AMBER力场
AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Peter Kollman课题组,最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的,计算其力场参数的数据均来自实验值,后来随着AMBER力场的广泛应用,包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富,逐渐开发出了一个可以用于生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲,AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算,其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。
原作者 | Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
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開發者 | UCSF |
初始版本 | 2002年 |
穩定版本 | Amber16, AmberTools16 (2016年4月30日 ) |
编程语言 | C, C++, Fortran 95 |
操作系统 | Windows, OS X, Linux, Unix, CNK |
系統平台 | x86, Nvidia GPU, Blue Gene |
文件大小 | 视情况 |
语言 | 英语 |
类型 | 分子动力学 |
许可协议 | Amber: 专有软件 AmberTools: GPL, 公有领域, 其它开源软件 |
网站 | ambermd |
AMBER力场的势能函数形势较为简单,所需参数不多,计算量也比较小,这是这个力场的一大特色,但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能,用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能,选用Lennard-Jones势来模拟范德华力;用库仑公式来描述静电相互作用,其势能表达式为[1]:
现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场,其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外,还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
参考资料
- Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. . J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002.
分子力场 | ||
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