准噶尔灭族

清兵佔領西域後，準噶爾下屬部落頭領時叛時降，反覆無常，使清軍損兵折將。乾隆皇帝因此認為其“豺狼成性”[3]，下令將叛亂部落盡行剿滅，“永絕根株”。實際上被下令剿滅的只是參與叛亂的部落，如噶勒藏多爾濟、巴雅爾、阿巴噶斯、哈丹、沙喇斯等部，以及淪為小股強盜山賊的“瑪哈沁”（在紀昀《閱微草堂筆記》中有描述），但清軍在清剿過程中，有誤殺、濫殺無辜的现象。由於清軍中多喀爾喀蒙古人，對入侵喀尔喀的準噶爾人恨之入骨，剿殺不遺餘力。還有已經歸附清朝的部落，如沙克都爾曼濟，因被大臣雅爾哈善懷疑叛亂，被清軍誤殺。沒有反叛的部落被編旗，有的還被派到回部作戰。今只有伊犁州昭蘇縣、塔城地區和蒙古國西部仍有準噶爾殘部的末裔。

以俄國歷史學家兹拉特金《准噶尔汗国史》、台灣作家柏楊《中國人史綱》[4]為代表的一些著作及文章認為，乾隆皇帝在消滅阿睦爾撒納後，命令兆惠對準噶爾部落進行了大屠殺，造成準噶爾部落的種族滅絕。兹拉特金的记述更为夸张：“所有史料一致指出，大批卫拉特居民被屠杀，这是清军司令部有计划进行的。……切列潘诺夫编年史肯定：在准噶尔‘人、畜全部被杀绝无遗，连俘虏也不放过，只有那些能够逃入俄罗斯边境的人才得了救。’”[5]這種說法可以上溯至清代魏源的《聖武記》[6]：

「王師初入，兵不血刃，矢不再發，而天不許也。王師再入，師則屢次，壘則再因，而天又不許也。幾大幸，又幾大不幸，一激再激，以致我朝之赫怒，帝怒於上，將帥怒於下，合圍掩群，頓天網而大獮之，窮奇渾沌檮杌饕餮之群，天無所訴，地無所容，自作自受，必使無遺育逸種於故地而後已。計數十萬戶中，先痘死者十之四，繼竄入俄羅斯、哈薩克者十之二，卒殲於大兵者十之三，除婦孺充賞外，至今惟來降受屯之厄魯特若干戶，編設佐領昂吉，此外數千里間無瓦剌一氈帳。」

準噶爾部人口因清軍的種族屠殺而大量滅絕。另有餘部份準噶爾部民被編入八旗（或遷徙到漠北等地），成為清軍的作戰力量，如八旗察哈爾。

投降清軍的準噶爾、輝特部落大多被編入八旗。早年率眾來降者被安置於熱河、漠北。乾隆二十年（1755年）以後歸降者，改準噶爾之名為整個漠西蒙古的部落名額魯特，就地安置，駐紮在新疆伊犁、塔爾巴哈臺以及科布多：

• 額魯特部
  • 額魯特貝子旗、額魯特前旗，附牧於喀爾喀土謝圖汗部，後改屬賽音諾顏部。
  • 伊犁額魯特八旗
    • 正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正藍旗、鑲藍旗、正紅旗、鑲紅旗
  • 塔爾巴哈臺額魯特旗
  • 額魯特總管旗（科布多額魯特部）
• 輝特部
  • 輝特旗，附牧於札薩克圖汗部。
  • 輝特下前旗、輝特下後旗，附牧於杜爾伯特部 (綽羅斯氏)