1999年日本職業足球聯賽

1999年赛季的J1参赛球队如下。本赛季起，横滨水手吸收合并了横滨飞翼，俱乐部正式名称改为横滨F.水手（简称仍为“横滨水手”）。

从1993年起一直实行的“金球制加时赛+点球决战”方式从本赛季开始被废止。如在加时赛后仍无法分出胜负，则判为平局。

比赛积分规则：90分钟内取胜者得3分，加时赛取胜者得2分，平局得1分，落败得0分。

因横滨飞翼与横滨水手合并，另外札幌冈萨多因J1升级決定赛落败而降入J2首个赛季，因此J1共计16支球队参与角逐。

本赛季与1998年J联赛同样，采取双阶段制，每阶段有15轮比赛（一年中与同一对手将进行主客场两轮比赛）。年度积分榜的最后两名将自动降级至J2，而前后两阶段的冠军无论积分多少，自动成为年度积分榜的前两名，并通过三得利总决赛决出年度总冠军。

第一阶段冠军为磐田喜悦，次席为川崎绿茵。

第二阶段冠军为清水心跳。从年度总排名来看，清水心跳的积分也为第一，但最后在总决赛的点球战中输给了磐田喜悦，屈居年度亚军。

此外，本赛季积分始终落后，早早决定了降级命运的平塚比马和在最后一轮因平局而积分垫底的浦和红钻自动降入J2联赛。

J联赛总决赛因三得利赞助，故冠名为三得利总决赛。

在第一阶段勇夺冠军的磐田喜悦在第二阶段表现低迷，仅排名第十二，但最终仍以第一阶段冠军身份挺进年度总决赛，并且通过点球大战，击败清水心跳，夺得年度总冠军。

在J1升级决定赛中落败的札幌冈萨多从J1降级至J2。此外，川崎前锋及其他8支球队原属于日本足球联赛，自1999年起进入J2联赛。

本赛季采取年度四轮比赛（9个对手，共36轮比赛）[1]，年度积分榜前两名自动升级至J1。另外，加时赛及积分计算与J1相同。

3月14日开幕。

本赛季升级名额的争夺主要在川崎、FC东京、大分和新潟之间展开。川崎始终保持领先，最终以冠军身份获得一个升级名额。而次席的争夺非常激烈，直到最后一轮，FC东京才超越大分，取得了另一个宝贵的升级名额。

从本赛季开始，“后援地区”制度进行调整，同一都道府县内的多个市区町村可以组成某一球队的“广域后援地区”（包括全县领域）。

J1联赛的年度排名第15位的浦和红钻和第16位的平塚比马降至J2。

J2联赛的年度前两名的川崎前锋和FC东京升入J1。