主要组织相容性复合体

第一类主要組織相容性複合體由一个跨越细胞膜的α链和一个连在这个链上的、细胞外的β2微球蛋白组成。整个分子由四个区组成，其中三个区位于α链上（α1-α3），β2微球蛋白组成第四个区。分子位于细胞外的部分（α1和α2）组成一个凹坑，肽可以粘在这个凹坑里。粘在这里的肽一般是在蛋白酶体里被拆除的蛋白质的残片。免疫细胞（比如CD8+-T细胞）可以检验这些被粘在细胞表面的肽来区分自身和外来的细胞。在人类，第一类MHC又称第一型人類白細胞抗原分子，在几乎所有有核细胞表面均有分布。这些分子又可以细分为HLA-A、HLA-B和HLA-C。

第一类MHC分子可以提供一般細胞內的一些狀況（呈現該細胞製造中蛋白質的片段），比如該細胞遭受病毒感染，則相病毒外膜碎片之氨基酸鏈（peptide）透過MHCⅠ呈現在細胞外側，可以供殺手T細胞（细胞毒性T细胞）等辨識，以進行專一性的胞殺作用。

第二类主要組織相容性複合體由一个α链和一个β链组成，两个链都穿过整个细胞膜。在细胞外这个分子有四个区（α1、α2、β1和β2），其中α1和β1组成一个凹坑。第二型主要組織相容性複合體比第一型主要組織相容性複合體稍大些。只有吞噬性的细胞（比如吞噬细胞）的表面有第二型主要組織相容性複合體（第二型人類白細胞抗原）。在巨噬过程中被溶酶体分解的蛋白质的肽被粘在第二型主要組織相容性複合體的結合位中。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。

只位於抗原呈递细胞（antigen-presenting cell，APC）上，如巨噬細胞、B細胞、已活化的T細胞、樹突細胞和某種上皮細胞（皺壁上皮細胞，M細胞）等。這類提供則是細胞外部的情況，像是組織中有細菌侵入，則巨噬細胞進行吞食後，把細菌碎片利用MHCⅡ提示給輔助T細胞，啟動專一性免疫反應。

第三类主要組織相容性複合體的基因位于前两类之间，其分子主要参与补体系统。