何塞·华金·佩雷斯·马斯卡亚诺

1859年，智利内战结束之后，曼努埃尔·蒙特·托雷斯总统为了安抚自由党人，指定佩雷斯为总统继承人，在1861年7月举行的总统选举中，佩雷斯作为唯一的候选人被一致推举为总统，9月18日蒙特总统卸任，佩雷斯正式就职总统，1866年以88%的选票（191票）获得连任。佩雷斯的当选不但标志着智利开始向自由主义的转变，而且开始了权力的变更。议会逐渐加强了对总统权力的制约，从而开始了议会时代。

他执政期间，大赦政治犯，有助于国家经过1851年和1859年两次内战后的团结，同自由党人结盟，实行宗教信仰自由政策，1863年在圣地亚哥设立消防局，1868年规定蓬塔阿雷纳斯为自由港。同年，改良主义者特别是青年人成立了“改革俱乐部”，来促进国家政治的改革。在这期间，政府通过了新的商业法。佩雷斯政府时期，由于农业、矿业、商业和南方伐木业的发展，国家财政状况明显好转，从首都通往国内其他城市的铁路和公路的建设都有了很大进展，加上农村治安力量的加强，形成了交通便利、邮政安全的局面。智利南方的电报发送已延伸至纳西缅托等地。在国民教育方面，以增设物理、化学、生物等自然课程的改革取得了重要进展。由于经济发展，智利人口不断增加。据1865年人口普查，全国有181.9万多人，其中78%的人口居住在农村，其余40万人口生活在城市，圣地亚哥就有17万。佩雷斯执政末年，在自由党、激进党等反对党要求下，实行了一项政治改革，规定共和国总统在宪法规定的5年任期届满后，不得立即再度连任，从而结束了到佩雷斯为止先后四位总统都连任两届的历史。

智利在很早以前便对阿塔卡马地区提出主权要求，1863年，当时属于玻利维亚的滨海省发现了大量的硝石矿和鸟粪，这个地区开始有了极大的商业战略性，为了解决这个地区的主权问题，智利和玻利维亚进行了谈判，1866年，玻利维亚总统马里亚诺·梅尔加雷霍与智利政府签订了边境条约，划定南纬24度为两国边界线，将阿塔卡马地区的鸟粪开采权租让给智利公司。条约规定，凡在南纬23度至25度之间地区发现和开采的物产，为两国共同所有；这条界限模糊不清，为日后硝石战争的爆发埋下了隐患。

1863年4月，一支西班牙舰队抵达智利瓦尔帕莱索访问，访问期间双方相处十分融洽，但该舰队抵达秘鲁后，其指挥官以在秘鲁的西班牙人受到庄园主不公正待遇为由，试图干涉秘鲁内政，要求秘鲁政府按照西班牙的要求解决问题，遭秘鲁政府拒绝后，西班牙舰队占领了秘鲁的钦查群岛，封锁了部分太平洋沿岸港口，试图迫使秘鲁就范，西班牙舰队在秘鲁的所作所为在智利国内引起轩然大波，1864年9月27日，西班牙炮舰在智利洛塔港加煤时，他遂宣布煤炭为战略物资，不得出售给交战国家，同时暗中派军队支援秘鲁抵抗西班牙，1865年9月17日，西班牙舰队到达智利的瓦尔帕莱索港，要求智利鸣响礼炮21响致敬，佩雷斯认为这是西班牙对智利的侮辱，拒绝了其挑衅性要求，同时于9月25日对西班牙发动了钦查群岛战争。1866年1月，秘鲁与智利结盟，对西班牙宣战。不久之后，秘鲁、智利、厄瓜多尔和玻利维亚四国签订攻守同盟条约，共同抗击西班牙侵略。当年3月31日瓦尔帕莱索遭到炮击，智利随即进行报复，开始大量生产和进口武器装备，还使用了新式的潜水艇袭击了西班牙军队。1866年5月2日，西班牙舰队向秘鲁卡亚俄港发动攻击，但之后却遭到了几艘装备精良的秘鲁战舰的强力反击，西班牙舰队伤亡惨重，丧失了战斗力，被迫逃离太平洋，返回国内，战争结束。这场抗击西班牙的战争最终在四国共同的努力下，取得了胜利。

1871年9月18日何塞·华金·佩雷斯任满卸任，1872年他成为智利国务委员会成员，1873年3月，佩雷斯再次当选为参议员，当年6月1日正式就任参议员职务，1873年6月2日至1875年6月2日他担任参议院议长，1882年6月1日卸任参议员职务。