室町时代

1335年，足利尊氏利用前往東國平亂時機，在鐮倉反叛，1336年1月攻入京都，3月退出京都進軍九州。以後醍醐天皇為代表的朝廷派遣新田義貞前往平叛，兩軍於兵庫湊川決戰，新田義貞大敗，足利尊氏再次攻入京都，後醍醐天皇出逃，尊氏擁立光明天皇，並將後醍醐天皇監禁。

尊氏控制京都後，自任“征夷大將軍”，室町幕府正式建立。同年12月，後醍醐天皇逃至吉野，宣佈重開朝政。京都光明天皇朝廷為北朝，吉野後醍醐天皇朝廷為南朝，日本正式進入南北朝時期。

3代將軍足利義滿

1336年11月7日，室町幕府公佈《建武式目》，標誌著足利幕府統治的建立。1350年2月，足利尊氏之弟足利直義背叛北朝投靠南朝，並與1351年1月率軍大敗幕府軍，2月尊氏與直義和好，但不久又因南北統一主張的不同再次反目。1353年2月，尊氏殺直義。1358年4月，尊氏病故，12月，足利義詮繼任第二代將軍。1367年11月，足利義滿就任第三代將軍，1392年，北朝統一南朝。南北朝時代結束。

長期動亂中，廣大的下層農民受害最深，反抗官府和統治者的鬥爭不斷發生，被稱為「一揆』（意為「揭竿而起」）。1428年9月18日，近江國醍醐鄉的農民以德政為口號發動起義，史稱「德政一揆」，起義得到廣泛響應。1441年8月，德政一揆規模擴大，幕府不得不頒佈「德政令」，宣佈取消農民一切債務。9月14日，進一步發佈「一國平均德政令」，不論身份貴賤、地位高低，一切債務全部廢除。

1467年，幕府三管领中的細川勝元與四職中的山名持豐（山名宗全）等守護大名的爭鬥。其範圍除九州等部分地方以外，戰火遍及其他日本國土，史稱「應仁之亂」。由於此一動亂，使日本進入將近一個世紀長的戰國時代。

1573年，織田信長流放最後一任將軍足利義昭，室町幕府正式滅亡。

北山文化和東山文化合稱為室町文化。其中，北山文化指的是在三代將軍足利義滿時的文化，以北山山莊為代表，時間是14世紀末到15世紀初；東山文化則是八代將軍足利義政時代的文化，則以東山山莊為代表，時間大約是室町中期。

北山文化的時間發生由於在南北朝剛結束之時，其特色混合了從古至此的公家文化和新的武家文化。一方面，由於義滿的時代和中國的明朝有往來的貿易(日文稱作:勘合貿易)，所以也有受到中國的影響。北山文化被認為是華麗而且有貴族性的；東山文化發生在應仁之亂後。在戰亂剛結束時，多種的藝術相續發展，各地的大名由於來到京都應戰，所以同時也帶來各地的文化。東山文化則認為是幽玄而且寂靜。

關於北山文化代表，建築方面有金閣寺、戲劇方面有能面、狂言、宗教方面有臨濟宗的發展、繪畫方面是水墨畫的盛行、文學方面則有連歌的發展，漢語的五山文化，物語出現了描繪歷史戰爭的軍記物語。至於關於東山文化代表，建築方面有銀閣寺等等、繪畫方面有水墨畫有雪舟等大師。