区庄站

本站共有六層，地面為车站各出入口，周边为環市東路、農林下路及附近建築物，在E出入口站房部分的地上二層為辦公區域，地下一層為設備用房；地下二层为北站厅；地下三层为5號線站台層；地下四层为北站廳客流集散區以及南站廳；地下五層為6號線站台層。

與5號線使用暗挖法建設站台的各站一樣，本站5號線部分使用了搪瓷板裝修車站，配色為湖綠色；而6號線部分則使用了玻璃幕板裝修，配色為首期非重點站統一的灰綠色。

值得一提的是，本站除了位於環市東路北側的北站廳為明挖外，包括兩線月台以及農林下路地底的南站廳等結構都使用了暗挖法完成。

雖然6號線建設時需要根據國家新標準，在車站內加設公共洗手間，但由於本站是統一設計，並隨5號線同步建成的車站，5號線設計施工時没有考慮設置公共洗手間；後期6號線建設時亦未能騰出足夠的設備區空間以設置公共洗手間。因此本站是6號線首期少數沒有站內公共洗手間的車站之一，若要使用洗手間則需要出站前往C出口鄰近的市政公廁；亦可向車站職員求助，使用站內的員工洗手間。

地上二層	辦公樓層	辦公室
地面	E出入口	警务室、安检设施
地下一層	設備層	車站設備
地下二層	北站廳 5号线	售票機、客服中心、母婴室、安检设施 非付費區聯絡通道往南站廳
地下三層		2站台 5号线 滘口方向（淘金站）
	分離式島式月台
		1站台 5号线 文冲方向（動物園站）
地下四層	北站廳	客流集散廳 換乘通道來往5號線及6號線
	南站廳 6号线	售票機、客服中心、安检设施 非付費區聯絡通道往北站廳
地下五層		4站台 6号线 浔峰岗方向（東山口站）
	分離式島式月台
		3站台 6号线 香雪方向（黃花崗站）

北站厅（地面）

北站厅（地下一层）

南站厅

区庄站现时建有2个站厅，一个位于环市东路北側的北站厅，以及农林下路地底的南站厅。北站厅位于地下二层，色系为湖綠色；南站厅位于地下四层，色系为灰绿色。两个站厅之间通過车站东侧的非付费区通道连接。兩個站厅均設有客務中心和多组售票机。

站厅收费区内设有多组扶手电梯和楼梯可供乘客来往于南北站厅、客流集散廳以及各自线路的月台。此外，北站厅付费区内设有一台连接5号线月台的专用电梯。另外由于车站设计的所限，6号线站台無法设置直達站廳的专用电梯，乘客如需乘坐专用电梯來往站厅和6号线月台層，只能先抵達5号线月台層，隨後再转乘另一部往北站厅付费区的专用电梯。[3]

由于车站的特殊设计，车站站厅无论是收费区还是非收费区均没有设置商店；但会设置好易自助服务机。而本站的母婴室设于地下一层北站厅靠近前往客流集散廳的扶手电梯旁。

1号站台（5号线文冲方向）

4号站台（6号线浔峰岗方向）

两线換乘通道

本站5號線月台設於環市東路地底，6號線月台則設於農林下路地底。皆為分離島式月台。

兩線月台以及北站廳負一層都分別設有扶手电梯及樓梯連接至北站廳負四層的客流集散廳，換乘則需經過客流集散廳進行。乘客亦可通过连接两线月台的升降机进行更为直接的换乘。

两线月台上的書法站名字体也有所区别，5号线在焗漆板上采用由叶根友制作的书法字体，6号线在玻璃板上采用华文行楷電腦字体。

1号站台全景图（5号线文冲方向，摄于2014年8月）

4号站台全景图（6号线浔峰岗方向，摄于2014年8月）

B2出入口

C出入口

D出入口

区庄站目前设有6个出入口供乘客进出，出入口分布于车站南北站厅以及联络通道，其中E出入口设有专用电梯以连接车站北站厅。

因本站风亭改造工程施工需要，D出入口于2016年11月4日起封闭[4]，2017年7月8日重新启用[5]。

		編號	设施	出口指示	建議前往的目的地
		南北站廳聯絡通道
		A		环市东路	先烈南路、中山大学中山眼科中心、广州市执信中学
		C		环市东路	广州市道路养护中心、广东工业大学、卓越教育区庄一对一教学中心、浦发银行（环市东支行）、广东工大（地铁区庄站）公交车站（东行）
		南站廳
		B1		农林下路	犀牛路、犀牛路口公交车站①
		B2		农林下路	东风东路、广东省教育厅、广东省文化厅、广东粤剧艺术中心、广东省人民政府教育督导室、广东省高等学校毕业生就业指导中心、广州王府井百货、广州东山宾馆、犀牛路口公交车站②
		北站廳
		D		环市东路	广东工大（地铁区庄站）公交车站（西行）
		E		环市东路	先烈中路、犀牛北街、区庄立交
		註︰ 設有 |  設有 |  設有 |  設有扶手電梯

區莊站最早出現在1997年的《廣州市城市快速軌道交通線網規劃研究（最終報告）》，是當時3號線的一個中途站，位置已大致與現時相同。2003年方案中，5號線、6号线在本站設有換乘，同时区庄站成為通車時正式使用的站名。

5號線與6號線分別於2006年內動工，本站作為兩線換乘站，統一設計和建設。並於2009年12月28日隨5號線開通而啟用，初期仅启用北站厅以及5号线月台。2013年12月28日下午，本站5號線開通時隔4年之後，本站地下五層的6號線站台以及南站厅部分隨6號線首期開通而啟用。

另外在車站設計中，B出入口通道南端亦預留接口，可供未來增建換乘通道，通往當時規劃途經東風路的14號線（現13號線）農林下路站[8]。惟現時13號線農林下路站的規劃設計方案中，車站位於東風東路竹絲崗二馬路口，與區莊站預留接口的距離有逾400米的路程（沿東風東路至農林下路行走）。而農林下路站亦被定位為非換乘站，未有計劃建設換乘通道或預留接口。

在本站建设期間，由于施工方和车站旁廣東工業大學宿舍的住户一直无法得到共識，無法順利拆迁。地铁方面只能修改车站建设方案，车站明挖部分面积缩小，原本规则形状的车站北站廳，遂更改成不规则形状。因此客流集散廳面積被縮小，無法設置扶梯連接6號線站台，只能設置兩條樓梯進行換乘。同時原定設在本站上蓋的區域控制中心（控制4、5及6號線）亦被迫取消[9]。

同样本站B出入口原設置在农林下路小学旁边的发廊，遭到该学校多数学生家长的反对。原因在于地铁出入口设置在学校范围内，會令閒雜人等聚集在學校附近。地鐵方面只能把B出口改為在犀牛路口设置。但同样遭到学生家长的反对，原因是B出入口和学校隔了马路，會令小孩上学不安全。但地鐵方面這次沒有作出任何回應。

广州地铁方面在2020年12月，对本站E出入口的地面站厅及负二层的北站厅部分区域进行升级改造，在北站厅负二层北侧增设非付费区通道，以连通E出入口的扶手电梯和专用电梯，而E出入口所在的地面站厅将完全成为非付费区。相关工程将于12月底完成。改造后，E出入口可连通车站原有的非付费区，使得各出入口在非付费区内可互相连通。[10]

• 2014年7月9日上午8时53分，5号线一列车有乘客携带的保温瓶碎裂，由于瓶子内胆含有液化氮保温材料，碎裂时液化氮呈液雾状散出，引发部分乘客恐慌走避。为确保安全，调度人员组织该列车在区庄站清客。後續列車亦因本次事件受到延誤。

• 2017年5月6日下午，本站6号线月台处一名72岁女乘客下车时踏空，脚被夹在站台与车体之间的缝隙中。有乘客主动从车上下来参与救助，在车站人员和乘客的协力配合下，老人顺利脱困。随后列车便恢复通行。整个救助过程仅仅持续5分钟。[11]