黄阁站

本站共有3層，地面為黃閣大道、市南大道及車站設備房，地上二層為站廳，地上三層為4號綫月台。

地上 三層		4号线 黃村方向（黃閣汽車城站）
		1站台 2站台	島式站台
		4号线 南沙客運港方向（蕉門站）
		3站台	側式站台，平時不對外開放
地上 二層	站廳	售票機、客服中心、警务室、公共洗手间
地面	缓冲平台	車站設備、出入口、安检设施

站厅

黄阁站站厅设于地上二层，设有售票机以及客服中心等基本车站设施，同时黄阁站还设有“好易”自助服务设施。

为方便乘客进出，站厅中心偏西处被划分为付费区，站厅收费区设有三台扶手电梯、一组楼梯供乘客前往岛式月台，同时还设有一台扶手电梯以及一组楼梯供乘客前往侧式月台。此外，本站亦设有贯通岛式站台、站厅和地面层的专用电梯，不过在地面层和地上二层的电梯门均设于车站非付费区，因此乘客如需使用時請向車站工作人员求助以便協助使用。

另外，本站的公共洗手间设于站厅收费区的警务室旁。

本站設有一個島式及一個側式月台，位於黄阁大道市南路口的西南側地塊的上空，但目前只使用岛式月台，侧式月台只会在非常特殊的情况下使用，大部分时间不对外开放。

另外，本站南端設有一組雙存車線，當年黃閣站仍為4號線南端終點站時則使用該組存車線折返；本站北端则设有一条渡线。

月台全景图（金洲方向，摄于2016年8月）

黄阁站目前仅设有1个出入口供乘客进出。

A出入口

編號	无障碍设施	出口指示	建議前往的目的地
A		市南路	黄阁大道、黄阁镇、乐天国际创新港、地铁黄阁公交车站
註︰ 設有 |  設有 |  設於同一層