清朝雍正二年（1724年），通州升格为通州直隶州，为有别于直隶顺天府通州（今北京市通县），俗称南通州。下辖如皋县、泰兴县。辖区范围基本上相当于今日南通市辖境以及隶属泰州市的泰兴市。
通州直隶州是清朝江苏省的一个直隶州。
在明朝洪武初年，通州隶属于南直隶扬州府。