佛教正覺同修會

蕭平實與其弟子們以佛教大乘經典為依據，評辨各種「不合經教」的論述，約從2003年開始，蕭平實與其弟子著書批評藏傳佛教不符佛教；正覺教育基金會董事長張公僕說，藏傳佛教中的「甘露」是尿、屎、腦髓、男精、女血，根本就不是佛經中所講的甘露。[15]此甘露內容在密宗白教陳建民上師的《曲肱齋全集》中也有提及。[16]

針對正覺的批評，藏人行政中央駐台代表達瓦才仁說正覺的背後有來自中共政權的政治目的；而正覺教育基金會張公僕董事長在美國自由亞洲電台所做的訪談中，則完全否認正覺和中共政權有任何關係；張公僕認為，正覺教育基金會只是針對藏傳佛教的教義中「嚴重違反倫理道德和社會治安」的部分，純粹從法律層面及保護婦孺角度來敘述事實，完全與政治無關。[17]

正覺同修會出版的正覺電子報，於2006年7月10日、8月10日出版之33期[18]、34期[19]，未經昭慧法師同意，重製昭慧法師1997年11月3日、12月17日、12月26日寄給被告平實老師之書信全文，及2000年7月13日寄給詹達霖之書信全文，觸犯著作權法第91條第1項之擅自以重製之方法侵害他人之著作財產權罪嫌，遭臺北地方法院檢察署檢察官提起公訴。後來昭慧法師當庭撤回告訴，因這是告訴乃論之罪，法院不受理公訴[20]。

美源統帥企業天下辦公大樓正面外觀

美源統帥企業天下辦公大樓背面外觀

正覺講堂在其所在的台北市承德路三段「美源統帥企業天下辦公大樓」外牆掛上大幅廣告，上面文字聳動，引發附近居民譁然。正覺同修會表示，廣告所述內容「都是事實」，有中英文書本及網站可搜尋，為了保護社會大眾，他們不會撤除。居民向台北市政府1999專線陳情，但還未獲市府回覆。該棟大樓管理委員會召開會議討論，主張在外牆懸掛廣告看板須經管委會同意；但正覺代表發律師函給管委會，指若未經同意拆除，將違反《中華民國刑法》毀損罪，正覺也要依《民法》請求侵權行為損害賠償；管委會因而未進一步處理。

對佛教歷史精研的前台大哲學系楊惠南教授則說，早期瑜伽修行在印度的確是一種宗教行為，目前有部分藏傳佛教支派吸納了印度教的做法、將所謂「性交修行」也納入，這與釋迦佛所強調的傳統佛教精義確有極大出入，正覺的提醒及批判並不意外。達賴喇嘛西藏宗教基金會董事長達瓦才仁也表示，印度佛教密宗經典確實記載有「無上瑜伽修行」的觀點，曾有過男女雙修的典故，但自古至今從未有人修至該境界。[21]

2011年1月19日，正覺教育基金會在自由時報A1版（頭版）下半版面刊登『保護台灣女性，必須瞭知喇嘛教的根本教義』廣告，該廣告亦於1月20日聯合報A16版、1月20日中國時報A1版、1月25日蘋果日報的C1影劇版頭版刊登，其後散發的傳單與網頁，將該篇廣告版面連同刊登日期及版面重製於傳單及網頁上。經讀者向自由時報反應誤會為自由時報的報導後，佛教正覺同修會將網頁予以修正，輔以明確之文字標示，予以澄清並提出說明。[22]