简化分子线性输入规范

1. 原子用在方括号内的化学元素符号表示。
   • 例如[Au]表示“金”。
2. 有机物中的C、N、O、P、S、Br、Cl、I等原子可以省略方括号，其他元素必须包括在方括号之内。
3. 氢原子常被省略。对于省略了方括号的原子，用氢原子补足价数。
   • 例如，水的SMILES就是O，乙醇是CCO。
4. 离子用方括号括起，用元素符号和电荷表示，"+"表示正电荷、"-"表示负电荷，电荷数跟在正负号之后。如果该原子与氢原子相连，氢原子写在元素符号后面。
   • 四价钛离子 (Ti⁴⁺) 写作 [Ti+4] 或 [Ti++++] 。三价钴离子(Co³⁺) 写作 [Co+3] 或 [Co+++] 。
   • 氢氧根 (OH^-) 表示为 [OH-] ，水合氢离子 (H₃O⁺) 表示为 [OH3+] 。

1. 双键用“=”表示；三键用“#”表示。
   • 含有双键的二氧化碳则表示为O=C=O，含有三键的氰化氢表示为C#N。
2. 如果结构中有环，则要打开。断开处的两个原子用同一个数字标记，表示原子间有键相连。
   • 环己烷（C₆H₁₂）表示为C1CCCCC1。需要注意，标志应该是数字（在此例中为1）而不是“C1”这个组合。扩展的表示是(C1)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C)-1而不是(C1)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C1)。

1. 芳环中的C、O、S、N原子分别用用小写字母c,o,s,n表示。
   • 如苯表示为 c1ccccc1。

1. 碳链上的分支用圆括号表示。
   • 比如丙酸表示为CCC(=O)O，FC(F)F或者C(F)(F)F表示三氟甲烷。

双键两侧的结构分别用符号/和\表示，例如，F/C=C/F表示反二氟乙烯，它的两个氟原子位于双键的两侧。
而F/C=C\F表示顺二氟乙烯（），它的两个氟原子位于双键的同一侧。

手性碳原子的情况用 @ 或 @@ 标明。例如，L-丙氨酸表示为 N[C@@H](C)C(=O)O，标示符 @@ 表明，从氮原子 (N) 处沿着连接氮原子和手性中心的碳原子的键看去, 取代基序列——氢原子 (H), 甲基 (C) 和羧基 (C(=O)O) ——按顺时针出现。 D-丙氨酸则表示为 N[C@H](C)C(=O)O， @ 即意为逆时针。取代基列出的顺序在这种情况下显得非常重要，D-丙氨酸还可以表示为 N[C@@H](C(=O)O)C。

• 
  D-丙氨酸
• 
  L-丙氨酸

表示同位素时将质量数写在元素符号前面。如氘代氯仿为 [2H]C(Cl)(Cl)Cl ，苯中一个碳原子是碳-14时表示为 [14c]1ccccc1。