黑死病

鼠疫杆菌（放大200倍）。導致鼠疫的細菌。[19]

1346至1351年黑死病的蔓延。

目前解释黑死病成因的主要理论是鼠疫论。鼠疫杆菌是1894年由巴斯德研究所（Pasteur Institute）的法國醫生和細菌學家亞歷山大·耶爾辛在香港鼠疫大流行時發現的，當時传染至印度的瘟疫病因。腺鼠疫（Bubonic plague）與敗血性鼠疫（septicaemic plague）會經由與跳蚤的直接接觸而傳染，其中最主要的一類跳蚤是鼠類身上的印度鼠蚤。許多細菌生活在這些跳蚤的身體中，阻塞跳蚤的胃部並使其變得飢餓。由於無法得到飽足導致跳蚤不斷地叮咬宿主。在叮咬與進食的期間，跳蚤胃裡的細菌便經由血液流動到開放的傷口中，使得細菌散佈到新的宿主身上。此外被感染的跳蚤最後會死於飢餓。然而中世紀時代的黑死病真實菌種與成因已經不可考。[20]

人類的肺炎性鼠疫（pneumonic plague）有不同的傳染方式。這類鼠疫是經由血液或肺部受到感染者所咳出的唾液來散佈，而這些部位的感染，可能是始於淋巴腺類型鼠疫。以空氣為傳播方式的細菌，可能被附近的人吸入，造成肺部與喉嚨的直接感染，而不需經過淋巴腺。

鼠疫桿菌生活在泥土中，以皮外寄生（ectoparasites）的方式生存於齧齒類與人類身上。Michel Drancourt將這些細菌的生態整理出散佈模型[21]。對於草原土撥鼠所做的動物鼠疫（epizootic plague）觀察顯示，被細菌感染的動物屍體，可能比跳蚤更適合用來解釋疾病的傳染方式[22]。

關於歐洲地區鼠疫的出現、散佈與消失有一種假設：帶有跳蚤並受到感染的齧齒類，能夠將疾病傳給不同物種。最早因貿易活動而經由黑鼠（Rattus rattus）自亞洲傳入歐洲；但是到了歐洲之後，又經由褐鼠（Rattus norvegicus）進行更進一步的擴散。棕色的老鼠似乎沒有傳染性的功能，也沒有能力將跳蚤病傳染至人類身上而將其致死。老鼠的生態學中有很多錯綜複雜的事物，例如：老鼠的儲液囊竟能和人類的互相影響。所以說起間接性的傳染，或者非跳蚤的傳染病，儲液囊就能分析出病毒的暴發與散播，而導致幾個世紀的鼠疫。

根據历史学家巴尼·斯隆（Barney Sloane）的说法，黑死病的致病源頭並非一般所認為的鼠疫耶尔森氏菌（Yersinia pestis），他舉出幾個例子以支持他的說法[23][24]：

1. 老鼠也会感染淋巴腺鼠疫而亡，但他表示从14世纪的历史资料上看，并未发现有大量的鼠类骸骨存在。
2. 據流行病學統計，腺鼠疫的感染個案應隨著冬季來臨逐漸減少，這是由於老鼠及跳蚤对寒冷的气候较为敏感，數量呈现季节性减少。不過研究表明在公元1348年的英國，黑死病传播速度在冬天大幅加快，顯示黑死病的致病源並非一般所認為的鼠疫桿菌，而是一種未知的致病源。（註：冬天傳播更快、可能是人的接觸增加所致。無需再由鼠傳播。所以上述立論難成立）