通运门站

通运门站位于北京城市副中心运河商务区，北运河西岸，新华东街与通盛南路[6]交汇处西北侧，沿东关大道呈西北-东南向设置。

车站施工期间挖出通州东门（即“通运门”）城门及瓮城遗址，为此地铁站的设计进行了变动，在南侧新增了通运门遗址博物馆（也称瓮城博物馆），并与地铁站相连。施工期间城墙被切割搬走，待地铁站施工结束后迁回原址展示[7]，车站亦由此得名。

6号线车站设计为地下二层车站，站台上方设置贯通两座岛式站台的中庭，顶板以Y型钢柱支撑[8]。

车站与周边商业开发地块、交通枢纽及通运门遗址博物馆进行一体化设计，设有3个出入口[9]，除商业连通出入口外，亦在站厅顶部设置了连接两侧商业的空中连廊[10]。

站台

6号线车站采用双岛式站台[11]，位于滨河北路的地底。

作為6號線的快慢車越行站[4]，本站的6號線月台層設有四條路軌，其中內側路軌供慢車停靠上下車，外側路軌供快車停靠上下車。不过，两个站台的内侧采用半高式安全门，外侧采用全高式屏蔽门。

另外，6号线站台的两条内侧路轨在往通州北关方向的一端设有一条渡线。

地面	街道	A-D出入口
地下一层	天桥和文物
地下二层	站厅层	客务中心、自动售票机、进出站闸机
地下三层		█ 6号线往金安桥（通州北关）（快车）
	岛式站台，左/右側開门
		█ 6号线往金安桥（通州北关）（慢车、临时停车）
		█ 6号线往潞城（北运河西）（慢车、临时停车）
	岛式站台，左/右側開门
		█ 6号线往潞城（北运河西）（快车）
地下四层	站厅层	地铁换乘节点和过轨疏散通道