线虫的分类

Trichosomoides crassicauda

• Order Dioctophymatida
  • Suborder Dioctophymatina
    • Dioctophymatidae Railliet, 1915
    • Soboliphymatidae Petrov, 1930
• 矛線目 Dorylaimida
  • 矛線亞目 Dorylaimina
    • Superfamily Belondiroidea Thorne, 1964
      • Belondiridae Thorne, 1939
    • Superfamily Dorylaimoidea de Man, 1876
      • Actinolaimidae Thorne, 1939
      • Aporcelaimidae Heyns, 1965
      • Dorylaimidae de Man, 1876
      • Longidoridae Thorne, 1935
      • Nordiidae Jairajpuri & Siddiqi, 1964
      • Qudsianematidae Jairajpuri, 1965
    • Incertae sedis
      • Thornenematidae Siddiqi, 1969
      • Thorniidae de Coninck, 1965
    • Superfamily Tylencholaimoidea Filipjev, 1934
      • Aulolaimoididae Jairajpuri, 1964
      • Leptonchidae Thorne, 1935
      • Mydonomidae Thorne, 1964
      • Tylencholaimellidae Jairajpuri, 1964
      • Tylencholaimidae Filipjev, 1934
  • Suborder Nygolaimina
    • Superfamily Nygolaimoidea Thorne, 1935
      • Aetholaimidae Jairajpuri, 1965
      • Nygellidae Andrassy, 1958
      • Nygolaimellidae Clark, 1961
      • Nygolaimidae Thorne, 1935
• Order Isolaimida
  • Superfamily Isolaimoidea Timm, 1969
    • Isolaimiidae Cobb, 1920
• Order Marimermithida
  • Marimermithidae Rubtzov & Platonova, 1974
• 索蟲目 Mermithida
  • Suborder Mermithina
    • Superfamily Mermithoidea Braun, 1883
      • Mermithidae Braun, 1883
      • Tetradonematidae Cobb, 1919
• 單齒目 Monochida
  • Suborder Bathyodontina
    • Superfamily Cryptonchoidea Chitwood, 1937
      • Bathyodontidae Clark, 1961
      • Cryptonchidae Chitwood, 1937
    • Superfamily Mononchuloidea de Coninck, 1965
      • Mononchulidae de Coninck, 1965
  • Suborder Mononchina
    • Superfamily Anatonchoidea Jairajpuri, 1969
      • Anatonchidae Jairajpuri, 1969
    • Incertae sedis
      • Cobbonchidae Jairajpuri, 1969
      • Iotonchidae Jairajpuri, 1969
    • Superfamily Mononchoidea Filipjev, 1934
      • Mononchidae Filipjev, 1934
      • Mylonchulidae Jairajpuri, 1969
• Order Muspiceida
  • Suborder Muspiceina
    • Muspiceidae Bain & Chabaud, 1959
    • Robertdollfusiidae Chabaud & Campana, 1950
• Order Trichinellida
  • Superfamily Trichinelloidea Ward, 1907
    • Anatrichosomatidae Yamaguti, 1961
    • Capillariidae Railliet, 1915
    • Cystoopsidae Skrjabin, 1923
    • Trichinellidae Ward, 1907
    • Trichosomoididae Yorke & Maplestone, 1926
    • Trichuridae Railliet, 1915

Mermis nigrescens

• 刺嘴目 Enoplida
  • Suborder Alaimina
    • Superfamily Alaimoidea Micoletzky, 1922
      • Alaimidae Micoletzky, 1922
  • Suborder Campydorina
    • Superfamily Campydoroidea Jairajpuri, 1976
      • Campydoridae (Thorne, 1935)
  • Suborder Dioctophymina
  • 刺嘴亞目 Enoplina
    • Superfamily Enoploidea Dujardin, 1845
      • Anoplostomatidae Gerlach & Riemann, 1974
      • Anticomidae Filipjev, 1918
      • Enoplidae Dujardin, 1845
      • Phanodermatidae Filipjev, 1927
      • Thoracostomopsidae Filipjev, 1927
  • Incertae sedis
    • Andrassyidae Tchesunov & Gagarin, 1999
  • Suborder Ironina
    • Superfamily Ironoidea de Man, 1876
      • Ironidae de Man, 1876
      • Leptosomatidae Filipjev, 1916
      • Oxystominidae Chitwood, 1935
  • Suborder Oncholaimina
    • Superfamily Oncholaimoidea Filipjev, 1916
      • Enchelidiidae Filipjev, 1918
      • Oncholaimidae Filipjev, 1916
      • Thalassogeneridae Orton Williams & Jairajpuri, 1984
  • Suborder Trefusiina
    • Superfamily Trefusioidea Gerlach, 1966
      • Lauratonematidae Gerlach, 1953
      • Simpliconematidae Blome & Schrage, 1985
      • Trefusiidae Gerlach, 1966
      • Trischistomatidae Andrassy, 2007
      • Xenellidae de Coninck, 1965
  • Suborder Trichinellina
  • Suborder Tripyloidina
    • Superfamily Tripyloidoidea Filipjev, 1928
      • Tripyloididae Filipjev, 1918
• Order Triplonchida
  • Suborder Diphtherophorina
    • Superfamily Diphtherophoroidea Micoletzkyi, 1922
      • Diphtherophoridae Micoletzky, 1922
      • Trichodoridae Thorne, 1935
  • Incertae sedis
    • Bastianiidae de Coninck, 1965
    • Odontolaimidae Gerlach & Riemann, 1974
  • Suborder Tobrilina
    • Superfamily Prismatolaimoidea Micoletzky, 1922
      • Prismatolaimidae Micoletzky, 1922
    • Superfamily Tobriloidea Filipjev, 1918
      • Pandolaimidae Belogurov, 1980
      • Rhabdodemaniidae Filipjev, 1934
      • Tobrilidae de Coninck, 1965
      • Triodontolaimidae de Coninck, 1965
  • Suborder Tripylina
    • Superfamily Tripyloidea de Man, 1876
      • Tripyloidea de Man, 1876
      • Tripylidae de Man, 1876

雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）可能與Rhabditia為並系群[19]

Diplogastridae Pristionchus pacificus

• 雙胃線蟲目 Diplogasterida
• Suborder Chambersiellina Hodda 2007
  • Superfamily Chambersielloidea Thorne 1937
    • Family Chambersiellidae Thorne 1937 (Sanwal 1957)
• Suborder Diplogasterina Paramonov 1952
  • Superfamily Cylindrocorporoidea T. Goodey 1939
    • Family Cylindrocorporidae T. Goodey 1939
    • Family Odontopharyngidae Micoletzky 1922
  • Superfamily Diplogasteroidea Micoletzky 1922
    • Family Cephalobiidae Travassos & Kloss 1960a
    • Family Diplogasteridae Micoletzky 1922
    • Family Diplogasteroididae Paramonov 1952
    • Family Neodiplogasteridae Paramonov 1952
    • Family Pseudodiplogasteroididae De Ley & Blaxter 2002
    • Family Tylopharyngidae Filipjev 1918
• Suborder Myolaimina Inglis 1983
  • Superfamily Carabonematoidea Stammer & Wachek 1952
    • Family Carabonematidae Stammer & Wachek 1952
  • Superfamily Myolaimoidea Goodey 1963
    • Family Myolaimidae Goodey 1963

小杆亚纲 Rhabditida包括

• 小桿目 Rhadditda
• 圓線蟲目 Strongylida

旋尾亚纲包括：

• 蛔目 Ascaridida：海獸胃線蟲
• 驼形目 Camallanida：有其他文獻歸入旋尾目
  • Family Anguillicolidae
  • Family Camallanidae
  • Family Dracunculidae
  • Family Micropleudidae
  • Family Philometridae
• 蚓线目 Drilonematida：有其他文獻歸入旋尾目
• 尖尾目 Oxyurida (= Rhabdiasida)：亦作尖尾線蟲目，例如：蟯蟲
  • Family Heteroxynematidae
  • 尖尾線蟲科 Oxyuridae：舊屬小杆線蟲目
  • Family Pharyngodonidae
  • Family Thelastomatidae
• 里崗目 Rhigonematida：舊屬墊刃亚纲
• 旋尾目 Spirurida：麦地那龙线虫
  • 华首总科 Acuarioidea Railliet, Henry & Sisoff, 1912
  • Aproctoidea Skrjabin & Shikhobalova, 1945
  • 双三齿线虫总科 Diplotriaenoidea Anderson, 1958
  • 絲蟲總科 Filarioidea Chabaud & Anderson, 1959
  • Superfamily Gnathostomatoidea：現時屬於獨自的Gnathostomatomorpha下目
  • Habronematoidea Ivaschkin, 1961
  • 泡翼总科 Physalopteroidea Railliet, 1893
  • Rictularioidea Railliet, 1916
  • 旋尾总科 Spiruroidea Oerley, 1885
  • 吸吮总科 Thelazioidea Skrjabin, 1915

Heterodera glycines worm and egg

垫刃亚纲（Tylenchia）包括：

• 滑刃目 Aphelenchida
  • 滑刃总科 Aphelenchoidea
    • Family Aphelenchidae
    • Family Aphelenchoididae
    • Family Myenchildae
    • Family Paraphelenchidae
• 垫刃目 Tylenchida
  • Superfamily Criconematoidea
    • Family Criconematidae
    • Family Tylenchulidae
  • 垫刃总科 Tylenchoidea
    • Family Anguinidae
    • Family Belonolaimidae
    • Family Dolichodoridae
    • Family Ecphyadophoridae
    • Family Hoplolaimidae
    • Family Heteroderidae
    • Family Pratylenchidae
    • 垫刃科 Tylenchidae
  • Superfamily Sphaerularina
    • Family Allantonematidae
    • Family Fergusobiidae
    • Family Iotonchiidae
    • Family Parasitylenchidae
    • Family Sphaerulariidae

線蟲及跟其他關係較為接近的原口动物的親緣關係尚未解決。 傳統上，線蟲動物被認為有其自己獨特的血統，但到了1990年代，有意見認為線蟲動物應與其他諸如節肢動物的被提出與蛻皮動物合組成為蛻皮動物總門（Ecdysozoa）。 過往一直認為與線蟲動物最接近的生物誰屬這個問題已有很好很好的解決了。 形態特徵和分子系統發育學的結果都認為寄生性的線形動物門（例如：馬毛蟲）跟圓蟲是姊妹分類單元，而這兩個分類單元共同組成了Nematoida。 連同有棘動物，線蟲動物與牠們共同組成了環神經動物類（Cycloneuralia，又或Introverta）物種現時被視為線蟲動物門之上的一個演化支，過往的分類如果承認這種劃分的話，一般將之歸類到了總門或超門級[20]。

早期最有影響力的分類系統是BG Chitwood & MB Chitwood 兄弟 (1933)[21]—然後四年後BG Chitwood又再修訂這個分類[22]—此分類系統將线虫分為無尾感器亞綱（Aphasmidia）及尾感器亞綱（Phasmidia）。 這兩個亞綱後來重新命名為有腺綱（Adenophorea）及胞管腎綱（Secernentea）[23]。 胞管腎綱有許多共同的特徵，包括具有尾感器，也就是一對在後方兩側之處的感覺器官，這也成為分類的基礎。因為無尾感器亞綱這個分類中還有些不同，因此也產生了許多後續不同的分類。

Yamaguti（1961）关于寄生在脊椎动物的线虫种类的分类系统

• 棒线目（Rhabdiasidea）
• 鞭虫目（Trichuridea）
• 膨结目（Diotophymidea）
• 鱼园线目（Ichthyostrongylidea）
• 园线目（Strongylidea）
• 尖尾目（Oxyuridea）
• 蛔目（Ascarididea）
• 旋尾目（Spiruridea）
• 丝虫目（Filariidea）
• 嗜子宫目（Philometridea）
• 僵直线虫目（Tetanonematidea）

陈心陶（1965年）关于线虫的分类位置及其类群系统

• 线形动物门
  • 线吻动物亚门（Nemathorhyncha）
  • 线形动物亚门（Nemathelmintha）
    • 铁线虫纲（Gordiacea）
    • 线虫纲（Nematoda）
      • 尾感受器亚纲（Phasmidia）
        • 杆形目（Rhabditida）
          • 杆形亚目（Rhabditata）
            • 小杆总科（Rhabditoidea）
            • 蚓线总科（Drilonematoidea）
          • 垫刃亚目（Tylenchata）
            • 垫刃总科（Tylenchoidea）
            • 滑刃总科（Aphelenchoidea）
          • 园线亚目（Strongylata）
            • 园线总科（Strongyloidea）
            • 毛园线总科（Trichostrongyloidea）
            • 后园线总科（Metastrongyloidea）
        • 蛔目（Ascaridida）
          • 蛔亚目（Ascaridata）
            • 蛔总科（Ascaroidea）
            • 複管總科（Anisakoidea）
          • 尖尾亚目
            • 尖尾总科（Oxyuroidea）
            • 丽尾总科（Cosmocercoidea）
            • 顶唇总科（Subuluroidea）
            • 箭形总科（Atractoidea）
        • 旋尾目（Spirurida）
          • 旋尾亚目（Spirurata）
            • 旋尾总科（Spiruroidea）
            • 泡翼总科（Physalopteroidea）
            • 华首总科（Acuarioidea）
            • 吸吮总科（Thelazioidea）
          • 丝虫亚目（Filariata）
          • 驼形亚目（Camallanata）
            • 驼形总科（Camallanoidea）
            • 龙线总科（Dracunculoidea）
      • 无尾感受器亚纲（Aphasmidia）
        • 色矛目（Chromadorida）
          • 色矛亚目（Chromadorata）
            • 色矛总科（Chromadoroidea）
            • 带首总科（Desmoscolecoidea）
            • 带矛总科（Desmoderoidea）
          • 单宫亚目（Monhysterata）
            • 单宫总科（Monhysteroidea）
            • 绕线总科（Plectoidea）
            • 轴线总科（Axonolaimoidea）
        • 嘴刺目（Enoplida）
          • 嘴刺亚目（Enoplata）
            • 嘴刺总科（Enoploidea）
            • 三孔总科（Tripyloidea）
          • 矛线亚目（Dorylaimata）
            • 矛线总科（Dorylaimoidea）
            • 索总科（Mermithoidea）
          • 鞭虫亚目（Trichurata）
            • 囊样总科（Cystoopsioidea）
            • 鞭虫总科（Trichuroidea）
          • 膨结亚目（Dioctophymata）

Levin（1968）关于人畜寄生线虫的分类系统

• 泄腺纲（Secernentasida）
  • 垫刃目（Tylenchorida）
    • 垫刃总科（Tylenchicea）
  • 杆形目（Rhabditorida）
    • 小杆总科（Rhabditicea）
      • 小杆科（Rhabditidae）
      • 首叶科（Cephalobidae）
    • 棒线总科（Rhabdiasicea）
      • 类园线虫科（Strongyloididae）
  • 园线目（Strongylorida）
    • 园线总科（Strongylicea）
      • 钩口科（Ancylostomatidae）
      • 园线科（Strongylidae）
      • 比翼科（Syngamidae）
    • 毛园总科（Trichostrongylicea）
      • 毛园科（Trichostrongylidae）
    • 后园线总科（Metastrongylicea）
      • 后园线科（Metastrongylidae）
  • 蛔目（Ascaridorida）
    • 蛔总科（Ascaridicea）
      • 卡线科（Kathlaniidae）
      • 蛔科（Ascarididae）
      • 异刺科（Heterakidae）
    • 锥尾总科（Subuluricea）
      • 锥尾科（Subuluridae）
    • 尖尾总科（Oxyuricea）
      • 尖尾科
    • 箭形总科（Atracticea）
      • 箭形科（Atractidae）
  • 旋尾目（Spirurorida）
    • 旋尾总科（Spiruricea）
      • 旋尾科（Spiruridae）
    • 华首总科（Acuariicea）
      • 华首科（Acuariidae）
    • 吸吮总科（Thelaziicea）
      • 吸吮科（Thelaziidae）
    • 泡翼总科（Physaloptericea）
      • 泡翼科（Physalopteridae）
    • 丝虫总科（Filariicea）
      • 丝虫科（Filariidae）
      • 双三齿线虫科（Diplotriaenidae）
      • 蟠尾丝虫科（Onchocercidae）
      • 冠丝虫科（Stephanofilariidae）
  • 驼形目（Camallanorida）
    • 龙线总科（Dracunculicea）
      • 龙线科（Dracunculinae）
• 带腺纲（Adenophorasida）
  • 矛线目（Dorylaimorida）
    • 毛形总科（Trichinellicea）
      • 鞭虫科（Trichuridae）
      • 后毛体科（Anatrichosomatidae）
      • 毛形科（Trichinellidae）
  • 膨结目（Dioctophymatorida）
    • • 膨结科（Dioctophymatidae）
      • 索氏膨结科（Soboliphymatidae）

孔繁瑶教授关于线虫分类的意见（按孔教授1980年讲演材料）

• 尾感器亚纲（Phasmidia）
  • 垫刃目（Tylenchoida）
    •  
      • 垫刃总科（Tylenchoidea）
      • 滑刃总科（Aphelenchoidea）
  • 杆形目（Rhabditida）
    • 杆形亚目（Rhabditina）
      • 小杆总科（Rhabditoidea）
    • 蛔亚目（Ascaridina）
      • 蛔总科（Ascaroidea）
      • 尖尾总科（Oxyuroidea）
    • 园线亚目（Strongylina）
      • 园线总科（Strongyloidea）
      • 毛园总科（Trichostrongyloidea）
      • 后园总科（Metastrongyloidea）
  • 旋尾目（Spirurida）
    • 驼形亚目（Camallanina）
      • 驼形总科（Camallanoidea）
      • 龙线总科（Dracunculoidea）
    • 旋尾亚目（Spirurina）
      • 旋尾总科（Spiruroidea）
      • 丝虫总科（Filarioidea）
• 无尾感器亚纲（Aphasmidia）
  • 矛线目（Dorylaimida）
    • 矛线亚目（Dorylaimina）
      • 矛线总科（Dorylaimoidea）
  • 毛管目（Trichosyringida）
    •  
      • 索线总科（Mermithoidea）
      • 毛尾总科（Trichuroidea）

Maggenti（1981）线虫分类意见

• 无尾感器纲（Aphasmida）或有腺纲（Adenophorea）：
  • 刺嘴亚纲（Enoplia）
    • 刺嘴目（Enoplida）：如：刺嘴虫（Enoplus）。
    • 单齿目（Monochida）：如：单齿虫（Monochus）。
    • 矛线目（Dorylaimida）：如：矛线虫（Dorylaimus）。
    • 毛首目（Trichocephalida）：如：鞭虫。
    • 索虫目（Mermithida）：如：无尾大雨虫（Agamermisdecaudata）、索虫（Mermis）。
  • 色矛亚纲（Chromadoria）
    • 色矛目（Chromadorida）：如：色矛虫（Chromadora）。
    • 疏毛目（Araeolaimida）：如：绕线虫（Plectus）。
    • 带线虫目（Desmocolecida）：如：链头线虫（Desmoscolex）。
    • 单宫目（Monohysterida）：如：咽管线虫（Siphonolaimus）。
• 尾感器纲（Phasmida）或胞管肾纲：分为3个亚纲。
  • 小杆亚纲（Rhabditida）
    • 小杆目（Rhabditia）：例如：小杆线虫（Rhabditis）。
    • 圆线虫目（Strongylida）：例如：钩虫。
    • 蛔虫目（Ascaridia）：如：蛔虫。
  • 旋尾亚纲（Spiruria）
    • 旋尾目（Spiruria）：如：棘颚口线虫（Gnathostoma）。
  • 双胃线虫亚纲（Diplogasteria）
    • 双胃线虫目（Diplogasterida）：如：双胃线虫（Diplogaster）。
    • 垫刃线虫目（Tylenchida）：如：垫刃线虫（Tylenchulus）。

早期的DNA 排序研究認為線蟲應該包括下列五個演化支[24]：

• Dorylaimia
• Enoplia
• Spirurina
• Tylenchina
• Rhabditina

As it seems, the Secernentea are indeed a natural group of closest relatives. But the "Adenophorea" appear to be a paraphyletic assemblage of roundworms simply retaining a good number of ancestral traits. The old Enoplia do not seem to be monophyletic either, but to contain two distinct lineages. The old group "Chromadoria" seem to be another paraphyletic assemblage, with the Monhysterida representing a very ancient minor group of nematodes.

在胞管腎綱（Secernentea）之下各個亞綱，雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）可能會與小桿亞綱（Rhabditia）合併，而Tylenchia亞綱可能與這個合併後的分類為並系群[19]。

由於對圓蟲的系統學及支序分類學的認識，使牠們的分類作下列更新：

• Basal order Monhysterida
• Class Dorylaimea
• Class Enoplea
• 胞管腎綱（Secernentea）
  • 雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）：可能與小桿亞綱為並系群[19]
  • 小桿亞綱 Rhabditia：可能為並系群[19]
  • 旋尾亞綱 Spiruria
  • 垫刃亚纲 Tylenchia：可能與小桿亞綱為並系群[19]
• "Chromadorea" assemblage

基於對多種線蟲的小亞基rDNA序列幾乎全長的分析，線蟲被認為應該包含至少12個支序[25]： 包括秀麗隱桿線蟲（Caenorhabditis elegans）和幾乎所有主要動植物的寄生蟲在內的胞管腎綱冠群，在有腺綱內非常突出。

有關對線蟲動物門的系統學研究仍在改進中，這包括到分析959條線蟲的基因[26]。

現時世上所有線蟲物種的完整列表，可參看《World Species Index:Nematoda》這本書[27]。

來自Hodda (2011)對整個線蟲動物門的重新分類是這類動物最新的更新[28]。在這個更新裡，舊有的絕大多數分類都被歸到色矛綱（Chromadorea）之下；而與色矛綱同級的還有矛線綱（Dorylaimea）及刺嘴綱（Enoplea）[29]。

Liu等人 (2013)一項有關线粒体DNA的研究認為下列的分類為合理[30]：

• 矛線亚纲 Dorylaimia
• orders Rhabditida, Trichinellida and Mermithida
• suborder Rhabditina
• infraorders Spiruromorpha and Oxyuridomorpha

The Ascaridomorpha, Rhabditomorpha and Diplogasteromorpha appear to be related.

The suborders Spirurina and Tylenchina and the infraorders Rhabditomorpha, Panagrolaimomorpha and Tylenchomorpha are paraphytic.

The monophyly of the Ascaridomorph is uncertain.