古虫界
古虫界（学名：）是单细胞生物的一个主要超級群組，屬於真核生物域[2][3][4]，由湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯於2002年引入的一個新的支序親緣學分類。古虫界包含了许多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的人体寄生虫。古虫界過往被包括進現時被視為已棄用的生物分類原生生物界（Protista）[5]，一種基於鞭毛構造的分類[6]，被認為是 Flagellate的最 lineage[7]。 命名为「古虫」，是因为在真核生物的系统发生树处于底部位置，与古菌等外群关系较近，线粒体可能缺失或功能原始。
| 古虫界 化石时期：新元古代–現在 | |
|---|---|
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| 兰氏贾第鞭毛虫（Giardia lamblia）是一种人体diplomonad寄生虫 | |
科学分类  | |
| 总域： | 新壁總域 Neomura |
| 域： | 真核域 Eukaryota |
| 界： | 古虫界 Excavata (Cavalier-Smith), 2002 |
| 門 | |
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特性
许多古虫界的物种缺乏典型的线粒体，被称作「无线粒体原生生物」（amitochondriate），虽然大多数可能包含了功能上类似于线粒体、形态有很大变化的细胞器。其它的古虫界的生物有线粒体，线粒体嵴呈管状、盘状、薄片状。大多数古虫界物种有两个、四个甚至更多的鞭毛[6]，很多物种有显著的腹部摄食沟（feeding groove）超微结构，内部由微管支撑[5]。如果有系统发生的基因证据，其它缺乏这一特征的物种也可以归属于古虫界。
分类
古虫界在门/纲的级别上分为六类。
| 总门 | 门/纲 | 有代表性的属 | 描述 |
|---|---|---|---|
| 盘嵴亚界 Discoba或JEH | 眼虫门 Euglenozoa | 眼虫（Euglena）、锥虫（Trypanosoma） | 很多是重要的寄生虫，很多含有色素体（叶绿体） |
| 透色门 Percolozoa或渗养门 Heterolobosea | 耐格里原虫（Naegleria）、集胞黏菌（Acrasis） | 大多数的形态在鞭毛虫与似变形虫之间 | |
| 雅各巴虫纲 Jakobea | 雅各巴虫（Jakoba）、异养鞭毛虫（Reclinomonas） | 自由生活，有的具鞭毛，有基因丰富的线粒体 | |
| 后滴门 Metamonada或POD | 纲 Preaxostyla | 銳滴虫 (Oxymonads)、三鞭毛虫（Trimastix） | 无线粒体，有鞭毛，或者自由生活（三鞭毛虫）或者寄生于昆虫的后肠（hindgut） |
| 多鞭毛虫纲 Trichozoa或Fornicata | 贾第虫（Giardia）、Carpediemonas | 无线粒体，大多数共生或寄生在动物体内。 | |
| 副基体纲 Parabasalia | 毛滴虫属（Trichomonas） | 无线粒体有鞭毛，一般共生在昆虫肠内。某些是人体寄生虫。 |
Discoba或JEH亚界
眼虫门（Euglenozoa）与透色门（Percolozoa, Heterolobosea）是特别接近的亲缘关系，都具有盘状的线粒体嵴，因此被归纳为盘嵴总门（Discicristata）。2007年，一项研究表明盘嵴总门与Jakobida目具有基因亲缘关系[8] Jakobida目具有类似于其它原生生物的管状线粒体嵴，因此与盘嵴总门合称为Discoba亚界或三者首字母缩写——JEH总界。[3]
后滴门
后滴门（Metamonad）不寻常地缺少了典型的线粒体——代替线粒体，这些生物具有氢化酶体（hydrogenosome），纺锤剩体（mitosome）或其它未识别的细胞器。共同特点是都没有线粒体。基因分析表明，这些生物的细胞核中有线粒体的基因标志。这些生物都是寄生生活的，能够从其它来源获得ATP。源真核生物的一个例子是毛滴虫（Trichomonas Vaginalis），是常见的尿路感染，通过性接触传播。
单系起源
古虫界是否为单系群（monophyletic group），仍然缺乏基因证据。可能是几个并行的进化分支。[9]
某些古虫界的物种被认为是非常原始的真核生物，位于进化树的底部。这示意古虫界可能是多系群，包含着其它原生生物的祖先。但这也可能是由于长枝吸引（long branch attraction），这已经在微孢子虫（microsporidia）中有过前例。
马拉维单胞虫
除上述类群外马拉维单胞虫纲（Malawimonas）由于其分子系统学证据被认为可能是古虫中的一种，但其在其中的系统位置待定。[10]
参考文献
- Rodríguez-Ezpeleta, Naiara; Brinkmann, Henner; Burger, Gertraud; Roger, Andrew J.; Gray, Michael W.; Philippe, Hervé; Lang, B. Franz. . Curr. Biol.. 2007-07-17, 17: 1420 [2019-03-19] （英语）.
- Hampl, V.; Hug, L.; Leigh, J. W.; Dacks, J. B.; Lang, B. F.; Simpson, A. G. B.; Roger, A. J. . Proceedings of the National Academy of Sciences. 2009, 106 (10): 3859–3864. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. PMC 2656170. PMID 19237557. doi:10.1073/pnas.0807880106.
- Hampl V, Hug L, Leigh JW, 等. . Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106 (10): 3859–64 [2012-02-23]. Bibcode:2009PNAS..106.3859H. PMC 2656170. PMID 19237557. doi:10.1073/pnas.0807880106. （原始内容存档于2020-04-10）.
- Simpson, Ag; Inagaki, Y; Roger, Aj. (Free full text). Molecular Biology and Evolution. 2006, 23 (3): 615–25 [2012-02-23]. PMID 16308337. doi:10.1093/molbev/msj068. （原始内容存档于2020-05-29）.
- Cavalier-Smith, T. . Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. 2002-03, 52 (Pt 2): 297–354 [2019-03-19]. PMID 11931142. doi:10.1099/00207713-52-2-297. （原始内容存档于2017-07-29） （英语）.
- Simpson, AG. . Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. 2003-11, 53 (Pt 6): 1759–1777. PMID 14657103. doi:10.1099/ijs.0.02578-0 （英语）.
- Dawson, Scott C; Paredez, Alexander R. . Current Opinion in Cell Biology. 2013, 25 (1): 134–141. PMC 4927265. PMID 23312067. doi:10.1016/j.ceb.2012.11.005.
- Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Henner Brinkmann, Gertraud Burger, Andrew J. Roger, Michael W. Gray, Hervé Philippe, and B. Franz Lang. . Curr. Biol. August 2007, 17 (16): 1420–1425. PMID 17689961. doi:10.1016/j.cub.2007.07.036.
- Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, and Laura A Katz. . PLoS Genet. December 2006, 2 (12): e220. PMC 1713255. PMID 17194223. doi:10.1371/journal.pgen.0020220.
- Cavalier-Smith T. . Int. J. Syst. Evol. Microbiol. November 2003, 53 (Pt 6): 1741–58 [2012-12-30]. PMID 14657102. doi:10.1099/ijs.0.02548-0. （原始内容存档于2018-06-12）.