筒石站

現時使用的站房為第二代，於1969年隨北陸本線複線化及電化時遷移至此。

第1代車站

位於現時大字筒石5區邊沿，靠近大字藤崎方向，為單層木製站房[4]，原來的站房已經不再存在，而是變為日本農業協同組合（JA）「JA翡翠」的農業倉庫及工場，並在路旁設置由當地鐵道愛好組織所豎立的紀念石碑[5]，正面寫上：

背面則記有：

石碑上的文字會定期補回顏色。至於石碑後的農業倉庫於2010年代初期已被拆卸[7]，現時仍為一塊空地，旁邊的工場則仍然保留。至於原來的單線路軌及多條已棄用的舊隧道，則已改建為新潟縣道542號，是一條單車專用的道路，又稱「久比岐單車徑及步行徑」[8]。

第2代車站

複線化工程把車站向東邊山區轉遷，位置改於大字仙納的邊沿，沿步行徑返回馬路則已回到大字筒石的範圍。站舍採用單層鐵板及鋼筋所搭建，站舍左側另設為單車停泊處。入口位於站房中央，進站後即為附有座椅的候車大堂和設有閘門的閘口，閘口前端附設有供參觀用入場劵的日期打印機，在站員配置時段，會有一名站員於閘口外檢查車票及控制閘門；左側為票務處及站務員室，外牆分別掛有開站紀念板及新站紀念板各1塊[9]。右側為洗手間，出入口設於站外。

筒石站的平面圖。

閘口與隧道口之間兩側的隔風圍板，中央為2塊斜放圍板。

位於連絡通道盡頭的候車室及通往月台的金屬趟門。

第1代車站

從過往JR西日本發售的紀念入場劵中，可看到第1代車站為列車可交換車站，設有側式月台2個[4]。

第2代車站

設有不對稱式側式月台2個，提供2面2線的配置。月台設於頸城隧道內，由站舍通過閘口後，便到達進入地底範圍的步行隧道。閘口與隧道口間設置有2塊斜放的圍板，用以阻隔從隧道內湧出的強風，並且改變風向以免影響由閘口出入的人士。由隧道口至各月台間全為梯級，並沒有設置升降機及扶手電梯，雖然部份樓梯的兩側設有斜度，似乎有預留位置用作興建扶手電梯，但一直至現在也沒有打算興建。

經過224級樓梯後（樓梯級有標示級數），到達上、下行月台的分岔後，上行月台須經過跨線通道後，再沿樓梯前往。兩邊盡頭均為設有金屬趟門的候車室，內設有候車座椅，列車到達或通過時，會有信號提示。相比位於北北線，同樣屬隧道內建有月台的美佐島站，在閘門上安裝了自動上鎖裝置、及在月台上裝有感應器及警告信號廣播，筒石站的月台並沒有裝有上述的設備，換而言之，乘客是可以於任何時間自由出入月台及在月台上停留，因此吸引不少鐵路迷於月台上逗留，觀看不停站列車以高速通過月台，為免發生意外，月台上除了設有監控電視，部份月台中央位置加設了圍欄外，亦在月台上張貼警告提示，提醒在月台上逗留的乘客要注意人身安全，當列車通過時，應儘量企近牆邊或返回閘門後方，每當普通列車到達時，亦會有站員在月台上當值及監察。JR西日本時期，本站配置有多位站員，24小時輪流在車站範圍內當值。

各月台並沒有附有編號，站內指示牌全以上下行及目的地作標示之用。