猿飛蒜山

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  年輕的三代目火影
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  青年的三代目火影

於第三場中忍正式考試中，他邀請了來自各國的諸侯、領主等觀看這場淘汰賽，更特意邀請了盟友砂隱村的風影一同欣賞，並設席於其旁。因為在多次推遲考試時間後，宇智波佐助仍未趕來赴考，所以一度想取消其資格，但因「風影」勸他多等一回而打消念頭。後宇智波佐助與我愛羅進行對戰期間，我愛羅忽然在這個時候人性全失。而音隱及砂隱村此時亦開始對木葉隱村發動攻擊。「風影」和他的部下把三代目火影捉到桔梗城樓之上，「風影」亦露出他的真面目，原來就是自己的學生－大蛇丸。大蛇丸的部下『音忍四人眾』更在城樓上結出「四紫炎陣」，把大蛇丸及三代目火影圍起來，作為他們對戰的地方，而結界所生之火焰令木葉暗部無法進入。三代目知道要逃出此陣不是一件容易的事。大蛇丸在對戰前曾一度流下淚來，三代目認為殺害老師的他還是會傷心，大蛇丸則聲稱只是因為打呵欠才會流淚，隨後向第三代火影發出挑戰。

戰鬥一開始，三代目使用「忍術·瓦片手裏劍」攻擊大蛇丸，但輕易被大蛇丸躲過，對方還以顏色、以「潛影蛇手」襲擊他；不過這只是他的「土替身」。三代目之後以「土遁·土流大河」、「土遁·土龍彈」及「火遁·火龍彈」襲擊大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之輩，雖然不敢再輕視三代目，但亦揚言自己不過這麼簡單被解決。大蛇丸要求三代目認真決戰來個了斷，三代目亦『應邀』脫去火影制服，顯露其忍者戰裝。不過，就在三代目使用「手裏劍影分術」之時，大蛇丸終於使用他的終極秘技 「禁忌通靈術·穢土轉生」，把三代目的老師「初代火影‧千手柱間」及「二代火影‧千手扉間」召喚出來；更一度欲把「四代火影‧波風湊」也召喚出來，但四代火影曾使用「禁忌封印術‧屍鬼封盡」拯救木葉村免受「九尾妖狐」摧殘故靈魂已由死神保管無法召喚。面對自己的兩名老師，三代目也知情況艱難，指責大蛇丸竟然還愚弄死去的兩名火影，要他們死去後還需戰鬥。

大蛇丸在兩名火影頭上插入符咒後，他們會回復肉體，但已失去任何意志，只是任大蛇丸操控的傀儡而已。初代及二代首先奔往攻擊三代，被三代擊開、及再以「火遁·火龍炎彈」攻擊他們。面對火的攻勢，擅長水遁的二代在沒有水的情況下，仍能施展「水遁·水陣壁」阻擋，再反過來以「水遁·水衝波」做成巨浪準備淹蓋三代。三代隨即利用「土遁·土流壁」築成巨岩阻擋洪水;但就在從岩石返歸城樓上之際，先後被初代拳打腳踢及被二代拉進水裡，在掙脫下才逃回土壁之上。二代目繼續向土壁上的三代攻擊，射出水柱擊潰土壁，三代再度落在城樓之上。此時初代不甘示弱，展現其「血繼限界·木遁」，使出「木遁·樹海降臨」之術，在城樓上長出樹木牢牢抓住三代。三代無法解開樹枝的纏繞，於是以「通靈」召喚出戰友「猿猴王」猿魔，並令其化為「金鋼如意棒」斬斷纏繞著的樹枝。

得到友魔「猿猴王」猿魔的協助，三代使用其化成的「金鋼如意棒」作為武器，跟大蛇丸從口中拿出的「草薙之劍·空之太刀」對戰，一度難分高下。但隨即初代及二代紛紛來犯，他沒法同時對戰三人，只好在初代及二代肢體上留下引爆符，就即被大蛇丸踢飛。大蛇丸一度走近被擊於城樓面上的三代，稱對其表示失望;三代亦一度因為想起童年的大蛇丸而流淚起來。但不久三代即重拾戰意，以敏捷身手攻擊大蛇丸，猿魔亦從如意棒中把手伸出、並欲勒死大蛇丸。大蛇丸即時化為泥濘以逃出猿魔的掐殺，並向三代展示自己臉皮底下的第二真面目--就是利用「不死轉生」、而成功侵佔肉體的年輕女忍者面孔。大蛇丸表示這只是他第二次轉生的容器，而下一個目標就是擁有寫輪眼的宇智波佐助。

三代目後引爆初代及二代身上的引爆符，以順利阻止兩者的攻擊；然而他們「穢土轉生」的肉體可立即修補過來。修復身軀後的兩名火影，即對徒兒繼續攻擊。初代使用木遁術欲再抓擊三代，但幸虧猿魔化成「金鋼牢壁」及時保護他。初代亦使用「黑夜行」（動畫為二代所使），使三代處於黑暗環境當中，並受其攻擊。三代無可奈何下，使出兩個影分身對初代及二代施行禁術 「封印術·屍鬼封盡」。初代及二代被封印時，對傷害三代之事表示遺憾；而在他們消失後，三代發現「穢土轉生」是把活人作犧牲品來復活亡者，對一向視生命為至貴的三代來說，實在不可原諒，更決心要把這個叛徒殺掉。

他召來「金鋼如意棒」，把大蛇丸手中的「草薙之劍·空之太刀」打飛，並在接近大蛇丸的情況下再次施行--「封印術·屍鬼封盡」；而大蛇丸使出「潛影蛇手」欲纏著三代，但卻纏著了其通靈獸猿魔。他對大蛇丸稱此術不單施術者靈魂會被死神吞噬而死亡，被施術者也要永遠活在死神體內受盡折磨。大蛇丸看見死神心也慌了，召回被擊飛的「草薙之劍·空之太刀」，從後偷襲三代。猿魔見狀本想握住飛往三代的劍，但因身體被蛇纏絆著，當牠拿到時已有一半刺穿三代的身軀。雙方一度對峙不下，大蛇丸不斷用劍貫穿三代的身軀，而三代亦不斷嘗試把大蛇丸的靈體從身軀扯出來。最後因為三代自知力量不夠，已無力將大蛇丸整個靈體抽出，故決定僅封印大蛇丸的雙手，使其永遠不能結印以使用忍術。他深信木葉『火之意志』一定會繼承下去，所以倒下時仍帶著微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接著便從此一睡不起。他的召喚獸 猿魔因為失去召喚者亦瞬間消失了，大蛇丸也因失去戰鬥能力、在『音忍四人眾』保護下離去。

當一眾木葉忍者趕到時，他被發現躺在城樓上，帶著安詳的模樣離世。後來他的葬禮由自童年時一起的隊友水戶門炎及轉寢小春所主持，而全村均進入一片哀悼中(尤其是他的孫子木葉丸)。下忍們亦紛紛回想起曾跟三代一起的有趣經歷，但現在想來更覺悲傷；惟有在他陵前獻上一朵鮮花，以代表對亡者最後的祝福。

在第四次忍界大戰中，在大蛇丸解除屍鬼封盡後，以白絕分身作為祭品，被大蛇丸穢土轉生，面對佐助的詢問，證實了宇智波鼬滅族的真相。在佐助決定打倒斑後與其他人一同前往戰場，而在前往戰場之前與其他3位同樣被穢土轉生的火影分別站在自己的頭雕上俯瞰著深愛的木葉之村。至戰場後與歷代火影使用四赤陽陣一同压制住十尾，但後來宇智波帶土結下人柱力之印，宇智波帶土成為十尾人柱力並破壞了四赤陽陣，後被宇智波帶土擊碎頭部，但由於是穢土轉生的身體而得以恢復，後拯救了差點被神樹吸乾查克拉的鳴人，並且和忍者聯軍一同將尾獸查克拉從帶土體內拉出。戰爭延續，宇智波斑復活，蒜山與忍者聯軍被（漩渦臉人造人[11]）包附的大和以木遁阻攔去路。斑使用無限月讀後，因其為穢土轉生而得以倖免。在主角群於大筒木輝夜戰鬥後，與其他歷任五影協助六道仙人，將主角群用通靈之術召喚回地球。最後寄語將木葉的未來交給鳴人等人後，隨著穢土轉生解除回歸淨土。