微生物囊

微生物囊（英語：）是微生物的休息或是休眠階段，多半是出現在細菌或是原生生物、无脊椎动物偶爾也會有此階段，此一階段是讓生物體可以渡過不利的環境變化，此階段可視為是暫停生命，生物體的代謝變慢，並且停止進食及活動等行為。包囊形成（Encystment）也有助於微生物的散播，從一個宿主移到另一個宿主，或是移到更適合的環境。若微生物囊到了適合生長及存活的環境，其包囊會破裂，此一程序稱為脱囊（excystation）。

溶组织内阿米巴的包囊期

鹵蟲（）的囊

不利的環境包括缺乏營養或氧氣、極端的溫度、沒有濕氣或是存在有毒物質等，這些不利於微生物生長的條件 [1]會讓包囊開始形成。