內分泌系統

• 生長激素釋放激素（GHRH，Growth Hormone Releasing Hormone）
• 生長激素抑制激素（GHIH，Growth Hormone release-Inhibiting Hormone），又稱體抑素（Somatostatin，Growth Hormone release-Inhibiting Hormone）
• 促腎上腺皮質素釋放激素（CRH，Corticotropin-Releasing Hormone）
• 促甲狀腺激素釋放激素（TRH，Thyrotropin-Releasing Hormone）
• 促性腺激素释放激素（GnRH，Gonadotropin-Releasing Hormone)
• 泌乳素抑制因子（PIF，尚未證實，Prolactin release-Inhibiting Factor）
• 泌乳素促進因子（PRF，尚未證實，Prolactin Release Factor）
• 多巴胺（DA）

• 腦垂腺前葉(Anterior pituitary)：
  • 生長激素（GH, Growth Hormone）：促進全身細胞及組織生長
  • 促皮質素（ACTH, Adrenocorticotropic Hormone）：促使腎上腺皮質分泌腎上腺皮質激素
  • 甲狀腺刺激素（TSH, Thyroid-Stimulating Hormone）：促使甲狀腺分泌甲狀腺素及三碘甲狀腺素
  • 濾泡刺激素（FSH, Follicle-Stimulating Hormone）：在排卵前刺激卵巢中濾泡成長；促使睾丸中的精子生成
  • 黃體成長素（LH, Luteinizing Hormone）：對濾泡最後的成長及排卵非常重要；促使卵巢分泌女性素，睾丸分泌男性素。
  • 泌乳素（PRL, Prolactin）：促進乳房發育及乳汁分泌
• 腦垂腺後葉(Posterior pituitary)：
  • 抗利尿激素（Vasopressin, 也称为血管加压素, ADH, Antidiuretic Hormone）：使腎保留水分，高濃度時能使血管收縮而造成血壓上升。
  • 催產素（OT, Oxytocin）：分娩時促進子宮收縮；促使乳腺的肌皮膜細胞收縮，當嬰兒吸吮時，乳汁便可流出。

• 褪黑素（Melatonin）

• 皮質
  • 糖皮質激素（Cortisol）：調節糖類、脂肪、蛋白質的代謝
  • 醛固酮（Aldosterone）：作用於腎小管對鈉離子的重吸收和排出鉀離子
• 髓質
  • 腎上腺素（Epinephrine）
  • 正腎上腺素（Norepinephrine）

• 甲狀腺激素（Thyroid Hormone）
  • 四碘甲狀腺素（T4, Thyroxine）、三碘甲狀腺素（T3）
• 降鈣素（Calcitonin）

• 副甲狀腺素（Parathyroid hormone）

(控制鈣的濃度)

• α-細胞：升糖素（Glucagon）
• β-細胞：胰島素（Insulin）
• δ-細胞：體抑素（Somatostatin）

• 動情素（雌性素，Estrogen）
• 黃體酮（助孕酮，Progesterone）

• 睪固酮（Testosterone）

• 動情素（雌性素，Estrogen）
• 黃體素（助孕酮，Progesterone）
• 人類絨毛膜促性腺素（hCG）
• 人體胎盤生乳素（HPL）

• 心房利鈉肽（ANP）

內分泌系統和免疫系統之間有頻繁的雙向交互作用[2]。 皮质醇主要具有免疫抑制效果[3][4]，而多巴胺有免疫調節的功能[5]。另一方面，發炎時產生细胞因子會激化HPA軸，使三個的準位都到達高準位，得以產生負回授[6]。而且细胞因子會使肝臟釋放铁调素，最終會導致慢性貧血[7]。

文昌魚有哈氏凹窩（Hatschek's pit），具有類似腦下腺的結構，能產生類似脊椎動物促性腺激素的物質，並具備原始的激素調控作用。

海鞘有神經腺（Neural gland），是一個囊狀構造，位於神經節下方，以纖毛漏斗開口於咽部的背方。含有升壓素和類似催產素的物質，但其功能仍有待研究，該腺體與文昌魚的哈氏凹窩相似。在咽部有一個類似甲狀腺的分泌醣蛋白的內分泌腺，該腺體的分泌受血液運送的某物質所控制。

松果眼影響八目鰻的沙床幼蟲隨晝夜的體色變化、變態及生殖作用。

腦垂腺會分泌黑素胞刺激素、精胺酸血管加壓素、生殖促進素。黑素胞刺激素的分泌是由松果眼經由下視丘來控制，可影響體色的變化。八目鰻的腦垂腺具有其它脊椎動物的主要特點，但缺乏足額的激素，控制系統較簡單。

沒有腎上腺，只有腎上腺組織，分散在身體各部分，有兩類細胞。腎間細胞（interrenal cell）在前腎一帶大靜脈的下方形成若干簇。腎上組織（suprarenal tissue）很發達，分布在心臟和大型血管壁上，含有兒茶酚胺，心臟組織中有腎上腺素和正腎上腺素。

在前腸和腸的交接處，有成簇的蘭氏濾泡（follicles of Langerhans），其中只發現一種與哺乳動物分泌胰島素相似的β細胞。若用燒灼法破壞此組織，會引起血糖增高；若注射葡萄糖則這些細胞內會形成液泡，故這些細胞與醣類代謝有關。