2016年夏季帕拉林匹克運動會

俄羅斯

2016年7月18日，世界反禁藥組織委託律師Richard McLaren報告提出，俄羅斯在2011年至2015年8月間至少643個禁藥陽性但未查出的案例中有35起是在残奥会會項目（當年奧運會項目則為499起）[180] [181]，並包括到上屆殘奧及2014年冬季殘奧會（當時俄羅斯獲得30面金牌，37%獎牌由俄羅斯獲得），上屆残奥会的獎牌榜成績為第二名（2008年夏季残疾人奥林匹克運動會為第8名）。同時還有調包樣本等「使陽性檢體消失的方法」（disappearing positive [test] methodology (DPM) ）世界反禁藥組織還就此呼籲國際奧委會全面禁止俄羅斯參加當年奧運會及這屆残奥会。

但是7月24日国际奥委会在电话会议中决定，将不对俄罗斯代表团实施全体禁赛，資格交由各单项体育联合会决定，最終代表團數目從389人降至291人，其中舉重被全面禁賽，划船、田徑被大部分禁賽，14項目全部的參賽者都可參與當屆奧運。

2016年8月7日，國際残疾人奥林匹克委員會宣布因俄罗斯代表团在国家支持下服用禁藥，决定对本届残奥会全部俄罗斯运动员给予禁赛处罚。[182]國際帕拉林匹克委員會主席還稱俄羅斯「只重獎牌罔顧道德的心態令人作嘔」，俄羅斯禁藥醜聞是體育史上最黑暗一頁。

而原要派出的267人的俄羅斯則在次日上訴，但是在同年8月23日被駁回，對此俄羅斯認為国际残奥会的決定是「政治操作」。[183]但俄羅斯並未因此放棄，8月27日上訴到瑞士聯邦最高法院，但仍在9月1日時再遭駁回，国际残奥会也同時拒絕俄羅斯175名選手的個人申請，俄羅斯選手確定無緣本屆残奥会。[5]同時18個月以後的平昌帕運也被拒於帕運門外。[184]

難民

2016年8月5日，國際残疾人奥林匹克委員會宣布將有難民參賽，代碼IPA，開幕式持残疾人奥林匹克旗幟入場。[6]8月26日宣布2名分別來自敘利亞及伊朗的難民獲得參賽資格。[6][7]並在開幕式進場時以第1個出場。此前奧運則派10名難民，代號ROT[185]。

（Ibrahim Al Hussein，敘利亞，希臘，游泳S10）、（Shahrad Nasajpour，伊朗，美國，田徑F37）

白俄羅斯代表團成員的白俄羅斯國旗與俄羅斯國旗

里约残奥会开幕式前，国际残奥委会新闻局表示“任何人都不能携带俄罗斯国旗参加开幕式”。而在开幕式上，白俄罗斯体育部官员安德烈·福摩车琴（Andrei Fomochkin）在入场时手举俄罗斯国旗，之后俄罗斯国旗被没收，他同時也被取消貴賓證隨後回國。[188][189]

本屆残奥会所面臨問題包括因為門票收入不佳、贊助商沒有興趣贊助而產生的財政問題，造成志工人數減少，同時也造成部分場館關閉，此情形為2016年夏季奧運會的延續。

巴赫曼·戈爾巴尼扎德在死亡事故發生數小時前的畫面

伊朗自行車選手巴赫曼·戈爾巴尼扎德在公路自行車下山路段摔車，最終送醫不治，為繼1960年夏季奧運會以來、首次残奥会會的賽中死亡事故。