福田口岸站

4号线福田口岸站的結構共分三層，其中地上二層為出站往福田口岸出境大廳用；地上一層為車站大堂；地下一層为4号线月台层。10号线地上一层为出入口；地下一层为站厅层；地下二层为设备层（仅乘直梯可见）；地下三层为10号线月台层。

4号线车站结构

地上二層 （L2）	福田口岸（中國邊境禁區）	出口、閘機、客服中心、商店
地上一層 （L1）	地铁站廳	出入口、閘機、售票機、客服中心、商店 港铁特惠站、安检过检机
地下一層 （-1）
		1站台	側式站台，祇供下車
		█4号线往牛湖（福民）
		2站台 3站台	島式站台，祇供上車
		█4号线往牛湖（福民）
		4站台	側式站台，祇供下車
		█4号线存車線（停放備用列車，不對外開放）

10号线车站结构

地面 （L1）		出入口
地下一層 （-1）	站廳	售票机、客服中心
地下二層 （-2）	设备层	车站设备
地下三層 （-3）		█10号线往双拥街（福民）
	島式月台，開左邊門
		█10号线落客月台

4号线福田口岸站站厅设于福田口岸聯檢大樓地上一楼和地上二楼（仅供乘客出站站厅），设有售票机、客服中心等。站厅与站台之间设有多组升降机、扶手电梯以及楼梯供乘客往返。由于深圳地铁全部车站乘客进站需要安检，且B出口仅供出站，因此安检机设于地面入闸闸机旁，乘客需要安检才能进入站厅收费区。

乘客如果乘坐4号线从本站出站前往香港，则需要从侧式月台处前往福田口岸地上一层的地铁站厅，然后再从地上一层站厅前往地上二层进行出闸。乘客出閘後需乘坐联检大楼的扶手电梯或升降機前往福田口岸地上四层的出境大厅經過中国海關检查，辦妥出境手續後，將會經由一條橫跨深圳河、單臂斜拉式天橋步行至香港的落马洲支線管制站，完成香港海关的邊防檢查程序後即代表已身處香港，可離開车站轉駁巴士，或徒步前往位處同一大樓的落马洲站，轉乘东铁線前往香港其他地方。

為吸引過境旅客使用落馬洲站，福田口岸站4号线站廳裝設有港鐵特惠站，是目前唯一一個設於香港境外的特惠站以及優惠金額最高的特惠站。用成人八達通卡拍一拍港鐵特惠站上的閱讀器，即日於落馬洲站入閘可節省HK$3（機場快綫除外，因搭乘之后其余车程免费）。

深圳地铁10號線虽然在本站與4號線交匯，但4號線建造時并没有預留給未來換乘10號線的换乘通道，目前僅能出站轉乘，乘客需重复安检及计费。乘客如需换乘需經4号线的B口出站（返回需从A口进站）再经10号线的C口进出站。目前乘客可通过福民站进行4号线与10号线的换乘（經過7號綫的大堂，步行距離約三百多米）。待未来福田口岸交通枢纽楼建成后[1]，乘客可经由现联检大楼南侧地下的换乘通道在付费区内实现换乘。

4号线福田口岸站设有兩個側式月台及一個島式站台，位于福田口岸联检大楼地底。两个側式月台接載從各地往福田口岸方向的乘客，而島式月台則接載從福田口岸往清湖方向的乘客，在列车到站后，两边的车门都将会打开，但在列车到站前，列车广播会提示按照车门上方的指示方向下车。這種設計在歐洲被稱作西班牙式月台佈局。

同深圳地铁罗湖站一样，4号线福田口岸站同样在站前设交叉渡线，供4号线所有列车进行站前折返。另外位于4号月台一侧，设有一个贯穿车站的存车线，供备用列車在高峰期往北开出疏导客流。由于该轨道由于被牆壁完全阻隔，因此一般乘客并不会察觉到该存车线的存在。

4号月台全景图（摄于2014年9月）

10号线福田口岸站设有一個島式站台。

另外，10号线月台西端設有一组往益田停车场的出入段線，以及設有交叉渡線。目前10号线供所有列车皆使用交叉渡線進行折返，正線西端則預留了繼續往西延伸的條件。

易名「福田口岸站」前側式站台

福田口岸站在2007年6月20日開始試運，並在2007年6月28日正式啟用，取代福民站成為4号綫的南面終點站。當時福田口岸站名為「皇崗站」。

2007年8月15日下午，與皇崗站相連的福田口岸、深圳河對岸落馬洲支線管制站及港鐵落馬洲支線開通，皇崗站成為另一個的過境車站。

深圳市規劃局在2008年4月23日公佈，皇崗站將會易名為「福田口岸站」[2]，但當時未有指出新名稱何時生效。

同年8月初，部分深圳地鐵車站貼出公告，指新名稱會在8月15日生效；深圳地鐵系統亦進行調整，調整期間皇岗站与福田口岸站称谓曾出现共存情況[3]。

2008年8月15日，「福田口岸站」站名正式生效，取代使用了約1年的「皇崗站」站名。

2011年6月16日，4號線二期通車，4號線北面總站由少年宮站延伸至清湖站。

2020年10月28日，4號線三期通車，4號線北面總站由清湖站延伸至牛湖站。

2020年8月18日，10號綫部分隨10號綫通車而啟用。