工部主事方登嶧之子。七歲喪母,依父客居金陵。幼好學,日夜攻讀,康熙四十八年(1709年)中進士,授内阁中书。康熙五十年,方登嶧因《南山集》牽連得罪。康熙五十二年底,登嶧攜全家赴戍黑龙江卜奎(齊齊哈爾)。在戍所著成《龍沙紀略》。有子方觀承。
方式济,字屋源,一作渥源,號沃園。安徽桐城人。