严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2流行病学溯源

SARS-CoV-2的穿透式電子顯微鏡影像

2020年1月1日，中國疾病預防控制中心在武漢華南海鮮市場採得樣本後[1]，在1月7日發表檢驗結果，表示「不明原因的病毒性肺炎」病原體初步判定為新型冠狀病毒[2][3]，又指出基因進化分析顯示病毒與嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒和中東呼吸綜合症冠狀病毒冠狀病毒分屬於不同的亞群分支，與這些病毒基因序列有較大差異[4]。

中國科學院上海巴斯德研究所和中国科学院植物生理生态研究所合成生物學重點實驗室等機構，2020年1月21日在《中國科學：生命科學》（）期刊上發表報告，指病毒屬於乙型冠狀病毒屬（）。乙型冠狀病毒屬是蛋白包裹的正链单股RNA病毒，能夠寄生和感染人類及其他高等動物。在進化樹的位置上，與SARS病毒和類SARS病毒的類群相鄰，但並不屬於SARS和類SARS病毒類群[5]。

直至2月11日，病毒才獲國際病毒分類委員會正式命名為「SARS-CoV-2」（嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型）[6][7]。

目前對於病毒的媒介來源仍沒有統一的結論，雖然大部份調查亦指出蝙蝠（序列相似度96%）或穿山甲（序列相似度91%）是其中一個病毒媒介，但是否有其他中間宿主媒介仍然未知。

最早的媒介判定來自2020年1月21日中國科學院上海巴斯德研究所等研究機構在《中國科學：生命科學》的論文，初步判定進化來源為寄生在果蝠的HKU9-1冠狀病毒，推測武漢冠狀病毒的自然宿主也可能是蝙蝠[5][29]。論文也提及蝙蝠到人的傳染過程中很可能存在未知的中間宿主媒介[5]。中国科学院西双版纳热带植物园、华南农业大学和北京脑科中心研究团队2020年2月22日的報告表示蝙蝠與病毒媒介有關[30]。他們解析全基因组数据发现，比较古老的H13和H38单倍型，通过的中间载体mv1與蝙蝠冠状病毒RaTG13有關[30]。這可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或原發病例。

隨後，學術界陸繼發現更多潛在的媒介。香港大學教授管軼及廣西醫科大學教授胡艷玲在2月18日聯名發表論文《中國南方馬來穿山甲2019-nCoV相關冠狀病毒的鑑定》，報告在18隻穿山甲肺、腸和血液冷凍樣本中發現2019-nCoV（即現稱SARS-CoV-2）相關冠狀病毒的兩個亞型[31][32]。這些穿山甲來自2017年8月至2018年1月的廣西海關反走私行動，發現的冠狀病毒的受體結合域與2019-nCoV非常接近，研究員主張將穿山甲視為潛在中間宿主[31][32]。由北京大學等多間的聯合研究團隊將新型冠狀病毒的RSCU與不同物種動物基因序列的RSCU進行比較，在1月22日在《醫學病毒學雜誌》的研究論文表示，與其他動物相比，蛇是最有可能攜帶新型冠狀病毒的動物[33]。但此项研究遭到大量同行质疑，称RSCU分析并不适合用来研究冠状病毒的宿主，所以结论并不可靠。[34]同时之后密歇根大学的研究否认了蛇是新冠病毒的中间宿主。[35]华南农业大学在2月7日的報告發現穿山甲有β冠状病毒的序列，與感染人類的冠状病毒亲缘性是「高度相似」，認為穿山甲是新型冠状病毒疫情的潜在中间宿主[36]。中国工程院院士钟南山在2月27日的疫情發表會指出蝙蝠、穿山甲等携带冠状病毒的野生动物可能与此有关，但他认为可能还有其他的中间宿主[37][38][39]。

2月3日，《自然》杂志刊登武汉病毒研究所石正丽团队的论文披露，在2013年，武汉病毒研究所石正丽团队在云南一山洞里采集的菊头蝠样本，发现了冠状病毒RaTG13，武漢新型冠狀病毒在整个基因组中与RaTG13病毒有96.2%的一致性[40][41]。从香港逃往美国的病毒学家闫丽梦则发表论文表示SARS-CoV-2是以军事实验室发现的蝙蝠冠狀病毒ZC45和ZXC21为模板而制造生成，并质疑RaTG13病毒并不真实存在，只是为掩饰SARS-CoV-2来源而编造的烟幕。闫丽梦的观点并不被目前主流科学界所接受。[42][43]

台灣中央研究院院士賴明詔在受訪時稱，「新冠病毒是由蝙蝠的冠狀病毒衍生過來的」，「毫無疑問是在雲南的山洞裡面，有一些蝙蝠的冠狀病毒，和現在的新冠病毒它的基因序列很像[44]。」

在疫情的最初期，社會普遍相信中國武漢市的華南海鮮市場是病毒發源地。1月11日，武漢市衞健委通報表示大部分確診病例都曾經到過華南海鮮市場[8]。1月22日，中國疾控中心主任高福在國務院新闻办公室發佈會上表示新型冠狀病毒的來源是武漢一家海鮮市場非法銷售的野生動物等[45]。

隨後，进一步的研究结果则认为华南海鲜市场并非疫情发源地。1月14日發表的《中国武汉市2019年新型冠状病毒感染患者的临床特征》除了提及当时认为属首例的、12月1日发病的新冠肺炎患者没有去過武漢华南海鲜市场外，他们的数据还显示最初入院的41个確診個案中，13個也與華南海鮮市場無關[9]。喬治城大學傳染病專家丹尼爾·露西接受《科學》採訪時指出「13個無沒有關連的個案是個很大的數字」，又表示因為病毒有潛伏期，第一例病症最遲在2019年11月已發生[46][10]。他表示如果是這種情况，新型冠狀病毒最初可能源自其它地方，在更早的時候就已經在人群中消無聲息地傳播，随著傳播到海鮮市場後，才在12月下旬出現華南海鮮批發市場的大量病例[10]。黄朝林接受中国媒体《财新网》采访时表示「从现在整个发病情况来看，海鲜市场已经不是唯一的暴露源……其是多源性的」[9]。中日友好醫院主任醫师曹彬表示，“現在看起来很明確，華南海鮮市場不是唯一的疫源地」[10]。丹尼爾·露西认为，中东呼吸综合征冠状病毒是2012年6月从沙特阿拉伯的一名患者身上首次发现的。但后来的研究将其追溯到2012年4月约旦的一次早期医院爆发的不明原因肺炎，从约旦死亡的两个人身上储存的样本证实他们感染了这种病毒。露西因此建议，对动物及其供应商的血液样本、确诊患者的血液样本进行回顾性分析可能会揭示新冠病毒的起源地[47]。

中国科学院西双版纳热带植物园2月22日發表的一篇論文预印本指出，來自華南海鮮市場有關患者的病毒，出現在進化的孫子輩裡，在進化上並不是最早的病毒，全基因组数据的分析發現，武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。研究者指出，来自美国华盛顿州的美国首例患者与来自广东深圳的广东首例患者检出较古老單倍型H13和H38，又指出美国的病毒可能有五个来源，广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源，澳大利亚、法国、日本的患者感染源至少有两个。研究者追踪较古老單倍型H13和H38患者的感染時間和活動軌跡發現，美国首例患者与广东首例患者均有武汉旅行史，可能是12月底至1月初在武漢活動期間被感染[30][48][49]。3月1日，就病毒源頭會不會在深圳或美國的問題，兰州大学研究员趙序茅認為，仅就这篇论文而言无法得出新冠病毒源头在美国的结论，源头应该还在武汉；他又指美國攜帶H38單倍型的病毒患者有過武漢期間的旅行史和武漢地區密不可分，且病毒確診病例在當地的基數較小，病毒擴散得較慢，因此病毒更新換代也慢，因此找到较古老單倍型並不奇怪。中国科学院生物学博士李雷認為，盡管大概率排除了華南海鮮市場為首發地，但從整個病毒的溯源看來，病毒的集中爆發地依然存在於武漢或者湖北省[48]。

繼广东海关及广西海关抓获的走私马来穿山甲货物身上检测出冠状病毒後，2月27日，中国工程院院士钟南山在广州医科大学疫情通报會上表示「广西的蝙蝠和病人有可能也是跟这个病毒有关系」[37][38]。钟南山認為，新型冠狀病毒「疫情首先出现在中国，不一定是发源在中国」[註 1][39]，後來他補充指「也不能就此判断疫情是来自国外」[51]。

上海市新冠肺炎医疗救治专家组组长张文宏指，如果是疾病是由外國传入中国，則應該出現中国多個城市同时发病的情況，他又指病毒的源头是一个敏感的问题，但是一定要有确切的依据[52][53]。美籍中華民國裔醫學專家何大一表示“对这场流行病起源于中国则不表任何怀疑”[54][55][56]。

3月18日，香港大學微生物學系名譽助理教授龍振邦、讲座教授袁國勇在《明報》上撰文，批評中國指新型冠狀病毒由美國傳入的說法毫無實證，又指中國人經歴了2003年的SARS，卻為滿足慾望繼續食野味，「中國人陋習劣根」才是病毒之源[57][58]。同日，钟南山表示，“新冠肺炎疫情是发生在武汉，但没有证据表明源头也在武汉，这是个科学问题。通过分子生物学、病毒进化的研究，关于新冠病毒源头，是能够搞清楚的。但没有搞清楚之前就随便下结论，是不负责任的[59]。”当晚，龍振邦及袁國勇宣布撤回文章，并表示该文章「表達不適當，用詞甚至有錯誤，並非原意」，希望外界「不要把我們捲入政治，留給我們一個空間研究」[60]。

2020年2月29日，意大利米蘭薩科醫院生物醫學科學研究所所長西莫·加利（Massimo Galli）博士表示，他率領的科研團隊已經分離出意大利境內患者新冠肺炎病毒毒株。並通過對中國52種新冠肺炎病毒序列分析研究，結果顯示，新冠肺炎病毒或許在2019年10月底到11月中旬期間就已經出現人傳人現象，他亦表示意大利被感染的患者病毒源似乎和中国没有联系，现在还无法确定患者中有过中国旅游经历[61]。後來加利表示，經研究發現，新冠病毒可能是經由德國傳播到意大利，而非許多專家最初認為的是直接來自中國，他表示該名德國病人1月19日至22日之間在慕尼黑與來自上海的人接觸後感染了病毒，又認為疫情在1月25日至26日之間開始在意大利爆發[62]。

3月21日，国际肾脏病协会前主席、意大利马里奥·内格里药理研究所主任朱塞佩·雷穆齐在接受美国全国公共广播电台访问时表示，他现在听到来自全科医生的消息，“他们记得见过这种奇怪的肺炎，非常严重，特别是在老年人中，在2019年12月乃至11月时”，“这意味着在我们知道中国疫情爆發之前，病毒就至少已经在意大利伦巴第北部地区传播起来了”，又說「你根本不可能去與你並不知道存在的東西搏鬥」[63][64]。3月25日，香港國際關係學者沈旭暉在臉書公開一名人士向雷穆齊作出的書面查詢，雷穆齊回信表示：「我唯一說過的是，一些全科醫生坦率地告訴我，他們注意到在11月底和12月的幾例嚴重的肺炎，這並不意外，因為大多數傳染病來自無症狀的人，他們很可能是在中國當局告知有疫情發生前從中國來的。」雷穆齐在信中附加了早前答覆記者問題的回答，當中提到：根據最近一期《自然醫學》中的一篇文章，有證據反映當前新冠肺炎來自蝙蝠和穿山甲；[65]武漢市場上有大量使用蝙蝠、穿山甲的商業活動記錄，這幾乎可以肯定是疫情爆發的來源。雷穆齊又指，遺傳學已證實，病毒首先在武漢出現，它可能經過一段時間，再由中國向外蔓延；它其後通過中國人接觸德國人，再傳播到達意大利。他又懷疑早在10月底，武漢就可能已出現新冠肺炎感染[66][67]。德国之声表示，該番言論被一些中國媒體解讀為「早於新冠疫情在中國爆發前就已在義大利傳播」，相關報導被大量微信公眾號編輯轉載，更引發了有關「新冠病毒是否源自義大利」的討論和想像。雷穆齊隨後接受英國《泰晤士報》的採訪中表示，中國官方的有關報導是「扭曲了他的用詞」，容易讓人認為病毒的來源是義大利，又批評相關做法是教科書式的「宣傳手段」。他又向義大利《羅馬日報》表示該病毒「毫無疑問是中國的」[68]。

4月14日，英国剑桥大学遗传学专家彼得·福斯特及剑桥大学耶稣学院院长科林·伦福儒等在《美国国家科学院院刊》发布论文，研究人员按照进化关系，使用了160个完成的病毒基因样本，标记为A、B、C三类。这些样本在2019年12月24日至2020年3月4日期间，采集自世界各地。此项研究发现，A类与C类有相当多比例在东亚以外地区被发现。相反，B类是东亚最常见的类型，B类的原始类型似乎没有传到东亚以外，直到最初的突变产生B类衍生型后才传出去。这一现象指向奠基者效应或东亚以外对B类原始型在免疫上或环境上的抗性[69]。福斯特認為，據病毒的變種速度推算，該病毒有95%機會在2019年9月中旬已經在中國南方的廣東出現，其後變種在武漢造成大流行[70]。英国爱丁堡大学教授安德鲁·兰博特则认为此项研究“首先是试图用蝙蝠病毒RaTG13给新冠树定根。这是最接近的非人病毒，但和新冠仍有超过1100个核苷酸的差异。然而请注意，由于某些原因，图上连蝙蝠的分支比1100个核苷酸短些”，在一些方面存在错误。

6月9日，哈佛醫學院研究人員在其学校学术发表平台发表了一篇未经同行评审的论文，通過分析衛星雲圖和搜索引擎數據後，認爲該疾病早在2019年夏秋之際已開始傳播。[71][72] 对此，WHO緊急項目負責人瑞恩認為「不能以醫院停車場數量、衛星影像及網路搜索等資料就得出結論，並與疫情做出連結」。[73]而中国外交部于6月9日的例行记者会上回应这个结论出奇的荒谬。[74]6月14日，BBC发表了一篇事实核查报道，认为该论文的推理论证缺乏足够证据。[75][76]之后也有学术研究人员在同样平台上发表相应的批评论文，对该论文中的论据逻辑问题进行评击。[77]

2021年2月9日，中国-世界卫生组织新型冠状病毒溯源研究联合专家组召开新闻发布会，联合专家考察组中方组长梁万年表示，没有证据显示在2019年12月前在武汉市就有疫情传播[78]。

一项由中国、欧洲和美国的科学家共同完成、7月28日发表在《自然 - 微生物学》（Nature Microbiology）的研究显示，新冠病毒可能已经在蝙蝠中传播了数十年。[79][80][81]