最後一戰：戰鬥進化

故事發生在一個未來的平行宇宙，一處名叫「HALO」的神秘環狀帶上。在未來，人類向太空開拓殖民地，並將勢力拓展至數個星區，但是在2527年時，一支名為「星盟」、由數個種族組成的外星人大軍突然出現，以聖戰的名義向人類發動戰爭，雙方激戰數十年，人類在星盟的科技與人海優勢下節節敗退，外環殖民星系也相繼淪陷。西元2552年八月（遊戲故事開始2天前），星盟派遣主力艦隊，攻擊人類最重要的外環軍事殖民星球：瑞曲星。即便人類投入全部可調動軍力：陸軍、太空艦隊與全體第二代斯巴達戰士：經由篩選基因與生物科技改造的精銳超級士兵進行防禦戰，但人類依然難以抵擋星盟的壓倒武力而遭到完全殲滅，瑞曲星也隨即全面淪陷，人類方武力只剩下翠鳥級巡洋艦——秋風之墩號，船上同時搭載了最後一個倖存的超級士兵：代號John-117號的斯巴達戰士（士官長）。在超級人工智慧Cortana將先前由士官長所取回的有關先行者的資料與星系圖比對，發現了一個高度吻合的地區，同時符合柯爾議定書的規定（「不可在撤退時將任何星盟部隊引向內環殖民地與地球」），因此將秋風之墩號向該區域進行了超空間躍傳。而在那裡的太空中，出現了一個神秘的人造環狀帶（此段部份於小說《最後一戰：瑞奇之隕》結尾提及）。

但在此時，尾隨而來的星盟艦隊包圍了秋風之墩號，艦長雅各·基斯（Jacob Keyes）下令迎戰並喚醒此時處於冷凍狀態的John-117號（之後以遊戲中的暱稱：士官長替代原名）。遊戲內容從此處開始。

（小說《最後一戰：短兵鏖戰》中能得知在瑞曲星淪陷之後，仍然有數名二代斯巴達戰士生還了下來，他們同時是該書的要角）

士官長從冷凍中被喚醒，此時「秋風之墩」號受到星盟的重創，基斯艦長決定將巡洋艦迫降到環狀帶上，並將Cortana交給士官長，囑咐他決不可讓她落入敵人之手。士官長之後成功從巡洋艦上逃脫，迫降到環狀帶上。集合和營救降落到環狀帶上的其他部隊以後，士官長得知基斯艦長被星盟俘虜，之後從星盟的「真理與和諧」號巡洋艦上救回了艦長，並得知環狀帶的名字，「Halo」。

Cortana得知環狀帶可能是一種武器，而一個稱為「安靜製圖機」（The Silent Cartographer）的設施可以引導他們找到「Halo」的控制室，以防止星盟利用它來消滅人類。士官長去啟動「安靜製圖機」，而基斯艦長則去調查星盟守護的一座設施。士官長通過「安靜製圖機」找到控制室之後，將Cortana傳入Halo的系統。Cortana此時發生了異常的變化，她告訴士官長「Halo」不是一個武器，並且要求他立刻去尋找艦長。

士官長來到了先前艦長要調查的設施，從而發現了「Halo」的秘密：「Halo」中有一種稱為「蟲族」（Flood）的生物，它們可以侵入並感染有高級思維活動的生物，控制它們的思想，並且將它們改造變異成具有高度攻擊性，同時仍然保留一定程度智力，可以使用觸手進行近身搏擊，並且可以操作武器、載具以至太空戰艦的形態。逃出設施后，士官長遇到了一個自稱「343緝罪者」的人工智能，它將士官長傳送到被稱為「聖堂」（The Library）的巨大建築中。343緝罪者聲稱，要消滅蟲族，必須啟動「Halo」，而這需要士官長的協助來獲得啟動鑰匙——「索引器」。

在「聖堂」內取得了索引器之後，士官長被343緝罪者傳送回了控制室，並按照它的指示啟動「Halo」。然而，留在那裡的Cortana阻止了「Halo」的啟動，並告訴士官長，343緝罪者欺騙了他，啟動「Halo」之後並不能消滅蟲族，而是消滅它們的食物——人類和星盟，銀河系內一切有智慧的生物。343緝罪者隨即反目與士官長為敵，並企圖奪回Cortana與索引器。Cortana指示士官長，炸毀了控制室附近的數個脈衝產生器，以拖延時間。此時，Cortana想出了炸毀「Halo」以阻止浩劫發生的方法，那就是使墜毀在「Halo」上的巡洋艦「秋風之墩」號的引擎過載，來造成一場巨大的核爆炸。為了達成這個目的，必須營救被蟲族感染的基斯艦長，或者取回艦長的神經植入物。

Cortana在「真理與和諧」號上偵測到艦長的訊號，並將士官長傳送到那裡。儘管艦長阻止士官長前來營救，士官長仍然突破重圍來到了艦長所在的位置。士官長發現，此時，艦長已經喪生，與蟲族融為一體。士官長從艦長的體內取回了神經植入物，回到了「秋風之墩」號。343緝罪者隨後出現，阻撓從艦長室進行的遠程操作，使得Cortana無法從遠端引爆「秋風之墩」號。無奈之下，士官長決定冒險直接炸毀引擎。最後，士官長成功地炸毀了「Halo」，並且逃脫到宇宙中。

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