RmYN02病毒

2019年5月至10月，研究人員在中國雲南省勐臘縣採集了302件蝙蝠皮膜與糞便標本[註 1]，將樣本分組後，以一種已知的SARSr-CoV病毒Cp/Yunnan2011（JX993988）為參考序列，將樣本進行次世代元基因組測序，發現樣本中含有兩個新病毒株的基因組，以其宿主學名（Rhinolophus malayanus）、採集地點（雲南）與時間（2019年）命名為BetaCoV/Rm/Yunnan/YN01/2019與BetaCoV/Rm/Yunnan/YN02/2019，分別簡稱為RmYN01與RmYN02。RmYN01為23395nt的不完整序列，RmYN02則為29671nt的完整序列[1]。

RmYN02病毒與嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的全基因组核酸序列相似度為93.3%[註 2]，稍低於RaTG13病毒與SARS-CoV-2的相似度96.2%。RmYN02病毒與SARS-CoV-2基因組的多數區域相似度均高於96%，兩者複製酶1ab的核酸序列相似度為97.2%，是已知複製酶與SARS-CoV-2最相似的病毒。但兩病毒刺突蛋白（S）基因的核酸和胺基酸序列相似度分別只有71.8%與72.9%，其中與宿主細胞受體血管紧张素转化酶2（ACE2）結合的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）胺基酸序列相似度僅有62.4%。相較之下，RaTG13和SARS-CoV-2刺突蛋白核酸與胺基酸的相似度分別為92.9%與97.4%[1]。

和SARS-CoV、SARS-CoV-2、RaTG13與穿山甲冠狀病毒相較之下，RmYN02病毒的RBD有兩段序列缺失，可能會影響其與宿主細胞受體ACE2的結合能力。而SARS-CoV-2的RBD中與ACE2結合所需的6個關鍵胺基酸中[註 3]，RmYN02與RaTG13皆只有一個位點和SARS-CoV-2的相同，2019年發現的穿山甲冠狀病毒（pangolin/GD/2019）和SARS-CoV-2全基因組序列的相似度雖較低，但兩者RBD的胺基酸序列相似度高達97.4%，且6個關鍵位點的胺基酸均與SARS-CoV-2相同[1]。

SARS-CoV-2的刺突蛋白S1、S2次單元間有一脯胺酸-精胺酸-精胺酸-丙胺酸（PRRA）的插入序列，不見於類似的病毒中，此序列可被弗林蛋白酶切割而增加感染效率，有觀點認為此插入不尋常，可能顯示SARS-CoV-2是人工於實驗室中製造的產物，而非自然產生。RmYN02病毒在該區有一脯胺酸-丙胺酸-丙胺酸（PAA）的插入序列，是相關病毒中除SARS-CoV-2外唯一具有插入序列者，雖序列與其不同，應是獨立演化而來，但該序列的存在顯示此類插入序列可在野外自然發生[1][4]。

以病毒全基因組序列繪製的系統發生樹顯示RmYN02與SARS-CoV-2的關係最接近，共同組成一個演化支；以複製酶序列繪製的系統發生樹中RmYN02和RaTG13為一演化支；以S基因與RBD序列繪製的系統發生樹中RmYN02與SARS-CoV-2的關係則較遠。這些病毒中各區域序列的相似度不一致，顯示它們可能曾發生基因重組[1]。