GenBank

**GenBank**
内容
有機體	所有
相關信息
研究中心	NCBI
发布日期	1982年
访问入口
数据格式	XML; ASN.1; Genbank format;
网站	NCBI
下載地址	ncbi ftp
網絡服務地址	eutils; soap;
工具
Web	BLAST
Standalone	BLAST
其他
许可	Public domain-US Government

基因銀行（GenBank）是一个开放获取的序列数据库，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。

此数据库是国际协作核酸序列数据库（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。

成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長[1][2]，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。[3]

历史

1979年，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LANL）理论生物学和生物物理学小组页面存档备份，存于的Walter Goad等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库，最终成为了公共的 GenBank数据库的前身[4]。1982年，由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资，LANL与BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超过2,000个序列被存储在GenBank。

在20世纪80年代中期，斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目[5]。作为最早的互联网生物信息学社区项目，GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的BIOSCI/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心[6]。

Genbank和EMBL在1986/1987年出版的《核苷酸序列》I到VII卷

Genbank v100版本的CDRom

发展

在GenBank的版本162.0（2007年8月）的发行说明中道出：“从1982年到现在，GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”[7]

截至2013年7月8日 (2013-07-08)，GenBank的版本196.0已有165,740,164个基因座，152,599,230,112个碱基，165,740,164个报导序列[3]。 GenBank数据库还包括一些额外的数据集，不包括在这个统计内。

GenBank中碱基对数目的增长，1982到2007，半对数图

GenBank中碱基数前二十的物种（版本 191）[8]
物种	碱基对
智人 Homo sapiens	701016310774187000016,310,774,187
小家鼠 Mus musculus	70099974977889000009,974,977,889
褐鼠 Rattus norvegicus	70096521253272000006,521,253,272
家牛 Bos taurus	70095386258455000005,386,258,455
玉米 Zea mays	70095062731057000005,062,731,057
野豬 Sus scrofa	70094887861860000004,887,861,860
斑馬魚 Danio rerio	70093120857462000003,120,857,462
紫色球海胆 Strongylocentrotus purpuratus	70091435236534000001,435,236,534
普通獼猴 Macaca mulatta	70091256203101000001,256,203,101
水稻 Oryza sativa Japonica Group	70091255686573000001,255,686,573
红花烟草 Nicotiana tabacum	70091197357811000001,197,357,811
非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis	70091249938611000001,249,938,611
黑腹果蝇 Drosophila melanogaster	70091119965220000001,119,965,220
黑猩猩 Pan troglodytes	70091008323292000001,008,323,292
拟南芥 Arabidopsis thaliana	70091144226616000001,144,226,616
家犬 Canis lupus familiaris	7008951238343000000951,238,343
酿酒葡萄 Vitis vinifera	7008999010073000000999,010,073
原雞 Gallus gallus	7008899631338000000899,631,338
大豆 Glycine max	7008906638854000000906,638,854
普通小麦 Triticum aestivum	7008898689329000000898,689,329

另见

Ensembl
Human Protein Reference Database (HPRD)
序列分析
UniProt
已测序真核生物基因组列表
已测序古菌基因组列表
RefSeq — the Reference Sequence Database
Geneious — includes a GenBank Submission Tool

参考文献

Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; 等. . Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942. PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; 等. . Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462. PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
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Hanson, Todd. . Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.
. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.
Benton D. . Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520. PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
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Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. . Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681. PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.

本条目引用的公有领域材料来自美国国家生物技术信息中心的文档《NCBI Handbook》。

外部链接

GenBank 页面存档备份，存于
Example sequence record, for hemoglobin beta
BankIt 页面存档备份，存于
Sequin 页面存档备份，存于 — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database.
EMBOSS 页面存档备份，存于 — free, open source software for molecular biology
GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?页面存档备份，存于
GenBank File-Format Converter 页面存档备份，存于

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[pmid18073190-1] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; 等. . Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942. PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.

[pmid18940867-2] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; 等. . Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462. PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.

[ReleaseNotes-3] . NCBI. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-12-22）.

[lanl2000-4] Hanson, Todd. . Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.

[lanl1994-5] . [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.

[pmid2326192-6] Benton D. . Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520. PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.

[7] Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. . Nucleic Acids Research. 2013-1, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190. PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始内容存档于2020-05-14）. 请检查|date=中的日期值 (帮助) 引文格式1维护：PMC格式 (link)

[pmid21071399-8] Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. . Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681. PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.