绀碧舰队

後世日本，擁有前世記憶的同志發起政變，另組新政府。日本取消了超級戰艦大和號的計畫，建造了全新的潛水艦隊『紺碧艦隊』。藉著紺碧艦隊的活躍，在開戰當初擊滅了美國太平洋艦隊，並將其中的戰艦俘虜改造為『紅玉艦隊』，並佔領夏威夷群島為據點。其後，藉著新開發的局地戰鬥機『蒼萊』，擊滅了空襲日本的美軍戰略轟炸機B-30（類似現實上的B-29），並於荷蘭港一役中擊潰美軍新太平洋艦隊，全殲駐澳洲的第八艦隊，迫使澳洲政府孤立並開始轉向親日。

隨後美軍雖然使用B-36和平締造者轟炸機『飛行惡魔』的機載火箭彈重創高杉艦隊，但在比叡號戰艦的活躍下，將B-36的機場予以擊破。隨後日本藉由紺碧艦隊的海上補給，以特遣轟炸機成功奇襲美國洛斯阿拉莫斯国家实验室，毀滅原子彈工廠，美國總統小羅斯福氣憤而死。隨後艾森豪接任美國總統，由於納粹德國的壓力，日美轉向和談。納粹德國在歐洲連戰連勝，日本接納穿越西伯利亞流亡而來的猶太人，其中包括愛因斯坦等知名科學家，並割讓庫頁島南部予猶太人建國。但根據史實，愛因斯坦二戰前已移居美國。

隨著納粹德國的獨大，美英日開始和解，日本對德國宣戰。隨後劇情主要的敵方角色轉變為納粹德國。日本發動超巨大飛艇，襲擊了德國內地的原子彈工廠，再次延緩納粹開發核武的進程；並成功迎擊德軍的超重型戰略轟炸機，將之擊墜。此時納粹德國已佔領全非洲，德日兩軍在印度洋一帶衝突。藉著紺碧艦隊的活躍，在紅海全殲了納粹德國的戰艦群，在印度洋擊潰了U艇的破交戰，掌握了制海權。隨後，登陸德軍佔領的馬達加斯加島，作為反擊起點。納粹德國的隆美爾將軍率軍攻入印度，英日聯軍與德軍在印度南方要塞激戰，最後在日本海空優勢的全面夾擊，以及刺殺希特勒事件造成軍心不穩之下，德軍被擊敗後退。

刺殺希特勒事件後，戈林被肅清；隆美爾亡命日本，成為自由德國政府主席。德國轉型為『神聖歐洲帝國』，將觸角深至整個非洲大陸與南美。日本以超級戰艦『日本武尊』為中心的紅玉艦隊、戰略航母『建御雷』為中心的高杉艦隊遠征歐洲。兩軍在赤道與愛爾蘭近海進行死戰，最終紅玉艦隊與高杉艦隊不敵德國的新型戰略轟炸機，付出了龐大的犧牲，但成功解放英國，逼使納粹德國停戰。世界進入了日、美、德三強鼎立的短暫休戰時代。

本篇在此結束。另有紅玉艦隊遠征歐洲的篇章，獨立為旭日艦隊。其後，第三次世界大戰的情結，記於『新紺碧艦隊』與『新旭日艦隊』中。

• 沉默的艦隊
• 次元艦隊
• 新海底軍艦