UniProt

UniProt(聯合的蛋白)是一个全面的,高质量的,免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库,许多内容来自基因组计划,它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。



聯合的蛋白
内容
有機體所有
相關信息
研究中心英国EMBL-EBI、瑞士SIB、美国PIR
访问入口
数据格式Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML.
网站www.uniprot.org
下載地址www.uniprot.org/downloads&用於下載完整的數據集ftp.uniprot.org
網絡服務地址是 – JAVA应用程序接口在這裡看到信息&表現層狀態轉換在這裡看到信息
工具
Web高級搜索,BLASTClustalO,批量檢索/下載,ID映射
其他
许可創作共用署名-禁止改作
版本
數據發佈頻率4周一次
管理政策是 – 手動和自動。 數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。
可否列為書籤是 – 個別蛋白質條目和搜索

UniProt共同体

UniProt共同体由欧洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所,以及美国Protein Information Resource组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国茵格斯顿Wellcome Trust Genome Campus,拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦,维持專家蛋白質分析系統(Expert Protein Analysis System,一个蛋白质组学工具和数据库资源中心)服务器的运作。2002年,EBI,SIB和PIR联合成为UniProt共同体[1]

UniProt数据库的根源

每个共同体成员都积极参与蛋白质数据库维护和注释。 直到最近,EBI和SIB一起生产了Swiss-Prot和TrEMBL数据库,而PIR生产了蛋白质序列数据库(PIR-PSD)[2][3][4]。 这些数据库与不同的蛋白质序列覆盖和注释优先级共存。

参考文献

  1. . National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. (原始内容存档于2015-09-24).
  2. O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. . Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275.
  3. Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. . Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487. PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.
  4. Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. . Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542. PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.

外部链接

维基数据中的相关属性:
  • UniProt ID (P352)使用情况
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