肅清大屠殺

英軍在1942年2月15日於新加坡日軍投降後，日軍當局開始關注當地的作為重要經濟支柱的華人，而且，有些有錢的華人更在經濟上支持蔣介石的国民政府抵抗日本。日军發現馬新的華人都是親中國或英國的。由辻政信中佐帶領的日佔領軍政府便採取了一個消除反日分子的政策。

日軍當局將以下定為「不歡迎的分子」[1]：

• 有參與中國救濟基金的華人。
• 在中國救濟基金作出貢獻的富有華人。
• 南洋國家救助運動領袖陳嘉庚的擁護者。
• 海南人，因為日軍相信他們是共產主義者（可能源於中國共產黨在海南領導的抗日武裝力量琼崖纵队曾給予日軍沉重打擊，再加上有大量海南籍的華僑亦積極參與其中）。
• 抗戰爆发後移居新馬的華人新移民。
• 有紋身的人，因為日軍相信他們是地下秘密組織成員，特別是黑社會。
• 幫助英國的華人義勇兵。
• 公務員和懷疑對英國有好感的華人，例如太平紳士和海峽殖民地立法局成員。
• 有武器和危害公共安全的人。

在新加坡，日軍當局在多個地方設立「甄別中心」。他們的計畫是甄別所有介於18至50歲的華裔男性，將所有的「反日分子」剷除[2][3]。在甄別中心有多部貨車負責帶走有嫌疑的華人，將他們帶到偏僻的地方槍殺。辻政信是参与者之一，有证言称辻政信说过“要新加坡华人减半”。

在馬來西亞，日軍當局沒有那麽多時間和人力來甄別當地所有分散的華人社區。雖然日軍當局使大家以為它們嘗試過甄別遊擊隊分子，有很多地方的人民都被無區別地大規模殺害。

因為日軍承認他們無力處死達5萬個新馬華人，加上日軍在東南亞其他地方的戰事使它們的資源吃緊，所以日軍在3月3日終止了這個華人大屠殺行動。

因為偵查的時候沒有記錄的關係，沒有人知道真正的傷亡人數。但是日本和南洋兩方都有不同的總數。日本的官方數字是5000人，新加坡總理李光耀的数字是可證實的有五万人，估計數字是九萬人。[4]戰後的審訊中的證據提出的數字是約25,000人至50,000人左右。

在1947年，新加坡英政府設立了一個軍事法庭來審判策劃肅清大屠殺的軍方官員。7個新加坡日佔軍事政府的官員被指控策劃肅清大屠殺。据说，策划者（辻政信）逃脱了战争罪犯和不得不遵循辻政信命令的军官（日本二戰投降后，辻政信透過蔣介石躲避英军的搜捕，由军统机关安排，辗转经河内、重庆于1946年7月1日到南京，被安排在国防部第二厅“第三研究室”办公。辻政信于1948年5月26日回到日本以后，四处躲藏，直到1950年1月1日駐日盟軍總司令部（GHQ）宣布战犯搜索结束以后，辻政信才敢公开露面）。其中的兩個被判死刑，其他的5個被判終身監禁。被执行的是河村参郎的队长和军事上尉大石正幸, 他们两人都没有计划屠杀，但他们不得不服从辻政信的命令。這個法庭接受了紐倫堡法庭所沒有接受之「聽從命令」的辯護[1]。雖然華人社區要求殖民政府在當衆處死這兩個軍官，但是英政府只讓6個受害者的家人去看。被判死刑的軍官在1947年6月27日被處死。雖然當地華人極不滿，英國的新加坡政府認為肅清大屠殺告一段落而沒有再日本要求賠償。

但是，新加坡脱離英國殖民統治以後，另一股新的反日情緒又興起。日本外交部在1963年拒絕新加坡政府的要求。日本的理由是1951年的《舊金山和約》已經就英國（和它的殖民地）的賠償作出了和解。但是總理李光耀作出回應，說英國殖民政府不可以代表新加坡人的聲音。在1963年9月，新加坡的華人開始了一個罷買日貨的活動，但是他們經濟上只可以維持7日。

新加坡在1965年8月9日脫離馬來西亞聯邦，成為一個獨立主權國後，新加坡政府再一次日本政府要求賠償和道歉。在1966年10月25日，日本政府同意向新加坡政府賠償5000萬美元，其中一半是津貼，而另一半是借貸。但在這個賠償中日方並沒有作出官方道歉。

今日在新加坡市中心的戰爭紀念公園，建有「日本佔領時期人民紀念碑」以紀念這段歷史。

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