肯尼迪博物馆／马萨诸塞大学站

哥伦比亚站（1928年3月）

1845年，往返于波士顿与普利茅斯的旧殖民地铁路正式开通。[5]1868年11月2日，新月大道上设立车站，并以街道名命名。[6]

1926年，纽约、纽黑文和哈特福德铁路公司的肖穆特线停运，并卖给了波士顿高架铁路公司。高架铁路公司在原有铁轨的基础上，为剑桥-多切斯特地铁线修建延长线。新月大道和萨文山火车站改建成快速轨道交通车站。1927年11月5日，哥伦比亚站、萨文山站和菲尔兹角站开放，[2]这些车站站台具有可延展性，为未来站台扩建预留了空间。[7]

左侧为布伦特里支线站台，1988年启用，右侧为通勤铁路站台，2001年启用

早先的旧殖民地线客运服务于1959年结束运营，但是通往阿什蒙特的地铁一直未间断。1965年8月26日，剑桥-多切斯特线更名，成为波士顿地铁红线。[2]1971年，红线开通布伦特里支线，当时的布伦特里支线不在哥伦比亚站停靠。[2]

1982年12月1日车站更名，以附近的麻州大學波士頓分校和肯尼迪总统图书馆暨博物馆作为标志，命名为肯尼迪博物馆/马萨诸塞大学站（），车站站牌副标题为哥伦比亚站。1988年12月4日，车站重建，为布伦特里支线增加一座站台。工程花费1350万美元。[2][8]

1997年9月，马萨诸塞湾交通局恢复了开往米德尔伯勒/莱克维尔和普利茅斯/金斯敦的通勤铁路客运服务，2001年4月30日，车站的通勤铁路站台开放。[2] 2007年开始格林布什线恢复，列车在高峰期停靠在车站。[2]当时，由于车站站台为单轨道，并不是所有通勤铁路列车在工作日期间在此站停靠，而在周末时刻表相对固定时，所有列车都会停靠。2012年1月，马萨诸塞湾交通局提出想要恢复第二条轨道，以便所有列车停靠。[9]

肯尼迪博物馆/马萨诸塞大学站是城市环项目规划中的一个车站。[10]城市环项目是马萨诸塞湾交通局提议的一个巴士快速交通系统（BRT），旨在将现有辐状地铁线连在一起，减小市中心车站的换乘压力。最近的规划中，肯尼迪博物馆站将为快捷公交提供换乘。[11]然而由于资金短缺，城市环项目被搁置。

2012年至2013年期间，为应对周边日益严峻的犯罪问题，车站在原有12个摄像头的基础上，又增加了50多个监控摄像头，增强车站安全。[12]