2019冠狀病毒病東京都疫情

1月24日，東京都内出現首宗確診個案，為來自中華人民共和国的40多歲男性旅客，住在湖北省武漢市[3]。這是繼1月15日神奈川縣出現的個案後，全國第2宗確診個案[3]。患者訪日前曾2次去醫院求診，均未被診断為肺炎；抵達日本後，1月20日在日本国内的醫院求診，亦未診断為肺炎[3]。由於發燒及咽頭痛持續，1月22日再次就診，發現有肺炎，轉介至都内的醫院，入院[3]。入院後情況穩定[4]，及後出院[1]。

2月，東京不少民眾戴上口罩

2月13日，一名住在東京都内的70多歲男性的士司機，COVID-19測試呈陽性[69]，為都内第4宗確診個案[5]，亦是首宗住在東京都的日本公民個案[69]。他沒有外遊記錄[69]，的士亦未接載過中国人乘客[5]。

3月，不少市民毋懼疫情，到東京上野公園賞櫻

3月24日，東京都内再多18宗確診個案，累計171宗，超越162宗確診個案的北海道，成為全國最多確診的都道府縣[70]。

3月26日，東京都依新型流行性感冒等對策特別措置法，設置「東京都新型冠狀病毒感染症對策本部」[6]。

3月28日，再多63宗確診個案[71]。由於直至27日已連續3日單日新增個案超過40宗，為遏制疫情，東京都已請求民眾避免外出。

3月29日，再多68宗確診個案，再創單日新增個案新高，當中20多人與台東区醫院有關[72]。同日深夜，23日確診的藝人志村健於都内的醫院病逝[73]。

3月31日，再多78宗確診個案[74]，當中49人感染路徑不明。

東京實施緊急事態下，平日繁華熱鬧的銀座變得非常冷清，商店也停止營業

東京著名景點淺草寺遊人大幅減少，只有一間小吃店繼續營業

4月1日，再多66宗確診個案，當中38人感染路徑不明[75]。

4月2日，再多97宗確診個案，當中33人感染路徑不明[76]。

4月3日，再多89宗確診個案，當中55人感染路徑不明，另有2名永壽綜合醫院住院患者死亡[77]。

4月4日，再多116宗確診個案，當中81人感染路徑不明，另有永壽綜合醫院患者3人等5人死亡[註 1]。

4月5日，再多143宗確診個案[79]，當中47人是確診個案的密切接触者，4人從海外回国，92人感染路徑不明[81]。東京都確診個案超越1000宗，累計1033宗。

4月6日，再多83宗確診個案，當中73人感染路徑不明[82]。安倍首相表示將於4月7日發出緊急事態宣言[83]。

4月7日，再多79宗確診個案，當中57人感染路徑不明，另有在永壽綜合醫院住院的90多歲女性1人死亡[84][註 2]。

4月8日，东京都新增新冠肺炎感染人数144例[86]，當中95人感染路徑不明，另有永壽綜合醫院住院患者3人等4人死亡[85]。

4月9日，再多178宗確診個案，當中122人感染路徑不明，另有70多歲男性1人死亡[註 3]。

4月10日，日本东京都知事小池百合子要求东京都内6类行业和设施停业[88]。

4月10日，再多187宗確診個案，當中147人感染路徑不明，另有4人死亡[註 4]。

4月11日，再多197宗確診個案，當中152人感染路徑不明[92][93]。

4月12日，再多166宗確診個案，當中87人與中野区的中野江古田醫院有關，64人感染路徑不明[94]，另有2人死亡[95]。

4月13日，再多91宗確診個案，當中76人感染路徑不明[90]。

4月14日，再多161宗確診個案，當中105人感染路徑不明，另有永壽綜合醫院住院患者4人等5人死亡[96]。

4月15日，再多126宗確診個案，當中45人是密切接触者，2人是海外回国者，79人感染路徑不明，另有6人死亡[註 5]。

4月16日，再多148宗確診個案，當中103人感染路徑不明[註 6]。

4月17日，再多201宗確診個案，當中134人感染路徑不明[98]。

4月18日，再多181宗確診個案，當中124人感染路徑不明，另有5人死亡[100]。

4月19日，再多107宗確診個案，當中67人感染路徑不明，另有3人死亡[101]。

4月20日，再多102宗確診個案，當中77人感染路徑不明，另有永壽綜合醫院住院患者3人等6人死亡[102]。

4月21日，再多123宗確診個案，當中42人是密切接触者，81人感染路徑不明，另有4人死亡[103]。

4月22日，再多132宗確診個案，當中52人是密切接触者，77人感染路徑不明[104]。

4月23日，再多134宗確診個案，當中85人感染路徑不明，另有女演員岡江久美子等6人死亡[91]。

4月24日，再多161宗確診個案，確診個案的密切接触者86人中，有26人與練馬区的練馬光丘醫院有關，另有75人感染路徑不明，永壽綜合醫院住院患者4人等6人死亡[105][106]

4月25日，再多103宗確診個案，當中42人是密切接触者，61人感染路徑不明，另有永壽綜合醫院住院患者2人等7人死亡[107]

4月26日，再多72宗確診個案，當中52人感染路徑不明[108]。

4月27日，再多39宗確診個案，當中15人感染路徑不明，另有練馬光丘醫院住院患者2人等6人死亡[109]。

4月28日，再多112宗確診個案，當中69人是密切接触者，1人是海外回国者，42人感染路徑不明，另有墨東醫院住院患者1人等2人死亡[110] [111]

4月29日，再多47宗確診個案，當中17人是密切接触者，3人是海外回国者，27人感染路徑不明，另有9人死亡[112] [113]。

4月30日，再多46宗確診個案，當中31人是密切接触者，15人感染路徑不明，另有3人死亡[114] [115]。

5月15日，東京都確診個案超過5000宗[116]。

6月2日，考慮到5月下旬起，疫情再次有擴大傾向，東京都自行發出警戒資訊「東京Alert」[117]。11日，因疫情降至警告標準之下，「東京Alert」解除[118]。

6月27日，東京都確診個案超過6000宗[119]。

7月1日，再多67宗確診個案。

7月2日，再多107宗確診個案，當中45人感染路徑不明。自5月2日以来，新增個案2個月來再度超過100宗[120]。

7月3日，再多124宗確診個案。

7月4日，再多131宗確診個案。

7月5日，再多111宗確診個案。

7月6日，再多102宗確診個案。

7月7日，再多106宗確診個案。

7月8日，再多75宗確診個案，累計確診個案超過7000宗[121]。

7月9日，再多224宗確診個案[122]。

7月10日，再多243宗確診個案，創下東京都單日確診個案数新高。

7月11日，再多206宗確診個案。

7月12日，再多206宗確診個案。

7月13日，再多109宗確診個案，累計確診個案超過8000宗。

7月22日，東京都累計確診個案超過10,000宗[123]。

東京都表示，病毒檢測或抗原檢測確認「陽性」後，需要花3日左右，才會被都公布[124]。原因是統計方法傳統，医師需要填寫「新型冠狀病毒感染症發生報告」，傳真至保健所，保健所確認内容後，再傳真至東京都感染症對策部。東京都每日發布早間9時前報告的人数[124]。

2020年1月18日，都内一間個人的士組合支部在屋形船舉行新年会；2月14日，出現多宗曾參加新年會的確診個案[125][126]，當中2人與2月13日確診的70多歲男性的士司機有關聯[125]。新年会舉行数日前，屋形船員工曾接待來自武漢市的旅客[125]。

2020年3月25日，東京都台東区規模最大的永壽綜合醫院，出現十多宗住院患者及護士感染個案[127]，東京都指這是都内首次出現懷疑院内集體感染案例[127]。台東区区長服部征夫宣布設立由医療機構人士組成的台東区新型冠狀病毒感染症對策協議会，並在同醫院及区層面開設專用諮詢電話，分別面向曾去這醫院就診的人士及区民[128]。分析認為，這處疾病叢聚的源頭可能來自屋形船[129]。

醫院此後亦陸續有人確診，截至5月9日，已有患者131人、職員83人（常勤医生8人，護士、護士助手60人，事務員、技師、委託業者等15人），共214宗確診個案，當中42名患者死亡[130]。

2020年4月9日，墨田区的都立墨東醫院有1名患者及1名委託職員確診（14日公布），截至4月28日，已有患者13人、職員27人、委託職員3人，共43宗確診個案，當中4名患者死亡[131]。

2020年6月25日至7月5日，東京都新宿区的新宿Theater Moliere上演舞台劇「THE★JINRO―美男人狼偶像是誰!!―」，演員、員工及觀眾中發生30人以上的集團感染，相信是首個與劇場表演有關的疾病叢聚。考慮到劇場規模較小，表演時處於密閉状態，且出現身體不適的演員後，主辦方懷疑仍堅持上演，而部分演員又與在場等候的支持者握手及簽名，包括演員、觀眾在內，所有相關人士均成為密切接触者，顯示可能未能保持社交距離，東京都有意向会場及主辦方調查詳細状況[132][133][134]。