香港01

周報於首日出版時，其中一頁廣告漏印了卡地亞的標誌，因此要全面回收重印[14]。

銅鑼灣書店店長林榮基回港後，《香港01》2016年6月15日上載一條片段及新聞，聲稱在林榮基家中有女聲談及林榮基的桃色糾紛，提及有人與另一女子涉及床上片段事件，惟有關片段製作粗糙，聲音與畫面明顯是分開錄製，其後再合成而來，而報導中記者聲稱曾多次揚聲詢問及按門鈴亦沒有出現在片段中。至12月，《香港01》修改標題及部分內容，引述劉銳紹認為，姑勿論林榮基有否涉及桃色糾紛，與他在內地「被失蹤」8個月都無關，內地政府要令人噤聲，慣常手段都是抓住當事人的桃色醜聞或犯罪等「痛腳」破壞其名譽。至今《香港01》亦未撤回相關報導及向林榮基道歉。[16]

2017年6月27日《香港01》「01觀點」以「香港01記者」為署名發表了《劉曉波保外就醫　一個愛國知識份子的悲劇 页面存档备份，存于》引起社會若干批評，指香港01認為「中共寬大對待劉曉波」：

（原文）「據報道，被控煽動顛覆國家政權罪的諾貝爾和平獎得獎者劉曉波，患上了末期肝癌，已辦理保外就醫手續。劉曉波以這種形式離開牢獄，可以說是一個悲劇，而中共當局亦勢必背負製造這場悲劇的罪名……事件發展至今，雖然劉曉波將保外就醫，但不少人看到的並非中共當局的寬大，而是偏激地認為其『殘忍』，要將劉曉波『摧殘』到身患重病，才將他釋放出監。這種觀點或許超越理性批評，但卻很有市場，讓中共當局都只能對當中的責任概括承受，成為造成這宗悲劇的『歹角』……」

該文以上論點其後在一天後被修改或刪減，但至今香港01未回應外界批評[17]。

2017年12月21日，香港《眾新聞》報道，《香港01》公開英國當局修改檔案法而提早解密的六四事件檔案，然而報道上午發佈後遭抽起，至下午刪改後才重新發佈[18]。經修改後，解放軍27軍在天安門清場時向學生、平民和沒有攜帶武器的士兵“無差別攻擊”的內容遭到刪除，而原版的沒有武器的士兵和學生被軍車“射殺”變成“中槍”。此外，原文引述英方報告指裝甲車多次碾過屍體把他們“压成肉餅”，亦遭到刪除[19]。《香港01》總編輯龍景昌回應傳媒查詢時指，修改的原因是文章「寫得不好」、有「誤導內容」，創辦人于品海有沒有參與改動文章並不重要，因為這些評論是自己「作為總編輯」的話。不過，龍景昌拒絶回應于品海是否介入[20]。

2017年12月22日，香港記者協會發表聲明，關注《香港01》對六四報道的處理手法。聲明指，據記協了解，《香港01》按英國解密檔案製作了最少分兩天刊登的六四報道，原定於12月21日發表的第二批稿件被擱置；記協表示極度關注，擔心因報道涉及政治敏感議題而被自我審查[21]。

2018年3月28日，《香港01》出現高層變動，總編輯兼總經理龍景昌3月底離職，于品海出任行政總裁以及暫代總編輯職務，但並無交代龍景昌離職原因。香港記者協會發出聲明，對此表示極度關注，憂慮人事安排會影響編採獨立。[22]

2019年2月22日，《香港01》向員工發信，以「重整部門架構及人力資源」為由，裁員約70多名員工，佔整體員工比例約9%。多個平台均有人被解僱，如版採主級人員、攝影組、影片製作組、「娛樂」組和「開罐」等。其中有逾100名員工的視頻製作及攝影部裁減30人，「社區」組有約一半人被裁，而2018年秋季才成立的天氣交通組全面遣散。有員工透露稍後或會再有進一步裁員的行動，估計需裁減三成人手。[23][24]

《香港01》的報導和該公司老闆的背景，令外界存在習近平派系在香港的疑團。老闆于品海指「只可以鬧梁振英，不可鬧習近平」，原因是他在開會時發現，員工對前行政長官梁振英大多負評；而于品海舉出習近平自2012年上任中共總書記後推行反貪腐、建保障房、戶口改革、二胎政策等行為，因此他認為習總書記是值得讚賞的[25]。

近年多家媒體發現，于品海的集團發展與中國大陸太子黨的「中」資集團關係密切[26]。程翔的文章提及于品海旗下的報章，與其他的親中共中央、解放軍背景的媒體和港區全國人大人士如范徐麗泰，批評香港中聯辦和梁振英使港獨冒起的言論，是將習近平與統治問題分清關系[27]。另有國外中文媒體報導，前中共中央外宣辦主任、現任新華社長蔡名照與于品海淵源較深，是其後台支撐；中共中央總書記習近平在中共中央統戰工作會議發表講話時表示，要鞏固發展「最廣泛的統一戰線」，其中包括「新媒體中的代表性人士」。[28]

於2019年香港區議會選舉前夕，香港01發表兩篇評論，點名不支持203名候選人引起爭議，更疑違反《選舉（舞弊及非法行為）條例》[29]。《香港01》至少188名編採人員於投票日發表實名聯署聲明，質疑有關評論有欠公允、有失專業，更可能影響選舉的公平公正，以示遺憾和強烈不同意。[30]而網上亦流傳一段疑為員工大會錄音，創辦人于品海回應員工提問時，表示無論支持或反對政府陣營都有不公平言論，而且示威者破壞商店和擲汽油彈等行為是影響社會運作，「是百分之一百違法。」而堅持發表不支持名單是「好公正」，亦歡迎廉政公署調查。[31]

於2019年香港逃犯條例爭議期間，香港01的記者多次被針對，部分事件亦獲得其他傳媒報導。

2019年12月7日，香港政研會於中午在灣仔舉辦「愛國護港大集會」，民主思路、愛港之聲等團體均有成員出席，包括香港政研會鄧德成在內有多名發言人士表示區選結果不公平，要求重新點票。其後包括香港01在內至少6名記者被包圍及推撞，在場人士以「黑記」、「暴徒」、「曱甴」等字詞形容記者，亦高舉「我們討厭假新聞」等字句，《香港01》一名男記者上前採訪時亦被圍堵騷擾，相機貼上標籤，該記者出示記者證後仍被指是同黨及假記者，並被數名人士推撞，另一名攝影記者同樣被包圍[32][33][34]。

2019年11月23日香港區議會選舉的前一天，《香港01》評論編輯室發表兩篇分別題為《什麼人不符合出任區議員應有的品格和德行》及《政治素人空降區選 讓他們鍛煉多四年》的《01觀點》文章，點名不支持203名候選人，引起爭議及疑似違反選舉條例及指引，一群《香港01》編採人員實名聯署就此發出聲明，當中指出由評論編輯室撰寫的觀點文章不代表聯署人士的立場，兩篇評論文在沒有提供充分事實論證之下，點名不支持多名候選人，同時亦未予當事人解釋機會，且大部分在名單內的人並無列出被「不支持」的原因，是有欠公允和有失專業之舉；聲明又指相關文章涉嫌違反選舉管理委員會公布的《區議會選舉指引》，以及《選舉（舞弊及非法行為）條例》；此外，聲明指出《香港01》員工過去數月的反修例示威中，屢次遭到不合理對待，例如有員工被警員用槍指嚇及直接以催淚彈、水炮車、胡椒噴霧攻擊，有警員將站在原地拍攝拘捕的記者誣衊為「衝擊警方防線」，亦屢次有員工被各種不同政見人士襲擊，並有採訪車遭毁壞，批評公司並未公允地譴責粗暴對待員工的行為，提供的保護裝備亦不足。聲明又指，聯署者尊重編輯室有其自由發表觀點，但爭議文章發表後往往是員工在採訪時被敵意對待，客觀效果是導致「社論促使社會撕裂，同事先輸」[35]。