雙翅目

大蚊下目 Tipulomorpha

• 大蚊科 Tipulidae

網蚊下目 Blephariceromorpha

• 網蚊總科 Blephariceroidea
  • 網蚊科 Blephariceridae
  • Deuterophlebiidae
• Nymphomyioidea
  • Nymphomyiidae

Axymyiomorpha

• Axymyiidae

毛蚋下目 Bibionomorpha

• 粗脈蚋總科 Pachyneuroidea
  • 粗脈蚋科 Pachyneuridae
• 毛蚋總科 Bibionoidea
  • 毛蚋科 Bibionidae
• 黑翅蕈蚋總科(眼蕈蚊总科) Sciaroidea
  • 蕈蚋科 Mycetophilidae
  • 黑翅蕈蚋科(眼蕈蚊科) Sciaridae
  • 癭蚋科(瘿蚊科) Cecidomyiidae

蛾蚋下目 Psychodomorpha

• 蛾蚋總科 Psychodoidea
  • 蛾蚋科 Psychodidae
• 冬大蚊總科 Trichoceroidea
  • Perissomatidae
  • 冬大蚊科 Trichoceridae
  • 蚊蚋科（殊蠓科、偽大蚊科）Anisopodidae
  • Scotopsidae
  • Synneuridae

細腰大蚊下目 Ptychopteromorpha

• Tanyderidae
• 細腰大蚊科 Ptychopteridae

蚊下目 Culicomorpha

• 蚊總科 Culicoidea
  • 細蚊科 Dixidae
  • Corethrellidae
  • 幽蚊科 Chaoboridae
  • 蚊科 Culicidae
• 搖蚊總科 Chironomoidea
  • 山蚋科 Thaumaleidae
  • 蚋科 Simulidae
  • 蠓科（糠蚊）Ceratopogonidae
  • 搖蚊科 Chironomidae

双翅目鹬虻科昆虫

虻下目 Tabanomorpha

• 虻總科 Tabanoidea
  • Pelecorhynchidae
  • 虻科 Tabanidae
  • 流虻科 Athericidae
  • 鷸虻科 Rhagionidae
• 水虻總科 Stratiomyoidea
  • Pantophthalmidae
  • 木虻科 Xylophagidae
  • Xylomyidae
  • 水虻科 Stratiomyidae

食蟲虻下目 Asilomorpha

• 食蟲虻總科 Asiloidea
  • 劍虻科 Therevidae
  • 窗虻科 Scenopinidae
  • 穴虻科 Vermileonidae
  • 擬蜂虻科（擬食蟲虻科）Mydidae
  • Apioceridae
  • 食蟲虻科 Asilidae
• 蜂虻總科 Bombylioidea
  • 小頭虻科 Acroceridae
  • 擬長吻虻科（網翅虻科）Nemestrinidae
  • 蜂虻科 Bombyliidae
  • Hilarimorphidae
• 舞虻總科 Empidoidea
  • 舞虻科 Empididae
  • 長足虻科 Dolichopodidae

落在菊花上的细扁食蚜蝇

雌性黑纹食蚜蝇（Episyrphus balteatus）

家蠅下目 Muscomorpha

• 扁腳蠅總科 Platypezoidea
  • 扁腳蠅科 Platypezidae
  • 槍蠅科 Lonchopteridae
  • Ironomyiidae
  • 澳蠅科 Sciadoceridae
  • 蚤蠅科 Phoridae
• 食蚜蠅總科 Syrphoidea
  • 食蚜蠅科 Syrphidae
  • 大頭蠅科 Pipunculidae
• 長腳蠅總科 Nerioidea
  • 微腳蠅科（瘦足蠅）Micropezidae
  • 長腳蠅科（指角蠅科）Neriidae
  • Cypselosomatidae
• 柄眼蠅總科 (突眼蝇总科) Diopsoidea
  • 瘦腹蠅科 Tanypezidae
  • 大眼蠅科 Strongylophthalmyiidae
  • 折翅蠅科（莖蠅科）Psilidae
  • Somatiidae
  • 馬來蠅科 Nothybidae
  • 細蠅科 Megamerinidae
  • Syringogastridae
  • 柄眼蠅科（突眼蠅科）Diopsidae
• 眼蠅總科 Conopoidea
  • 眼蠅科 Conopidae
• 果實蠅總科 Tephritoidea
  • 黑艷蠅科（尖尾蠅科）Lonchaeidae
  • 斑蠅科 Otitidae
  • 廣口蠅科 Platystomatidae
  • 果實蠅科 Tephritidae
  • 蜣蠅科 Pyrgotidae
  • Tachiniscidae
  • 粗股蠅科 Richardiidae
  • 草蠅科 Pallopteridae
  • 酪蠅科 Piophilidae
• 縞蠅總科 Lauxanioidea
  • 縞蠅科 Lauxaniidae
  • Eurychoromyiidae
  • 鎧蠅科 Celyphidae
  • 玳瑁蠅科（圓頭蠅科、鱉蠅科）Dryomyzidae
  • Helosciomyzidae
  • 沼蠅科 Sciomyzidae
  • 樹脂蠅科 Ropalomeridae
  • 艷細蠅科（鼓翅蠅科）Sepsidae
• 禾蠅總科 Opomyzoidea
  • 腐木蠅科 Clusiidae
  • 阿蠅科 Acartophthalmidae
  • 樹創蠅科 Odiniidae
  • 潛蠅科 Agromyzidae
  • 佛蠅科 Fergusoninidae
  • 禾蠅科 Opomyzidae
  • 小花蠅科 Anthomyzidae
  • Aulacigastridae
  • 樹洞蠅科 Periscelididae
  • Neurochaetidae
  • 畸蠅科（奇蠅科）Teratomyzidae
  • Xenasteiidae
  • 寡脈蠅科（星蠅科）Asteiidae
• 鳥蠅總科 Carnoidea
  • Australimyzidae
  • 蜂蠅科 Braulidae
  • 鳥蠅科 Carnidae
  • 葉蠅科（稗稈蠅科）Milichiidae
  • Risidae
  • 隱芒蠅科（大角小蠅科）Cryptochetidae
  • 稈蠅科（黃潛蠅科）Chloropidae
• 大跗蠅總科 Sphaeroceroidea
  • 日蠅科（陽蠅科）Heleomyzidae
  • 妖蠅科 Mormotomyiidae
  • 液蠅科 Chyromyidae
  • 大跗蠅科（小糞蠅科）Sphaeroceridae
• 水蠅總科 Ephydroidea
  • 擬果蠅科 Curtonotidae
  • Camillidae
  • 果蠅科 Drosophilidae
  • 小果蠅科 Diastatidae
  • 水蠅科 Ephydridae
• 蝨蠅總科 Hippoboscoidea
  • 舌蠅科 Glossinidae
  • 蝨蠅科 Hippoboscidae
  • 蝠蠅科（蝙蝠蠅科）Streblidae
  • 蛛蠅科 Nycteribiidae

糞蠅科的黄粪蝇

• 家蠅總科 Muscoidea
  • 糞蠅科（擬花蠅科）Scathophagidae
  • Anthomyidae
  • 廁蠅科 Fanniidae
  • 家蠅科 Muscidae
• 狂蠅總科 Oestroidea
  • 麗蠅科 Calliphoridae
  • Mystacinobiidae
  • 肉蠅科 Sarcophagidae
  • 短角寄蠅科 Rhinophoridae
  • 寄生蠅科 Tachinidae
  • 狂蠅科 Oestridae