海軍艦隊指揮部

平時各艦隊、戰隊、大隊指揮部之戰備整備訓練計畫之策定與督導；藉指、管、通、情系統掌握敵我艦艇、飛機全般動態，並適切處置；並執行護航、偵巡、監偵任務，以及依令支援責任區緊急災害、災難防救等任務。[2]
戰時維持台澎金馬周邊所望海域制海，及滅敵海上進犯兵力；以及本諸整體戰略指導，聯合友軍遂行各類型制海作戰任務；依令遂行海上作戰指揮與任務管制。[2]

鄭和號巡防艦2009年版識別證，右側印海軍艦隊指揮部部徽

• 1945年冬季，國民政府軍政部設「海軍艦隊指揮部」於上海。
• 1946年6月1日，國民政府裁撤國民政府軍事委員會及軍政部，成立中華民國國防部，裁撤海軍艦隊指揮部，成立「海防艦隊司令部」。
• 1953年7月10日，「海軍艦艇訓練司令部」擴編，命名為「海軍艦隊指揮部」。
• 1955年2月1日，奉令整編，下轄成立「驅逐艦隊」、「巡防艦隊」、「掃佈雷艦隊」、「巡邏艦隊」、「後勤艦隊」、「海軍艦隊訓練司令部」及「兩棲部隊司令部」。
• 1968年9月1日，奉令更名為「海軍艦隊司令部」，下轄「兩棲部隊指揮部」、「驅逐部隊指揮部」、「艦隊訓練指揮部」、「後勤部隊指揮部」、「水雷部隊指揮部」等。
• 1991年7月1日，所屬「兩棲部隊指揮部」奉令裁撤，同時成立「反潛作戰暨準則發展指揮部」，「登陸艦隊」更名為「兩棲艦隊」，「艦隊直升機隊」擴編為「海軍艦隊直升機大隊」。
• 1995年9月1日，所屬再成立「第二巡防艦隊」；為配合海軍新一代兵力陸續成軍，於1997年10月1日隨成功級巡防艦、濟陽級巡防艦、康定級巡防艦等型艦成軍期程，調整各主戰艦隊兵力編組。
• 1998年8月1日，所屬「艦隊訓練指揮部」擴編為「海軍教育訓練暨準則發展指揮部」，並改隸於海軍總司令部；「反潛作戰暨準則發展指揮部」、「觀通系統指揮部」及「海鋒大隊」則改隸本屬。
• 1999年4月1日，奉令將反潛作戰暨準則發展指揮部裁撤、併入海軍艦隊直升機大隊，成立「海軍航空指揮部」。
• 2004年4月1日，觀通系統指揮部擴編並更名為「海洋監偵指揮部」；海鋒大隊移編國防部參謀本部飛彈司令部。
• 2005年10月1日，原海軍基隆後勤支援指揮部所屬之「東引基地指揮部」、「馬祖基地指揮部」改隸移編本屬。
• 2006年1月1日，海鋒大隊移編本屬。
• 2006年3月1日，因應精進案，海軍艦隊司令部更名為「海軍艦隊指揮部」。
• 2006年5月23日，成立「二六一戰隊」，並由原一六八艦隊所屬之基隆、蘇澳、左營、馬公軍艦等四艘紀德級驅逐艦改隸編成。

海軍艦隊指揮部（駐臺灣高雄市左營區—— 「？？部隊」）
指揮官：一位，中將。
副指揮官：一位，少將。
參謀長：一位，少將。
副參謀長：三位（作戰、後勤、航空），上校。
政戰主任：一位，少將。
政戰副主任：一位，上校。

本部單位

• 人事綜合處，主管：上校處長。
• 情報處，主管：上校處長。
• 作戰處，主管：上校處長。
• 戰系處，主管：上校處長。
• 後勤處，主管：上校處長。
• 主計處，主管：上校處長。
• 督察室，主管：上校主任。
• 艦隊作戰中心（艦戰），主管：上校主任。
• 保防安全組，主管：上校組長。
• 政戰綜合組，主管：上校組長。
• 文宣心戰組，主管：上校組長。
• 公共事務組，主管：上校組長。
• 法律事務組，主管：上校組長。
• 勤務中隊，主管：士官長中隊長。

艦隊

• 海軍一二四艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。
• 海軍一三一艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。
• 海軍一四六艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。
• 海軍一五一艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。
• 海軍一六八艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。
• 海軍一九二艦隊，艦隊長：少將，副艦隊長：上校。

戰隊

• 海軍二五六戰隊，戰隊長：少將，副戰隊長：上校。
• 海軍二六一戰隊，戰隊長：上校，副戰隊長：上校。

指揮部

• 海軍海洋監偵指揮部
• 海軍金門基地指揮部
• 海軍馬祖基地指揮部
• 海軍東引基地指揮部

大隊

• 海軍反潛航空大隊
• 海軍海鋒大隊
• 海上戰術偵蒐大隊

• 海軍烏坵連絡組

海軍艦隊指揮部 指揮官

• 黎玉璽（副總司令兼任）；升至一級上將
• 王恩華
• 馮啟聰；升至二級上將
• 崔之道；升至二級上將
• 俞柏生；升至二級上將
• 李敦謙

海軍艦隊司令部 司令官

• 謝祝年
• 黃錫麟
• 陳慶堃
• 李北洲
• 陳東海
• 劉和謙 36年班；升至一級上將
• 羅錡 36年班
• 陳連生 38年班
• 歐陽位 39年班
• 梁純錚 40年班
• 顧崇廉 43年班；升至二級上將
• 鄭立中 44年班
• 仝利民 45年班
• 徐忠國 48年班
• 李傑 52年班；升至一級上將
• 苗永慶 53年班；升至二級上將
• 胡才貴 54年班
• 費鴻波 55年班；升至二級上將
• 林鎮夷 58年班；升至一級上將
• 王立申 58年班；升至二級上將

海軍艦隊指揮部指揮官
任次	圖像	姓名	軍種軍階	任期	備註
第1任		高廣圻62	海軍中將	2006年2月16日－2006年6月30日	升至二級上將，上任時為艦隊司令，於任期內改制為艦隊指揮官，後任海軍司令部司令、參謀總長、國防部長
第2任		李仲威64	海軍中將	2006年7月1日－2009年6月30日	改制為指揮官後任期最長者，後任海軍司令部副司令、行政院海岸巡防署署長、海洋委員會海巡署署長、海洋委員會主任委員
第3任		劉俊英64	海軍中將	2009年7月1日－2010年8月31日
第4任		姜龍安65	海軍中將	2010年9月1日－2012年3月31日	任內退伍
第5任		蒲澤春67	海軍中將	2012年4月1日－2013年8月31日	升至二級上將，後任國防部軍政副部長，總統府戰略顧問
第6任		黃曙光68	海軍中將	2013年9月1日－2015年2月28日	升至二級上將，後任海軍司令部司令，參謀總長
第7任		高天忠69	海軍中將	2015年3月1日－2015年12月31日	後任海軍司令部副司令
第8任		蕭維民70	海軍中將	2016年1月1日－2017年11月30日	後任海軍司令部副司令
第9任		劉志斌73	海軍中將	2017年12月1日－2018年11月30日年	後任海軍司令部副司令、並升至二級上將副參謀總長執行官，現海軍司令部司令
第10任		李宗孝74	海軍中將	2018年12月1日－2019年11月30日
第11任		高嘉濱75	海軍中將	2019年12月1日－2020年4月22日
代理		唐華75	海軍中將	2020年4月23日－2020年6月15日	海軍副司令代理
第11任		高嘉濱75	海軍中將	2020年6月16日－至今

海軍艦隊指揮部隊徽，三叉戢代表掌握海權，海錨代表海軍，青天白日國徽代表中華民國，稻禾五片意涵為五權憲法、五族共和，稻穗代表中華民國以農立國[3]。