赤眉軍是中國新莽末年起事的軍隊之一,因起事者將眉毛染紅,示其別於政府軍,故稱作赤眉軍。
赤眉軍於天鳳五年(公元18年)在莒(今山東莒縣)起事,首領為瑯琊人樊崇,以泰山山區一帶為根據地,與政府軍對抗。幾年之間發展到數萬人,其中主要由農民組成,大多不識字,因此以口頭傳令為主。組織包括地位最高的三老、其次有從事和卒史等名稱,大多延用漢朝鄉官的名稱。
隨著赤眉軍的發展,在地皇三年(22年)王莽派出王匡及廉丹率約十萬軍隊進攻赤眉軍,但慘遭挫敗,赤眉軍發展到十萬人以上,勢力擴及青州、徐州、兗州和豫州各地。23年,绿林军拥戴的更始皇帝劉玄攻入長安,灭王莽新朝。赤眉軍先是願意降於更始,但雙方隨即開戰。
25年,赤眉軍兵分兩路,由樊崇和徐宣分别率領進攻關中,因篤信城陽景王一神,擁立其後裔劉盆子為帝,徐宣任丞相,而樊崇因為不識字,任御史大夫。更始軍內部也產生內爭,將領王匡投奔赤眉軍,隨即赤眉軍攻入長安,初设劉玄为长沙王,后因猜忌被赤眉所杀。
赤眉軍入長安時,经大肆抢掠,致當地殘破不堪,只能抛弃长安,走前泄愤,焚烧长安。后继续向西流浪,四處找尋糧食,至陇西时遭隗嚣大军,大败而逃,逃亡时忽遇大雪士卒損失过半,隨後被绿林军劉秀將領鄧禹擊敗,赤眉軍遂決定離開關中。公元27年,在崤(今河南洛寧)和宜陽再次被劉秀軍馮異打敗,樊崇投降,初被赦免,后欲逃出洛阳召集旧部,事泄被殺。