核糖核酸病毒

RNA病毒可以根据它们RNA的义进一步分为反义RNA病毒、正义RNA病毒或双义RNA病毒。正义RNA病毒的RNA和mRNA很相似，因此它们能直接在宿主细胞里翻译。反义RNA病毒的RNA则和mRNA互补，所以它们必须被RNA聚合酶转变成正义RNA才能进行翻译。同样地，尽管单独的正义RNA病毒的RNA感染能力没有完整的病毒颗粒强，但是它依然可以直接感染宿主细胞。反之，纯化过的反义RNA病毒则没有感染能力，因为它们需要被转录成正义RNA才能翻译；每一个病毒颗粒都能被转录成几个正义RNA链。双义RNA病毒除了也能把基因转录成正义RNA以外，和反义RNA病毒更相似，所以在许多情况下，把双义RNA病毒归属于反义RNA病毒。[4]

1. 在自身携带的RNA复制酶作用下，以反链RNA为模板复制出正链RNA.
2. 正链RNA一部分作为mRNA，翻译出病毒蛋白质；另一部分作为模板复制出反链RNA，并组成子代±RNA.[註 1]
3. ±RNA与蛋白质组装成为子代病毒。

负链RNA病毒包括感染人类的埃博拉病毒、狂犬病病毒、甲型流感病毒和裂谷热病毒，以及感染植物的病毒, 如正番茄斑萎病毒属、纤细病毒属和弹状病毒等。[7]

1. 利用本身所携带的RNA复制酶，从反链RNA转录出mRNA，并翻译出蛋白质。
2. 在RNA复制酶催化下，由反链RNA制造出互补正链RNA。
3. 以正链RNA为模板复制病毒反链RNA
4. 反链RNA与蛋白质组装成为子代病毒。

The dsRNA Viruses

• 混合病毒科(Amalgaviridae)
• 雙核糖核酸病毒科（Birnaviridae）
• 金色病毒科（Chrysoviridae）
  • 金色病毒屬（Chrysovirus）
• 囊狀噬菌體科（Cystoviridae）
• 内源核糖核酸病毒科（Endornaviridae）
• 巨大双分核糖核酸病毒科（Megabirnaviridae）
• 分體病毒科（Partitiviridae）:双分病毒科
• 小双节病毒科(Picobirnaviridae)
• Quadriviridae
• 呼腸孤病毒科（Reoviridae）
  • 光滑呼腸孤病毒亚科（Sedoreovirinae）
    • 轮状病毒属（Rotavirus）
  • 刺突呼腸孤病毒亚科（Spinareovirinae）
• 整體病毒科（Totiviridae）:全病毒科

網巢病毒目（Nidovirales）：成套（套式）病毒目

• 动脉炎病毒科（Arteriviridae）
• 冠狀病毒科（Coronaviridae）
• 海洋病毒科（Mesoniviridae）
• 桿狀套病毒科（Roniviridae）

小核糖核酸目（Picornavirales）

• 二順反子病毒科（Dicistroviridae）
• 传染性软化病毒科（Iflaviridae）
• 海洋RNA病毒科（Marnaviridae）
• 微小核糖核酸病毒科（Picornaviridae）：小核糖核酸病毒科
• 伴生豇豆病毒科(Secoviridae)
  • 豇豆鑲嵌病毒亚科（Comoviridae）
• Bacillarnavirus
• Labyrnavirus

芜菁黄花叶病毒目(Tymovirales)

• 甲型线形病毒科（Alphaflexiviridae）
• 乙型线形病毒科(Betaflexiviridae)
• 丙型线形病毒科(Gammaflexiviridae)
• 蕪菁發黃鑲嵌病毒科（Tymoviridae）

（以下未设目）

• Alphatetraviridae
• Alvernaviridae
• 星狀病毒科（Astroviridae）
• 桿菌狀核糖核酸病毒科（Barnaviridae）
• 甜菜壞死黃脈病毒科Benyviridae
  • 甜菜壞死黃脈病毒屬（Benyvirus）-代表種：甜菜壞死葉脈變黃病毒（Beet necrotic yellow vein virus）
• 雀麥花葉病毒科（Bromoviridae）
• 杯狀病毒科（Caliciviridae）：嵌杯病毒科
• Carmotetraviridae
• 修道院病毒科（Closteroviridae）
• 黃病毒科（Flaviviridae）
• 肝炎病毒科（Hepeviridae）
• 低毒性病毒科（Hypoviridae）：
  • 低毒性病毒属（Hypovirus)
• 光滑病毒科（Leviviridae）：光滑噬菌體科
• 黃症病毒科（Luteoviridae）
• 裸露核糖核酸病毒(Narnaviridae)
• 野田病毒科('Nodaviridae')
• Permutotetraviridae
• 馬鈴薯Y病毒科（Potyviridae）
• 披衣病毒科（Togaviridae）
• 番茄叢矮病毒科（Tombusviridae）
• 帚状病毒科(Virgaviridae): 植物杆状病毒科
  • 菸草鑲嵌病毒屬（Tobamovirus）-代表種：菸草鑲嵌病毒（Tobacco mosaic virus）
  • 菸草脆裂病毒屬（Tobravirus）-代表種：菸草脆裂病毒（Tobacco rattle virus）
  • 大麥病毒屬（Hordeivirus）大麥蛋白病毒屬-代表種：大麥條紋鑲嵌病毒（Barley stripe mosaic virus）
  • 真菌傳桿狀病毒屬（Furovirus）-代表種：土傳小麥鑲嵌病毒（Soil-borne wheat mosaic virus）
  • 花生叢簇病毒屬（Pecluvirus）-代表種：花生矮叢矮病毒（Peanut clump virus）**馬鈴薯病毒屬（Pomovirus）馬鈴薯拖把（帚）狀頂部病毒屬-代表種：馬鈴薯拖把狀頂部病毒（Potato mop-top virus）

（以下未設科）

• Cilevirus
• Higrevirus
• 懸鈎子病毒屬（Idaeovirus）-代表種：覆盆子叢矮病毒（Raspberry bushy dwarf virus）（木莓；紅刺莓）
• 欧尔密病毒属(Ourmiavirus)
• 一品红潜隐病毒属(Polemovirus)
• 南方菜豆花葉病毒屬（Sobemovirus）-代表種：南方豆鑲嵌病毒（Southern bean mosaic virus）

The negative-sense ssRNA Viruses

單股反鏈病毒目（Mononegavirales）

• 玻那病毒科（Bornaviridae）博爾納病毒科
  • 玻納病毒屬（Bornavirus）
    • 玻納疾病病毒（Borna disease virus）
• 纖維病毒科（Filoviridae）
  • Cuevavirus
  • 伊波拉病毒屬（Ebolavirus）埃波拉病毒屬
    • 薩伊伊波拉病毒(Zaire ebolavirus):伊波拉病毒
  • 馬爾堡病毒屬（Marburgvirus）
    • 維多利亞湖馬爾堡病毒（Lake Victoria marburgvirus）
• Nyamiviridae
• 副黏液病毒科(Paramyxoviridae):麻疹病毒
  • 副黏液病毒亞科（Paramyxovirinae）
  • 肺炎病毒亞科（Pneumovirinae）肺病毒亞科
• 炮彈病毒科（Rhabdoviridae）杖竿狀病毒科

（以下未设目）

• 沙狀病毒科（Arenaviridae）砂粒狀病毒科
• 本雅病毒科（Bunyaviridae）布尼亞病毒科；崩芽病毒科

• 蛇形病毒科(Ophioviridae)
• 正黏液病毒科（Orthomyxoviridae）

（以下未設科）

• Deltavirus
• Emaravirus
• Tenuivirus
• 葉脈曲張病毒屬（Varicosavirus）