清朝顺治六年（1649年）以鄂尔多斯部置，治所在今内蒙古自治区杭锦旗北独贵特拉。属伊克昭盟。1949年按其俗称改名杭锦旗。1940年代徙治贾达汗。1958年徙治锡尼镇，即今治。
鄂尔多斯右翼后旗，旧旗名。