日本足球聯賽 (1999年以後)

日本足球聯賽 （日本フットボールリーグ，Japan Football League）是日本足球協會聯賽賽制的第三級聯賽，簡稱為JFL。它通常被認為是日本的頂級業餘聯賽，可是實際上，它是一個半職業聯賽，很多全職的球員在此聯賽中作賽。

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1999年前，日本足球聯賽系統分佈為：職業聯賽(第一級，職業聯賽系統只此一級），JFL(第二級)、地區聯賽（第三級，地區聯賽以下級別省略）。1999年職業聯賽新設乙級聯賽（J2），成為聯賽系統（同時為職業聯賽系統）第二級。1998年賽季的9支前JFL球隊，加入了J2。另外7支球隊、因橫濱水手和橫濱飛翼合併而另創的橫濱FC及1998賽季地區聯賽總冠軍橫河電機則留在新JFL，成為第三級聯賽。

參加第一個賽季9支球隊包括：日本電裝、本田、Jatco FC、國士館大學足球隊、水戶蜀葵、大塚製藥FC、索尼仙台、橫濱FC和橫河電機。

其後參賽球隊數量由9支增加至12支，2001年達到16支。在2002年有18支球隊，但2003年回復至16支，並在2006年重新增加至18支。由於高崎藝術退出，2012賽季只有17支球隊作賽。

大部份球隊都是日本公司所屬的業餘球隊。職業聯賽球隊的B隊（例如岡山綠雉B隊）也可參加，但只有持有日職聯牌照的A隊，才可升級至職業聯賽系統。

日本丙組職業足球聯賽(J3 League)於2014年成立後，日本足球聯賽雖然與J3同屬第3級聯賽，但實際是第4級聯賽，因為進入職業聯賽系統的其中一個規定是，每季前四名JFL球隊，成績最好的兩隊日職聯百年計劃加盟球會，便可於來季轉到職業聯賽系統最低級別參賽（現時為J3）。但奪得地區聯賽（官方的第4級聯賽）總冠軍的加盟球會卻不可因而直接進入職業聯賽系統，只能升至而JFL。2013年度地區聯賽總冠軍盛岡仙鶴則屬特例。
首屆（2014年）J3有12隊參賽，以2013年度J2自動降級→J2/JFL附加賽敗方→JFL→地區聯賽總決賽最終名次→地區聯賽總決賽分組賽名次，加上日職聯U22選拔隊組成。J2第22名鳥取飛翔雖避免自動降級（JFL冠軍長野帕塞羅只持有J3牌照，不能參加J2），但附加賽仍敗於讚岐（持有J2牌照），連同長野在內共9隊於JFL的加盟球會及選拔隊，仍只得11隊。因此，最後一個名額由最終名次（盛岡→山口→沼津）依次替補。盛岡因以此特例"跳級"升至J3。