华大基因

炎黄计划是一项对百位黄种人进行基因组测序的计划，由深圳华大基因研究院、生物信息系统国家工程研究中心与中国科学院北京基因组研究所合作研究。该计划完成了全球首份亚洲人基因组图谱的绘制。2000年10月完成第一阶段，之后“炎黄99”计划由深圳华大基因研究院举行[18]。

2011年10月深圳国家基因库建设方案由国家发展改革委、财政部、工业和信息化部以及卫生部四部委批复，并由深圳华大基因研究院组建及运营。国家基因库集生物资源样本库、生物信息数据库和生物资源信息网络为一体[19]。

2011年德国爆发大肠杆菌疫情。6月5日，华大基因首先完成大腸桿菌O104:H4型的基因定序[20]，經過資料比對，研究人員判斷2001年德國從腹瀉病人分離的01-09591菌株應為這次O104:H4型大腸桿菌的直接祖先，其毒性基因與本次菌株大致吻合，但本次菌株經過十年演化後，攜帶了許多以前沒有的抗藥性基因[21]。

2015年，深圳华大基因研究院参与家蚕基因组功能研究项目，获2015年度国家自然科学奖二等奖。项目通过40个家蚕突变品系和中国野桑蚕全基因组序列研究，获632.5亿对碱基序列（63.25Gb），覆盖99.8%基因组区域。此项目也是世界第一张基因组水平上蚕类单碱基遗传变异图谱[22]。

2017年11月，华大基因IPO的不同版本申报稿中，出现了数据不一致的“打架”现象，引发了媒体关注；当月27日，深圳证券交易所发函询问[23]，华大回应为统计口径不一致导致。由于未能实现真实、准确的披露，市场对华大保持怀疑态度[24]。

至2018年6月，华大基因完成7个月蒸发680亿，经营现金流净额下滑[25]。同月，天涯社区出现举报文章，华大基因在连续负面话题后又陷入“圈地门”；而《华大癌变》文章对其无创基因检测技术抱持质疑。华大股价继续下跌，半个月内市值蒸发百亿；一周内三度发布增持公告[26]。

2019年4月，因为净利润虚增千万，深圳证监局对其发送行政监管措施决定书[27]，华大基因回应辩称为信息系统不完善等原因导致[28]。至2019年5月，其市值较其高峰期跌去近七成[29]。

2018年10月，中國科技部网站公布了六项人类遗传资源行政处罚，其中就包括華大基因。華大基因的行政处罚决定书显示，華大基因主要是与复旦大学附属华山医院未经许可与英国牛津大学开展中国人类遗传资源国际合作研究，同時未经许可将部分人类遗传资源信息从网上传递出中國境外[30]。

2020年7月，新疆絲路華大基因科技與北京六合華大基因科技，因被指控“涉嫌強制採集維族人與其他穆斯林少數民族基因作研究，以打壓維族人”，被美國商務部列入实体清单[31]。对于公司旗下两家公司被列入实体清单，华大集团表示不解和遗憾[32]。

华大基因与Illumina最初为供应关系（Illumina为华大基因供应商）[33]。2005年随着第二代测序技术出现，Illumina开始进行自行研发，并通过在2006年以6亿美元天价收购Solexa进入测序仪行业。而与此同时另一个竞争对手454公司由于2007年被罗氏收购（后2016年因市场竞争不足被淘汰）。华大基因为保证其市场份额，于2012年斥资1.18亿美元收购了硅谷的DNA测序公司Complete Genomics。而2013年，Illumina通过收购Verinata Health（非侵入性胎儿预测技术）继续强化市场地位[34]。2019年开始双方公司的诉讼开始增加，双方在德国、丹麦、瑞典、瑞士、土耳其和英国等地均有诉讼[35]。2020年3月，Illumina在其总部所在地美国加利福尼亚北区联邦地区法院提起诉讼，并于同年6月获得胜诉，华大基因被要求停止在美国销售MPS测序和CoolMPS化学测序技术的基因测序仪[36]。

2021年，路透社報道，華大基因同解放軍疑有密切聯繫，包括與解放軍的超級電腦專家共同分析由呼吸道病源到腦部研究等多個項目。自2019年冠狀病毒病爆發以來，華大在全球各地銷售數以千萬計試劑，美國安全部官員曾警告當地的研究中心不要採用中國的試劑，認為中國可能借此收集外國人的基因數據以協助自己的研究，惟華大強烈否認；並引述一名曾在美國國會聽證會作供的智囊組織的高級研究員，指出解放軍致力於腦部、基因編輯以至人工基因組創建等研究，將來甚至可能配合生物武器的應用，又指美國政府應該關注華大基因同解放軍的聯繫。華大回應報道時強調公司向來遵守有關開放科學，數據共享和基因組研究的國際標準及中國法律，又強調同解放軍的合作只是屬於學術研究，並強烈否認任何同解放軍聯繫的指控，尤其是有關2019年冠狀病毒病測試的指控。[37]