深大站

深大站的結構共分兩層，下層為兩個月台，以島式月台形式排列，而上層則為車站大堂。車站設有兩條軌道。本站西南側設有一條存車線，當1號綫西段出現故障時，往機場東站的列車將會通過此存車線折返，以本站為臨時總站，2011年6月15日前本站仍為1號線終點站時便使用存車線折返1號線列車。

樓層

地面（F1）		出入口
地下一層（B1）	站廳	站廳、售票機
地下二層(B2)		█1号线 往机场东 （桃園）
	島式月台，左邊車門將會開啟
		█1号线 往罗湖 （高新園）

出入口

深大站共設有五個出入口，其中D出口位于深铁金融科技大厦内。

编号	建议前往的目的地
	深南大道南侧。
	深南大道北侧、滙景豪苑。
	深南大道北侧、深南花園、科苑路。
	高新技術產業園區W1-A及B棟、科技南一路、深圳大學小東門，深圳公交深大地铁站。
	科苑路西侧，深铁金融科技大厦，中国储能大厦，深南大道南侧

深大站C出口（旧设计）

深大站車站大堂

深大站在深圳地鐵二期工程1號線（深大站 — 機場東站）續建段建成啟用前曾是1號線西面的終點站。

由於該站距離深圳大學北門約800米，而距離正門甚遠，車站位置亦位於深圳大學外圍，被指極易誤導乘客，相反，該站距離深圳高新科技園甚近，因此深圳市民要求將“深大站”改為“高新園站”， 而1號線上的高新園站亦被指站名與地方不符的問題，因此部分市民亦要求將“高新園站”改為“大沖站”。該站C出口距離深圳大學小東門幾十米，A出口則距北門約800米，但距離正門甚遠，建議去往深圳大學正門的乘客不應在深大站下車，應在桃園站下車，在A出口沿桃園路往東走即到正門。

深圳地铁13号线经过本站，在科苑南路新增地下岛式月台，相关工程预计2022年完成，届时本站将成为换乘站，方便居住在西丽、白芒、石岩街道的市民前往深圳高新园。不过由于1号线建设时没有预留，两者将以通道换乘形式换乘。