南京港

南京港的岸线曾多次坍塌，有记载的坍塌如下：[2]

• 1548-1567年，上新河镇附近纵深5公里的陆域发生坍塌；
• 1903年1月12日，下关港区的太古码头（今下关2号码头）发生坍塌，旁边的交通设施、货运设施和150人都跌入江中；
• 1939年2月，下关港区1、2、3号码头塌方；
• 1947年3月4日，下关港区招商局所属3、4号码头一段长88米、宽14米的江岸突然塌方，造成40人死亡，10余人重伤，19艘船只翻沉；这次事故被称作“下关惨剧”；当年12月，2、1、3号码头相继坍塌，导致1-4号码头全部损毁，只能重新编号；
• 1945年开始，浦口的岸线也开始坍塌，至1948年4月已危机到三民码头（今浦口煤港）和交通码头，甚至还危及到浦口电厂和浦口火车站的安全；
• 1968年，浦口侧岸线又出现险情，到1970年5月30日、31日，木材码头至煤码头的岸线都坍塌入江中，造成4人死亡，直接损失300万元。

1903年的坍塌发生后，管理机构开始探讨原因，认为“大约因岸底浮沙为江流急湍冲刷殆尽，遂不能支持岸上房屋之重载也”，但未能给出治理方案。辛亥革命后，孫中山在《實業計畫》中首次提出了南京港岸线的大规模整治计划，其中一项措施就是将下关削去，使长江从狮子山下流过，以减缓江水流速和水土流失；可惜该计划仍然只停留在纸上。

1947年，“下关惨剧”发生后，南京市政府工务局抛下了1万立方米的石块作为应急措施，又邀请了茅以升等专家一同勘察、设计治理办法。在勘察后，专家们提出先施行紧急办法，从947年5月开始，在险要的江岸处打桩两排共456根，并在桩间铺设宽6米的蛇籠，使岸边的马路得以恢复通车。12月，交通部、水利部和南京市政府订立了江岸整治计划，并于翌年6月至9月间完成施工，共护岸442米，使用石料1640立方米。[2]

南岸上元门附近的金陵船厂

燕子矶码头

• 龙潭港区位于南京市栖霞区龙潭街道，岸线长10公里，水深常年保持在12.5米左右。龙潭港是南京港的主要港区，主要以集装箱、大宗散货和滚装运输为主[5]，年通过能力为4096万吨[4]，2017年时的吞吐能力达到了285万标箱/年[5]。龙潭港的集装箱港区是南京地区国际集装箱进出口的唯一通道[6]，连入的航线不仅能到达长江中上游和中国各大港口，还能直达日本和韩国[5]。早在2005年，龙潭港区就得到了上海洋山深水港的投资，并成为了“江海联运”的中转站——一些来欧洲的货轮运营商会在离开龙潭港区后，开往洋山港中转[7]。港区内还有新加坡金鷹集團投资的粮食物流园[8]、枢纽经济区[6]和保税物流中心[9]。

• 新生圩外贸港区是南京港的其中一个装卸作业区，位于栖霞区[2]。2019年3月16日，新生圩港设立了正处级的新生圩海关，负责南京港和铁路口岸通关监管业务[10][11][12]。该港区由南京第四港务公司运营。南京城北铁路环线连接了新生圩港区和京沪铁路[13]。

• 下关港区位于下关区，是南京市内最早的港区。早在1900年代就陆续有德国、英国和日本的企业在此设立码头；由于当时中国国力孱弱，外国军舰可以随意游弋，水兵甚至可以在岸上驻扎。[14]下关港区将转变功能，改为提供旅游客运、城市观光服务[15]。

• 上元门港区：未来上元门港区将被改造为游艇码头，并预留国际邮轮码头的位置[15]。

• 栖霞港区：1971年，一座油港在此建成[16]。为保障长江饮用水和航运的安全，从2018年2月开始，栖霞港区停止了油轮过驳作业。[17]
• 马渡港区
• 铜井港区
• 板桥港区

浦口港区位于南京北站附近的铁水联运交接点

• 浦口港区
  • 浦口煤港是长江沿线著名的煤炭中转港口[18]。该港口最初于1941年由侵华日军建立，后在1961年开始改造，并于1965年完工[2]。完工后，南京港的吞吐量增加到500-600万吨[16]。至1999年，浦口煤港共有码头4座[2]。目前该港区由南京第三港务公司运营[18]。
• 西坝港区
• 仪征港区
• 七坝港区
• 大厂港区