萌娘百科

链接：library.moegirl.org.cn

萌娘文库，也被称为萌娘书库，于2013年8月14日建立，用于保存文章。与主站不同的是，该wiki每一个条目都有不同的版权协定，建立的目的是为了应对长文章与萌娘百科的内容许可协议冲突问题。

链接：commons.moegirl.org.cn

于2016年10月25日正式启用，用于集中处理各个姊妹网站间使用的文件。

链接：www.hmoegirl.com

于2016年5月31日建立，用于安置萌娘百科过去收录的色情和政治敏感的条目，以应对萌娘百科转移到中国大陆后的网络审查，但未被萌娘百科所承认。

为防止被防火长城屏蔽后牵连其它站点，此站点所用域名与其他分站域名后缀（moegirl.org.cn）均不相同，且与“萌娘共享”的图片共享功能也已被切断[14]。截止目前，中国大陆地区无法正常访问[15]。萌娘百科将服务器完全迁入中国大陆后，在萌娘百科注册的账号与H萌娘开始不再互通，而在之前账号是互通的。

链接：moegirl.org

萌娘赛高基金会（Moegirlsaikou Foundation），于2013年7月18日开设，负责收集包括捐款在内的各种渠道获得的收入、分配资金以更好地运行包括萌娘百科及其姊妹站点在内的项目，并定期公布基金会的收支情况；并运行百科托管、旧站保存等计划。

2019年7月[16]，由于账户受限[17]，萌娘赛高基金会不再记录财报。2020年7月，进入萌娘赛高基金会网址后会重定至萌娘百科主站。

1. 2017年10月23日，即中共十九大期間，在中国大陆地区萌娘百科全部站点被停止域名解析并禁止服务器外网访问。萌娘百科站长在Twitter称，接到自称是政府部门的电话，勒令他删除敏感条目，否则“会在24小时内通过腾讯云关停网站”。站长接完电话用时约15分钟删除相关条目，但全站仍处于屏蔽之中；中午萌娘百科备案信息被注销，域名被工业和信息化部列入违法互联网站黑名单。[20]后来萌娘百科访问恢复正常。
2. 2019年2月19日，萌娘百科前移动版域名m.moegirl.org无法访问（被重定向至其他站点）。后来萌娘百科站长自称与中介和领导连吃4顿饭才换来“情况不变不会有进一步动作”的模糊不清的口头承诺，并被要求不得透露谈话内容细节以及接触的机构。之后萌娘百科移动版域名被改为mzh.moegirl.org。[21]

萌娘百科創始人兼站長Baskice在2018年4月1日，推出虛擬貨幣萌幣（MoeCoin）。由於Baskice使用萌娘百科的社區和宣傳途徑進行推廣，大部分購買萌幣的都是冲萌百的口碑。一年後萌幣項目宣佈關閉，不少投資者認爲萌幣是欺詐，萌娘百科也風評被害[22]。

2020年7月9日，萌娘百科的iOS端开发者发布微博称：“萌娘百科已经被B站收购了”[23]。据天眼查信息显示，萌娘百科所属的深圳御坂网络科技有限公司被绍兴萌派网络科技有限公司全资收购[24]，这家公司直接指向了杭州掌派科技有限公司（俗称傲娇工作室）[25]，而掌派科技在2020年5月已經證實被B站入股[26]。

2020年7月19日，萌娘百科发布公告宣布再次迁入中国大陆境内，除H萌娘以外的所有姊妹项目的域名变为moegirl.org.cn[27]，网站管理人员称，此举是为了解决萌娘百科长期以来的访问不稳定问题[28]。萌娘百科站长Baskice称，为庆祝萌娘百科乔迁新址，其已向中華人民共和國全国贫困县的湖北恩施州捐款援建了“萌芽希望小学”一座[28]。