DAPI

在螢光顯微鏡觀察下，與雙股DNA結合的DAPI染劑在358 nm（紫外线）处有一个最大吸收峰，并在461 nm（蓝）处有一个最大发射峰，其發射光的波長範圍含蓋了藍色至青綠色，因此在荧光显微技术中DAPI被紫外线照亮且被蓝或青色滤镜检出。DAPI也可以和RNA結合，但產生的螢光強度不及與DNA結合的結果，其發射光的波長範圍約在400 nm左右。[5][6][7]

DAPI的發射光為藍色，且DAPI和荧光素、綠色螢光蛋白（Green fluorescent protein, GFP）或Texas Red染劑（紅色螢光染劑）的發射波長，僅有少部分重疊，研究員可以善用這項特性在單一的樣品上進行多重螢光染色。如果需要十分精确的分析，可以使用光谱去混合（spectral unmixing）技術計算此一影响。

DAPI 结合于DNA小沟(蓝和绿). From PDB 1D30.

2013年，有研究者以含时密度泛函理论與等電位聚焦的连续极化介质模型描述了DAPI與DNA結合與發出螢光的機制，此一量子力学模型解释了DAPI與DNA結合後吸收與发射光譜的現象，與DNA的結合會使DAPI分子因位向限制導致幾何彈性降低，且周圍圍環境的極性甚低會導致DAPI分子的極性降低。[8]

DAPI可用于固定细胞染色，但是因为活细胞染色对DAPI浓度有严格要求，它很少被用于活细胞染色。[12]虽然DAPI能快速進入活細胞中與DNA結合[2]，但是MSDS[13]和其他文献[2]认为DAPI没有毒性。

有研究表明，大剂量的DAPI可以导致小鼠中毒死亡,LD₅₀= 基质 37.3 mg/kg。[14]

DAPI被視為一種致癌物。尽管DAPI没有显现出对大腸桿菌的诱变性[15]，在机器制造商提供的信息上，DAPI被认为是一种DNA诱变剂[7]。由于DAPI可以掺入DNA螺旋中，它很可能具有底层的DNA诱变性，在使用過程中應注意配制、使用與拋棄的處理程序。