知一行人為何而來後，那兩個成員允許一行人進入城堡，然後讓他們與有著注入熔岩、成群結隊的怪物的「羅密歐的死亡挑戰」較量。他們在挑戰中得以存活，後來到到一座小屋。小屋內，佩特拉跟傑西談道他們不能彼此溝通，但二者之後和解，把分歧放在一邊。兩人之後通過解決一個謎題，得知對抗羅密歐的武器叫做「#馬鈴薯451」的某個通關密語，然後返回綠洲。

回到綠洲，傑西點燃煙火向弗來德的寶庫的人們發信號，接著把弗來德的「武器」拿給莎拉。突然，那隻巨型終界使者又出現了，並試圖拆毀傳送門，但很快傑西就重建好了。傑西要求雷達分散終界使者的注意/要雷達跟他們一起走。一行人穿過了傳送門，回到傑西的星球。傑西、佩特拉、傑克、努爾姆/小月，以及雷達/弗來德的寶庫的人們出現在岩石之令的舊神殿旁。傑西看到遠處正在放煙火，燈塔鎮早已被羅密歐掌控了。

傑西、傑克、努爾姆/小月、雷達/賓塔、佩特拉為了避免被羅密歐發現，於是決定從連結到礦坑的洞窟回到燈塔鎮，發現羅密歐正在路上與艾克索、奧莉維亞和史黛拉談關於「JesseCon」要準備的事物，而且對任何人的態度都非常惡劣。傑西試著小聲引起艾克索和奧莉維亞的注意，致使他們還以為重影。若傑西在第四章沒把床給莎拉而是讓她反抗：當羅密歐走向燈塔鎮大門時，賽娜突然衝向羅密歐要報仇，卻反被羅密歐殺死。於是傑西、傑克、努爾姆/小月、雷達/賓塔、艾克索、奧莉維亞來到傑克和努爾姆的商店暫時躲避。在商店裡，很多東西都被掠奪，除了鞘翅。其間，原先被關在賽娜的狹小牢房裡的小月/努爾姆突然出現，隨後艾弗蹦了出來。艾弗說自己已經成為忍者，破掉了這個牢籠並把小月/努爾姆帶出來。

傑西回到燈塔鎮的中央後，觀察燈塔鎮被羅密歐管理後的模樣。許多人都表示厭惡和畏懼傑西，有時還會遇到警衛正在催人準備JesseCon活動。傑西路過肉鋪，肉鋪店主拿出三個豬排，讓傑西吃。（片頭有肉鋪店主被催殺豬的場景。殺的三隻豬正好是傑西在第一集選擇可以扮演魯賓的三隻豬。）不過傑西不吃/忍痛吃其中一個豬排。傑西遇到先前為奈爾的雕象，他選擇保留羅密歐的破壞/回復原樣。如果保留：奈爾不會發生任何事；若選擇重整：接著：羅密歐突然出現，發現雕象被還原，氣得叫機器人守衛抓走奈爾。

羅密歐要開一個所謂的「煙火晚會」，即JesseCon。此前，傑西碰到史黛拉，史黛拉認出其為真正的傑西。傑西等人闖進後台並實施一些計劃。傑西合成一些煙火。然後，傑西攜帶者鞘翅並同時放飛煙火，到達浮空塔，並放置一桶水以作通知，而艾克索和奧莉維亞則繼續主持JesseCon以引開羅密歐的注意，而實際執行比想像中還出乎意料的順利。在浮空塔裡，傑西遇見盧卡斯等人，並向盧卡斯等人解釋管理員的事情，讓盧卡斯願意相信羅密歐的陰謀並幫助傑西。傑西在浮空塔頂端，遇見了羅密歐，傑西讓山貓隊直接衝上去/說理談判。羅密歐說，他要放棄這個世界，因為人民很難「管教」，並設法用基岩封住天空。隨後，傑西、佩特拉等人進入能夠剝奪羅密歐的力量的終端。

進入終端後，傑西使用「#馬鈴薯451」的通關密語，並按照弗來德的全息影像的提示操作，得到一個黃色的手套。不料羅密歐來到了終端，同時被傳送至各個地方，一番打鬥後，最終傑西奮力的一拳，成功將羅密歐的力量消去。

在終端，傑西遇見了賓塔/雷達（若玩家在第四章選擇先帶賓塔等人離開）。終端即將瓦解，傑西帶著羅密歐離開/要羅密歐留下來「贖罪」。如果選擇帶走羅密歐：在通往傳送門的斷橋上遇到巨石機器人，羅密歐將其引走，以犧牲作為贖罪/雷達無意間也將巨型終界使者引到終端，巨石機器人將注意力轉移到終界使者上，兩者開始相互襲擊。傑西等人躲過熔岩，躍過斷橋，和同伴們一起回到了燈塔鎮。