吴其昌（1904年－1944年2月23日），字子馨，号正，浙江嘉兴海宁县硖石镇人。著名历史学家。其弟吴世昌是著名红学家。
吴其昌幼年双亲皆失。1925年，吴考入清华学校研究院，师从王国维、梁启超。1928年任南开大学讲师，后任清华大学讲师。1932年任武汉大学历史系教授，后因抗战随校迁至四川乐山，旋兼历史系主任。1944年因肺痨咯血病逝。