系统发生学

系统发生学（希臘語：；，现代希腊语：——种系，性别；，现代希腊语：——新生，诞生[1]。英语：），又称 系统发育学 或 种系发生学，简称 谱系学，是研究生物个体或群体（例如物种或种群）之间的演化历史和关系。这些关系是通过系统发育推理方法被发现，这些方法评估被观察到的可遗传性状，例如在这些性状的演化模型下的DNA序列或形态。 这些分析的结果是系统发生（也称为系統發生樹 phylogenetic tree）——关于一组生物的进化关系历史的图解假设[2]。系统发生树的尖端可以是生物体或化石，并代表进化谱系中的“末端”或现在。系统发生学分析已成为理解生物多样性、演化、生态学和基因组的核心。

生物分类学是生物的识别，命名和分类。 它通常由系统发生学提供丰富的信息，但仍然是一种方法论和逻辑上不同的学科[3]。

这个概念不单止用于动物种系的发生與发展，还会用在系统学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一特征的在生物发育过程中的进化这一方面。

系统发生学的研究是通过以下的手段实现：

• 化石形态学和解剖学特征的比较和研究，
• 现存生物的形态学，解剖学和生理学特征的比较，
• 生物，特别是现存生物的个体发生研究，
• DNA分析，例如测序和分子系统发生学方法。

通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系統發生樹（演化树），其中描述了各个物种之间可能有的亲缘关系。

系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和实验被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如原口类动物的几个门究竟是归到蜕皮动物（来自遗传学方面的证据）还是触手动物（形态学方面的证据）。

特征分为同源和同功两种。

• 同源，例如同源器官或是同源的行为方式，会显示出相同的躯体基本构造，因为环境的不同而进化成不同的外形或功能。同源器官的外形和功能可以相差很大。一个很好的例子就是脊椎动物的前肢。它们可以成为足，翅膀（鸟， 翼龙，蝙蝠），鳍（鱼，企鹅，鱼龙，鲸），手（人类，猿和一些恐龙），挖掘工具（田鼠，裸鼴鼠，袋鼹)。但其骨骼构造却是相似的。这些相似性只能用系统发生学的理论去解释。

同源特征证实了物种间的亲缘关系，是重构进化树的有力手段。同源现象在生物学中可以进一步分为直系同源（直系同源是指在不同物种中的某一基因來自同一祖先）和旁系同源（种系间的基因复制） 。

• 同功，例如同功器官外形的相似，功能的相同，但它们却是通过趋同演化独立发展出来开的。如墨鱼的眼睛和脊椎动物的眼睛，它们外形构造相似，功能都是感光。但透过显微镜可看到，它们的微细结构不一样。对个体发生的研究显示，它们是从不同胚层发育而来的。同功现象并不是亲缘关系的证据。