東鐵綫

• 1898年：港英政府與清朝政府達成協議，興建來往九龍至廣州的鐵路。
• 1905年9月：香港立法局通過興建九廣鐵路。
• 1906年：九廣鐵路（英段）動工。
• 1910年10月1日：九廣鐵路（英段）通車。當時是單線鐵路，由蒸汽機車牽引。當時設有臨時九龍總站、臨時紅磡車站、油蔴地車站、沙田車站、大埔車站、大埔墟旗站、粉嶺車站及臨時羅湖車站，當時除臨時九龍總站外全線車站都設有兩個月台，預留雙軌化空間。
• 1911年10月5日：廣九鐵路通車，開行廣九直通車。
• 1911年12月21日：沙頭角支線粉嶺至石涌凹段通車。
• 1912年4月1日：沙頭角支線石涌凹至沙頭角段通車。
• 1913年：大埔墟旗站升格為車站。
• 1914年3月1日：位於尖沙咀的九龍總站動工。
• 1916年3月28日：九龍總站啟用。
• 1921年6月13日：臨時紅磡車站關閉。
• 1922年2月28日：因海員大罷工，鐵路停駛。
• 1923年：發生省港大罷工，廣九直通車第一次停駛。
• 1927年：廣九直通車復駛。
• 1928年4月1日：沙頭角支線停駛。
• 1930年5月16日：上水車站啟用。
• 1935年11月16日：車公廟設立臨時停車點。
• 1936年10月1日：車公廟臨時停車點停用。
• 1938年10月12日：日軍侵華期間炸毀了廣九鐵路的一條鐵路橋，廣九直通車被迫停駛。
• 1941年12月8日：日本發動太平洋戰爭並入侵香港，駐港英軍為拖慢日軍入侵進度拆毀羅湖橋和炸毀筆架山隧道。
• 1941年12月25日：香港淪陷，日軍隨即維修鐵路供其軍事運輸用途。
• 1944年1月8日：日軍修復九廣鐵路，恢復廣九直通車。
• 1946年：九廣鐵路恢復運作。
• 1949年10月14日：解放軍進駐廣州，廣九直通車再次停駛。九廣鐵路改以羅湖車站為終點站。
• 1949年10月15日：和合石支線通車，每日由紅磡公眾殮房運送棺木到和合石墳場。
• 1955年9月2日：首部柴油機車啟用。
• 1956年4月26日：一列軍用蒸氣火車在紅磡車廠爆炸，此事促進了九廣鐵路柴油化的進程。
• 1956年9月24日：馬料水車站啟用。
• 1962年9月2日：所有蒸汽火車完全由柴油機車取代。
• 1966年：大埔車站改名大埔滘車站。
• 1967年1月1日：馬料水車站改名大學車站。此次改名為時刻表和月台站名牌改名生效，改名於1966年12月11日公佈。
• 1968年：停止運送棺木至和合石墳場，改於每年清明節和重陽節提供客運服務。
• 1969年1月1日：油麻地車站改名旺角車站。
• 1973年：九廣鐵路開展雙軌電氣化工程。
• 1975年11月30日：新九龍車站啟用，尖沙咀的九龍總站停用。
• 1978年10月7日：馬場車站啟用。
• 1979年4月4日：廣九直通車在停駛30年後重新開行。
• 1980年8月16日：臨時旺角車站啟用，原有旺角車站原址改建。
• 1981年4月26日：新筆架山隧道啟用，舊的筆架山隧道（煙墩山隧道）停用，次日九龍車站至沙田車站雙軌化。
• 1982年4月30日：重建後的沙田車站啟用。
• 1982年5月3日：重建後的旺角車站啟用，臨時旺角車站關閉。
• 1982年5月4日：九龍塘車站啟用，可與香港地鐵觀塘綫轉乘。
• 1982年5月6日：九龍總站至沙田車站電氣化完成，翻新前港鐵中期翻新列車俗稱黃頭列車投入服務。
• 1982年11月1日：臨時羅湖車站啟用，原有車站重建。
• 1983年2月1日：九廣鐵路（英段）營運由九廣鐵路局交由九廣鐵路公司營運。
• 1983年4月7日：異地重建的大埔墟車站啟用，舊大埔墟車站改建為香港鐵路博物館，於1985年12月20日開放。
• 1983年4月10日：和合石支線停駛。
• 1983年4月26日：重建的大學車站啟用。
• 1983年5月2日：大埔滘車站停用，沙田車站至大埔墟車站電氣化。
• 1983年5月12日：重建後的粉嶺車站啟用。
• 1983年6月1日：重建後的上水車站啟用。
• 1983年7月15日：大埔墟車站至羅湖車站電氣化，至此全線電氣化完成。
• 1983年7月23日：柴油列車最後一次開出，自此九廣鐵路本地客運全面電氣化。
• 1983年8月15日：臨時大圍車站啟用，當時俗稱「木頭站」。
• 1984年10月15日：九廣鐵路啟用通用儲值票。
• 1985年2月15日：火炭車站啟用。
• 1985年10月1日：重建後的馬場車站啟用。
• 1986年4月23日：永久站址的大圍車站啟用。
• 1987年1月15日：重建的羅湖車站啟用。
• 1988年6月4日：下午2時許，一列火車在白石角出軌，是九廣鐵路後來拉直白石角段路軌的原因之一。
• 1989年5月9日：新增設太和車站。
• 1995年12月24日：白石角段軌道拉直工程完工，與吐露港公路並排，以提高速度和改善安全。
• 1996年：九廣鐵路（英段）為免與計劃中的西部走廊混淆，改名為九廣東鐵，同時將九龍總站改名為紅磡車站。
• 1997年2月：俗稱烏蠅頭的首列中期翻新列車翻新後投入服務。
• 1999年10月31日：最後一班翻新前中期翻新列車行走。
• 2001年9月4日：近畿川崎列車投入九廣東鐵營運。
• 2003年1月29日：落馬洲支線開工。
• 2004年10月24日：尖沙咀支線通車，九廣東鐵重回尖東站。
• 2004年12月21日：馬鞍山鐵路通車，大圍站成為轉乘站。
• 2005年12月21日：九廣東鐵一列南行列車駛至火炭車站時空氣壓縮器支架鬆脫。
• 2006年1月15日：九廣東鐵自動列車運行裝置（ATO）暫時停用，以人手操作。
• 2006年8月6日：九廣東鐵恢復ATO運作。
• 2007年8月15日：落馬洲支線通車，九廣東鐵增設第二條過境通道。
• 2007年12月2日：兩鐵合併，九廣東鐵交由港鐵營運，並改名東鐵綫。旺角車站改名旺角東站。
• 2008年9月28日：港鐵收費區合併，九龍塘站轉乘不再需要通過閘機。
• 2009年1月1日：東鐵綫取消行李托運服務。
• 2009年8月16日：九龍南綫通車，東鐵綫的南行終點站由尖東站退回至紅磡站。
• 2010年6月15日：東鐵綫最後一班郵政貨運列車由國際郵件中心開出，港鐵停止貨運列車的運行。
• 2012年6月22日：沙田至中環綫動工。
• 2012年12月21日：城際直通車改用韶山8型電力機車牽引，東鐵綫以至全部港鐵路綫自此全面以電力推動。
• 2019年7月10日：由於廣深港高速鐵路已通車，城際直通車客量下跌，此日起每日削減3對廣九直通車班次，騰出的時間交給東鐵綫列車營運，此外城際直通車不再開至佛山站。
• 2020年2月4日：因應2019冠狀病毒病疫情擴散，羅湖站、落馬洲站及馬場站關閉，紅磡站城際直通車也隨之停駛。
• 2020年9月12日：原定此日啟用新訊號系統及新港鐵東鐵綫現代列車，同時將所有近畿川崎列車改裝後改行屯馬綫一期，但測試新訊號系統期間發現重複設定行車路線問題，有可能導致列車走錯路，故押後啟用[10][11][12]。
• 2021年1月至10月：為進行沙中綫的東鐵綫過海計劃路軌接駁工程，十個指定週日會暫停紅磡站與旺角東站之間的列車服務。
• 2021年2月6日：新訊號系統啟用及港鐵東鐵綫現代列車投入營運，同日起所有港鐵近畿川崎列車正式停用，等待調離東鐵綫。

在2021年以前，東鐵綫的信号系统为阿尔斯通TBL。其为准移动闭塞制式，使用直流轨道电路定位列车，部分区间叠加计轴将轨道电路的细分为更小的轨道区段，由应答器点式传输ATP信息，实现目标-距离式（英語：）控车；轨旁设置色灯信号机。所有联锁皆为SSI微机联锁，设于火炭铁路大楼内；列车停站时通过接收环路（英語：）向联锁发送信息，实现进路自动排列。

港铁计划在沙中綫开通时，将该綫的信号系统一次性升级为西门子Trainguard MT通信式列车控制系统。该系统使用欧标应答器校正列车位置，通过wifi连续地传送ATP信息，实现移动闭塞。同时采用西门子CBI微机联锁系统和Clearguard TCM 100音频无绝缘轨道电路代替既有设备，保留信号机等轨旁设备。新系统调试及新老系统割接作业原定于2019年内完成，然而受香港示威影响，部分轨旁通信线遭破坏需要修复，新系统启用的日期被推迟至2020年。[13][14][15][16]而在新系統2020年9月12日啟用前一日，由於技術問題需時修正，導致新訊號系統第二次延遲啟用。直至2021年2月6日，東鐵綫才成功啟用新信號系統。

東鐵綫主要以本地客運服務為主，服務範圍包括元朗區、北區、大埔區、沙田區、九龍城區、深水埗區及油尖旺區。東鐵綫同時亦有兩個過境車站，雖然車費十分高昂，而前往落馬洲則只有採用較迂迴的路線才可繳付較低車費，但由於直接連接深圳市核心地區，因此有不少乘客會使用東鐵綫過境。目前東鐵綫北行主要以兩班往羅湖列車加一班往落馬洲的列車之方式運作。2013年4月20日起，港鐵加密東鐵綫逢周末中午的班次，以紓緩擠迫的情況[17]。

• 服務時間：早上約5時半至翌日凌晨約1時半
• 班次：
  • 繁忙時間：
    • 星期一至五早上繁忙時間（7:00-9:45）：每3-3.1分鐘一班
    • 星期一至五晚上繁忙時間（17:00-19:30）：每3.3分鐘一班
    • 星期六早上繁忙時間：每3-4分鐘一班
  • 非繁忙時間：
    • 星期一至五非繁忙時間 ：每4分鐘一班
    • 星期六日間：每3-7分鐘一班
    • 星期日(09:00-20:00)：每3.5-7分鐘一班
    • 晚間（19:30-20:30）每3-3.5分鐘一班
    • 晚間（20:30-22:00）每4-5分鐘一班
    • 晚間（22:00-尾車）每6-10分鐘一班

2019冠狀病毒病特別交通安排

• 班次：
  • 繁忙時間：
    • 星期一至五早上繁忙時間（7:00-10:30）：每3.1分鐘一班
    • 星期一至五晚上繁忙時間（17:00-20:30）：每3.3分鐘一班
    • 星期六早上繁忙時間：每3-4分鐘一班
  • 非繁忙時間：
    • 星期一至五非繁忙時間 ：每7分鐘一班
    • 星期六日間：每7分鐘一班
    • 星期日(09:00-20:00)：每7分鐘一班
    • 晚間（20:30-22:30）每6分鐘一班
    • 晚間（22:00-尾車）每7-10分鐘一班

由於路綫較長，加上有不少車站有大量乘客，東鐵綫每日均有短程班次（即不行走全程的列車），由於只有部份車站設有三個或以上的月台，並非所有車站均能作為此類列車開車或終點車站，因此只設有以下主要路線：

• 紅磡至火炭或大埔墟：這種列車於周一至六的上下午繁忙時間及每日中午出現，以應付市區段通勤需求。部份列車會由紅磡往大埔墟站（主要應付中文大學及教育大學師生返校交通），當到達大埔墟後便會即時清客，然後返回何東樓車廠（主要適用於中午開出的班次），其餘會成為由大埔墟開出的短程列車。清晨時份亦有部份列車會從何東樓車廠開往大埔墟，然後調頭成為大埔墟開出的短途列車。而每日晚上十一點會有一班列車由紅磡開往大埔墟，該車將於大埔墟站過夜停泊，第二日於該站開出。在早上繁忙時間，更有北行方向列車以該站為終點站並且清客讓前往紅磡站的乘客可以更快地上車。
• 上水－旺角東、大埔墟－旺角東、火炭－旺角東：這種列車只於周一至六的早上繁忙時間出現，每日清晨時份有一班列車從旺角東站開往落馬洲。也代表往落馬洲過境列車服務開始。
• 紅磡－沙田：這種列車為出廠或回廠車，現時於服務時間內由紅磡往何東樓車廠的回廠列車，會載客至沙田才清客，但00:25往上水尾班車開出後往何東樓車廠的回廠列車，仍然在紅磡清客。相反，部份由何東樓車廠往紅磡的列車，會於沙田站開始接載乘客前往紅磡。服務時間以外，沙田站很多時會有三列列車停泊過夜，一般用作清晨非過境短程列車；此外，這種班次亦不時於日間非繁忙時間提供服務，以應付紅磡至沙田段的乘客需求（由三號或四號月台開出，相反也是；只是北行方向於一號月台落客。每日清晨時份有一班列車從該站的一號月台開往羅湖站，也代表往羅湖過境列車服務開始。）
• 紅磡－上水：上水至紅磡列車早前只於羅湖/落馬洲邊境管制站開放前出現，而紅磡開出往上水的列車只於邊境管制站關閉後出現。每逢部分節日當港鐵部分路綫通宵行車時，東鐵綫亦會開行這種列車。落馬洲支線通車前，繁忙時間曾經有這種列車，形式與現時於大埔墟或火炭作終點站的列車相似，不過由於上水站只有兩個月台，故以上水屠房或羅湖貨場掉頭，但現時已經全部改為以落馬洲為終點站。2020年2月4日起，因應2019冠狀病毒病疫情，羅湖站及落馬洲站關閉直至另行通知，現時所有列車暫時以上水站為北面總站。[18]

受新型冠狀病毒疫情致乘客量下跌影響，由2020年2月29日起，星期六早上繁忙時間所有列車均往來紅磡站至上水站。

• 羅湖－上水：只於2019冠狀病毒病疫情期間運作，以便羅湖邊境居民出行。

在沙田馬場舉行賽馬日、進行雙邊投注賽事或有特別活動時，東鐵綫會有特別班次途經馬場，主要路線如下︰

• 紅磡↔羅湖（經馬場）
• 紅磡⟶大埔墟（經馬場）
• 紅磡↔馬場
• 紅磡⟶上水（經馬場）
• 落馬洲⟶紅磡（經馬場）

港鐵公司、中國鐵路廣州局集團、中國鐵路上海局集團聯合營運來往香港紅磡站至廣州、上海及北京的城際客運列車服務。通常直通車會全程使用本綫的正線（羅湖-火炭-紅磡），並在整段九廣鐵路（廣深鐵路及東鐵綫）上以指定十輛韶山8型電力機車（廣鐵）或Lok 2000型電力機車（港鐵）牽引。

八達通是香港的一種電子貨幣收費系統，內置晶片，使用時把卡片放在接收器上即能完成付款過程。

港鐵採用綜合收費系統。乘客如乘搭超過一程車，多數情況下都只需付出車費最高的一程車資，其前後的各一程車都被視為接駁用途（需符合如車費上限及時間的限制） ，不另收費。

注意事項：出閘或入閘後一分鐘後方可再次使用

• 巴士免費轉乘優惠：必須於指定東鐵綫車站出閘後45分鐘內再於指定巴士八達通收費器確認，或於指定巴士八達通收費器確認後60分鐘內再於指定東鐵綫沿途各站入閘
• 巴士免費轉乘優惠不可以與機場快綫免費港鐵接駁服務共用；
• 使用「機場快綫旅遊票」（一程或兩程機場快綫單程車程及連續3天無限次乘搭港鐵車程仍然有效期間）不會享有巴士免費轉乘優惠。

單程票是附有晶片只可以在購買當天作一次性使用車票，於入閘前先行購買。車站設有自動售賣機售賣。單程車票分為普通等及頭等作乘坐不同種別車廂用，乘客不可預先多購一張車票作當日回程之用。

「上水／烏溪沙－尖東全月通加強版」是以八達通作平台的月票，其月票記錄在八達通的內置晶片內。

上水／烏溪沙－尖東全月通加強版使用者可以無限次乘搭東鐵綫上水至紅磡各站普通等（馬場站、羅湖站及落馬洲站除外）、西鐵綫紅磡站至尖東站及屯馬綫一期所有車站；亦可免費轉乘港鐵接駁巴士K12（星期日及公共假期除外）、K14、K17、K18；使用該月票往來非指定車站之連接車程可享額外正價車費75折優惠（馬場站、羅湖站或落馬洲站除外）。若使用該月票往／返馬場站、羅湖站或落馬洲站會被扣除全程正價車資。除指定路綫外，全月通不可享有其他接駁服務的轉乘優惠。

「上水／烏溪沙－尖東全月通加強版」現時售價為HK$485（優惠價[註 6]是HK$400）。

這是九鐵公司推出與海洋公園合作的套票，包括海洋公園即日日間門票、穿梭巴士券2張及九鐵本地線乘車證或九鐵羅湖線乘車證，售價為港幣109—258元，另設淨交通套票（即不包括海洋公園日間門票），售價為港幣25至70元，由於反應良好，2007年初，九鐵把與海洋公園合作的套票推廣活動改為長期計劃。

兩鐵合併後，港鐵公司暫時保留了此套票推廣活動，並推出新界全日通或過境來回票。但是其後由於票務系統技術問題，過境來回票將會擴展適用範圍及新界全日通最後被遊客全日通取代，因此推廣期至2008年8月31日止。

為前往落馬洲站過境乘客而設，推出的目的是刺激自落馬洲支線通車後利用客低迷的情況。若於羅湖站或馬鞍山綫沿綫各站（不包括大圍站）出閘，會被當作無票乘車；而乘搭東鐵綫往返尖東至上水之間各站，會被當作往返落馬洲站車程。 「落馬洲週票」售價為港幣240元。

優惠期由2007年11月4日至2008年7月26日期間的優惠車票，於各東鐵綫沿綫各站（羅湖站、馬場站及馬鞍山綫沿綫各站除外）客務中心發售。適用於指定星期日起7天內（有關日期列印於車票上）乘搭東鐵綫紅磡至上水各站往返落馬洲站普通等車程12次。

現時東鐵綫共使用36列列車行駛，車型分佈如下：

• 8列港鐵東鐵綫現代列車（將增至43列）
• 28列港鐵中期翻新列車（英國製都城嘉慕列車）

港鐵東鐵綫現代列車每列有9卡車廂，當中包括一卡頭等車廂及兩卡靜音車廂；港鐵中期翻新列車每列有12卡車廂，當中包括一卡頭等車廂及三卡靜音車廂。

為配合東鐵綫將來與沙中綫過海段組成南北走廊帶來的新增乘客量和長遠營運需求，港鐵已經為東鐵綫購置這新型號列車。日後本綫會陸續採用此列車行走，每列列車有9卡車廂，當中包括一卡頭等車廂，動力車廂和拖卡比例為6:3。車廂改用城市軌道交通系統（即市區綫規格），而非通勤鐵路列車的座位佈局。由於需要配合更新訊號系統，以及因應列車編組較現時列車為少，因此這款列車原計劃在2019年1月1日才開始在東鐵綫全面試車[19]，以逐步取代12卡列車。之後因2019年3月發生港鐵中環站列車相撞事故，港鐵即時停止試車以作全面安全審視。到2020年8月，港鐵曾經表示6部新9卡韓製列車會在9月12日起陸續投入服務。[20]不過到9月11日傍晚，卻以新訊號系統有機會有重複設定訊號為由，突然煞停計劃。而港鐵稱於2020年5月已經發現相關問題，但未有交代為何相隔4個月才公布。[21]

翻新後東鐵綫都城嘉慕列車，俗稱「烏蠅頭」

一列港鐵東鐵綫現代列車停靠粉嶺站（2021年2月）

東鐵綫與西鐵綫及屯馬綫一期共有28部工程列車，當中5部曾用作貨運服務的機車，鐵路貨運停辦後就用作牽引工程列車，分別如下：

• ER20型柴油機車（2004年起，共5部，為東鐵綫、西鐵綫及屯馬綫一期共用的工程車）
• CKD0A型內燃機車（2012年起，共23部，為東鐵綫、西鐵綫及屯馬綫一期共用的工程車）

• 1910年－1962年：各式英製蒸汽機車及客車。
• 1962年－1974年：各式柴油機車及客車。
• 1974年－1980年代：日本近畿客車（為數40輛，其中39輛被運往中國大陸，被編為32型，現已退役，餘下一輛於香港鐵路博物館作靜態展示。）
• 1982年－1999年：未翻新英國製都城嘉慕列車（通稱「電氣化火車」、「黃頭」），於1996年開始翻新工程，最後一列未翻新列車於1999年10月31日入廠翻新，但目前仍保留一列未翻新列車，用途未明不可行走，另外有3卡車廂發生事故而報銷。
• 2001年－2021年：日本製SP1900型列車，將全數調往西鐵綫重新編組，供日後的屯馬線使用。2015年7月2日，其中一列港鐵伊藤忠近畿川崎列車（E201/E203）離開東鐵綫並改裝為8卡列車。2015年12月21日第二列SP1900型列車（E209/E211）離開東鐵綫，2018年5月1日第三列SP1900型列車（E221/E223）離開東鐵綫，並於2021年2月6日將其餘5列東鐵綫SP1900型列車停止服務，等待新訊號系統運行暢順後調至八鄉車廠進行改裝工程[22]。換言之，SP1900型列車不會再於東鐵綫（以及未來的東鐵綫過海延綫）行走，以配合東鐵綫新訊號系統的運作，同時亦要遷就其頭等車廂運回日本廠商進行普通等車廂改裝工程。（Trainguard MT訊號系統於2019年年中投入服務，然而港鐵東鐵綫現代列車尚未能投入服務，只能全面試車）。不過由於2019年3月發生港鐵中環站列車相撞事故，港鐵即時停止試車以作全面安全審視，直至另行通知。港鐵後來基於新訊號系統已確認符合測試所需的安全要求，而且新系統與發生相撞意外的荃灣綫新訊號系統不同，港鐵於2019年5月29日凌晨恢復試車[23]。

翻新前都城嘉慕列車，俗稱「黃頭」

SP1900型電動列車（已調往西鐵綫、屯馬綫一期及日後的屯馬綫行走）

• G12型柴油機車（1954年- 2004年，共5部）
• G16型柴油機車（1961年-2021年，共4部，其中兩部分別提早於2014年及2018年報廢）
• G26型柴油機車（1974年-2021年，共3部）

1923年6月14日早上11時15分，一列由1號機車牽引的南行列車，駛至馬料水時遇上山泥傾瀉，機車及頭節車廂遭推撞至掉落路基之下，第二節車廂亦因而出軌，幸無人受傷。由於電話線損毀，有關當局於一段時間後才知悉此意外發生。附近一段長200碼的大埔道亦遭泥石所埋，不能通行。1號機車事後獲修復並重投服務，但是一號機車在1931年4月20日下午再次發生同一事故，新界中部天氣惡劣，17時前後，豪雨更引致22號橋（現大學站南面）旁的溪澗決堤，將22號橋和3號隧道之間的路基沖毀。約17時10分，原定16時39分由深圳站（即現時的羅湖站）開往九龍的第19次列車駛至，受損的路基因不勝負荷而塌陷，導致機車及頭4節客車車廂出軌並掉落20呎高的路基之下。由於衝力甚大，第3及4節車廂更互相套入。事發後，鐵路局、警務處、消防隊均立即派員進行拯救，附近居民亦紛紛趕至協助，但由於地點偏僻、缺乏合適工具而且天氣惡劣，工作十分艱巨。其中兩名困於第4節車廂內的少年，須經截肢，方於兩日後脫險。在附近居住的一位洋人醫生，於駕車往協助救援時，亦連人帶車掉進天雨造成的坑洞內，幸未有受傷。意外共造成12人死亡，是香港境內死亡人數最多的鐵路事故。肇事的1號蒸汽機車因意外而報廢。由於惡劣天氣引致鐵路多處損毀，鐵路服務最終於6月方能恢愎。

1976年8月24日，熱帶風暴艾倫襲港，帶來連場豪雨。8月25日早上8時25分，上游城門水塘溢出的洪水夾集著沙石，將橫跨城門河的11號橋橋墩沖毀，一隊鐵路職工剛巧路過，即時通報上級，將鐵路封閉。封閉期間，鐵路分為紅磡至大圍、沙田至羅湖兩段，之間乘客需靠巴士接駁，當局在大圍搭建臨時車站，是為第一代的大圍站，而大圍站後來於1986年正式投入服務。貨運方面，牲口轉往和合石站，蔬菜及雞蛋轉往粉嶺站，其他貨車則分別轉往何東樓車廠或大埔滘站。當時香港依賴鐵路從中國大陸進口糧食，當局對此極為關注，港督亦有親臨現場視察。工務局在駐港英軍協助下，在40天內重建11號橋，鐵路服務終於10月4日回復正常。

1984年11月25日早上8時50分，一列由紅磡駛往上水的九廣鐵路（英段）本地線列車，到達上水站落客後，列車需駛入中線路軌，以便調頭後再駛入南行月台往紅磡。當列車在駛至分岐口，轉轍器沒有將列車引入中線路軌，列車因而駛入安全側線。因超速行駛，列車收掣不及，撞上止衝擋，第一卡因撞擊斷開兩截，凌空彈起再壓斷一條電纜柱，然後翻側，斷開的後半截車卡壓著橫放了包括車頭的前半截車卡。當時車上有兩名職員，於車頭的車長及時逃生，僅受輕傷，司機則在列車另一端，未有受傷。肇事的車卡（E45組的234和235號車卡）事後報廢，而E45組餘下完好的233號車卡則在數年後代替在何東樓車廠內撞毀屬於E58組的原272號車卡，成為今天的458號車卡，而舊有272號車卡亦報銷。

1988年6月4日14時許，一列九廣鐵路（英段）南行貨運列車在大學站以北（白石角附近，現時為優景里）出軌，列車服務因而暫停至第二天上午10：40分恢復。期間東鐵服務中斷一整日。九鐵方面派出接駁巴士疏導乘客，但場面混亂。例如在沙田站，晚上大批乘客爭先恐後登上接駁巴士，有人甚至爬窗進入。出事地點本來是一急彎，鐵路公司於1995年9月24日凌晨，利用收車時間拉直路段，使之與吐露港公路平衡，行車時間得以縮減一分鐘，工程耗資6,500萬元[28]。舊彎位現在是香港教育大學運動場及香港中文大學賽馬會研究生宿舍二及三座連未撥用土地。

1991年6月18日約晨早8時45分，大學站以北（白石角貼近中文大學）路段的電纜嚴重折斷。一列九廣鐵路（英段）本地線北行列車剛巧駛經，由於車速甚高，而電纜被列車的集電弓勾著拖行，近1公里長的電纜遭扯脫。大埔墟站和火炭站之間的列車服務因而暫停。九鐵公司派出接駁巴士來往沙田站及大埔墟站，但乘客爭先恐後上車，情況混亂。受影響乘客近25萬人，事件也暴露政府部門和運輸業不協調。為確保安全，九鐵事後決定將該段鐵路拉直，並於1995年完成改線工程。

1996年8月下午5時50分，上水站列車信號系統控制室因電路板燒毀，導致電腦信號系統失靈，太和站至羅湖站列車服務停頓25分鐘，東鐵提供接駁巴士接載乘客往返太和及上水。工程人員估計系統故障可能是受控制室外銅製電線被雷電擊中有關。到晚上7時全綫服務才恢復正常，約有一萬人受影響。九鐵事後決定把銅製電纜更換成光纖電纜，但新的光纖系統需要到1998年底才投入使用。[29]

1999年12月23日，晚上11時，一個位於距離羅湖站2公里的架空電纜絕緣體斷裂，令電纜鬆弛，導致一列北行電氣化火車在羅湖站前兩公里「死火」，4000名乘客被困羅湖及上水站之間，過境關卡亦要延遲近3小時才關閉，以疏導人潮，羅湖列車服務受阻逾兩個半鐘。事發後個半小時，東鐵亦安排了6輛接駁巴士，往羅湖站疏導乘客，但為避免乘客爭相上巴士，引起場面混亂，故最後東鐵只安排一列無載客的列車，往羅湖一次過接載乘客往市區，故接駁巴士並未派用場。

2005年12月21日，東鐵一列南行往尖東列車駛至火炭站時，車底的冷氣壓縮器支架鬆脫，九鐵其後檢查全列車的116個壓縮器，共發現9個壓縮器支架出現裂紋，但無向政府匯報。九鐵於事件在2006年1月嚗光後已為所有壓縮器加上尼龍索帶及U形托架承託以防止鬆脫，由於事出突然，故加上的都是彩色尼龍索帶，被傳媒和乘客覺得列車「好化學」（意即容易破爛）的笑柄。但其後再發現有80個車底部件有裂紋。經過初步調查之後發現，東鐵列車在2003年改用自動列車運轉裝置（TBL 2 ATO，以比利時TBL訊號系統為基礎）後，對列車組件增加達1倍的壓力。而且部分焊接位焊接不妥，要剷走油漬才發現裂紋。另外，車輪與路軌的接口並非完全吻合而產生震動，令列車懸掛系統可能產生裂紋。九鐵主席田北辰於2006年1月14日表示，管理局將每晚開會，確保東鐵可以安全行駛後才會開車，並承諾如再有主要組件或其綑綁的尼龍索帶鬆脫，九鐵將即時決定東鐵全線停駛。最後，九鐵於2006年1月15日獲政府批准，使東鐵改以人手操作，但東鐵由羅湖至尖東的行車時間會增加1.5分鐘，而早上繁忙時間的班次將由每小時24班減至23班，其後更一度減到每小時21班。經過深入的徹底調查，九鐵確定列車自動操作系統並非導致出現裂紋的直接因素，並於2006年8月6日獲政府批准，恢復東鐵以自動操作系統運作。[30]

2010年1月21日晚上7時20分，東鐵綫於晚上繁忙時段因車務控制中心故障，一度全綫停駛約一小時，逾萬乘客受影響。港鐵車務主管蔡德贊向受影響乘客致歉。他解釋故障是因為數據傳送網絡出問題，不能發揮控制中心的功能，港鐵基於安全考慮，決定全綫停駛以便工程人員檢查。對於為何要花長達1小時處理故障，蔡稱是因需時重新啟動，至於傳送網絡具體究竟出現什麼問題，則需詳細調查。故障期間有不少乘客批評接駁巴士不足，要等近45分鐘才出現。晚上8時20分，工程人員完成維修工作，全綫服務陸續恢復正常。

2012年7月23日晚上11時，因颱風韋森特襲港，大埔墟站附近有大樹倒塌，導致電力故障，再加上其他路段亦出現跳電情況，引致東鐵綫全綫暫停服務，共有8列東鐵綫列車受影響。超過一千名乘客受事件影響，被迫在車站大堂過夜。[31]港鐵表示進行搶修關係，未能提供接駁巴士服務，又表示基於安全考慮，未能讓乘客落車。港鐵表示，東鐵綫列車服務在凌晨2時44分回復正常，但由於凌晨列車服務已停止，加上要進行維修工程，不能再發車接載滯留的乘客。逾千名乘客半夜被迫滯留在沙田、大圍等車站，用港鐵提供的紙皮席地而睡，部分則坐在樓梯上休息和打機消磨。[32]

直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全綫恢復通車。但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘綫九龍塘站往油麻地方向的月台上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。港鐵要實施人流管制措施，乘客鼓噪。

港鐵車務營運總管劉天成表示，解釋因天氣惡劣影響，東鐵綫列車服務在凌晨2時44分回復正常，但由於凌晨列車服務已停止，加上要進行維修工程，不能再發車接載滯留的乘客。港鐵亦強調，有廣播通知乘客，並已開放車站給乘客休息，並提供水和洗手間設備。拒絕向受影響的乘客道歉。

原立法會議員鄭家富批評港鐵應變手法差劣，過去立法會曾多次討論港鐵在緊急事故提供接駁巴士的安排，但今次事件反映港鐵仍然準備不足。他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵綫沿綫加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。[33] 不過鄭家富的言論令港鐵工會不滿，指港鐵員工通宵加班照顧乘客。對港鐵職員不公平。

2014年2月9日及18日的十天內，東鐵綫分別於大學站及粉嶺站發生兩宗故障，均造成北區大癱瘓。港鐵車務總監金澤培對事件深表致歉，他指兩次事故損壞的絕緣體，與大學站電纜故障的絕緣體屬同一批次，經調查證實有關絕緣體質素欠佳，令絕緣功能減弱，增加內部短路機會，港鐵會於十天內為所有問題絕緣體，進行全面更換。

2014年4月下旬至5月上旬之間，東鐵綫出現多次故障。[34]

2018年1月11日上午9時25分，由於負責控制東鐵綫TBL 2信號系統的伺服器運作不暢順，轉換使用AWS後備系統，以及由工程人員改用人手操作重新啟動伺服器，但仍不成功。為進行跟進修復，控制中心宣佈暫停東鐵綫全綫列車服務，包括城際直通車也停駛。港鐵向運輸署通報事件及安排了接駁巴士疏導受影響乘客，惟指示不清析引起混亂。服務癱瘓兩小時後在上午11時半才陸續恢復正常。港鐵就東鐵綫事故對乘客造成影響致歉，表示會深入調查事故原因[35]，以及會在收車後將進行深入檢查[36]。及後，港鐵調查發現此次故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟件運作有問題，已要求承辦商加強系統軟件穩定性和盡快完成新軟件測試，不過新軟件最快要1至2個月後才可投入應用[37]。

全綫停駛期間，有3名乘客不滿被困車廂良久但得不到任何救援分別在粉嶺站和火炭站打開車門下車沿路軌離開，隨後職員協助他們從路軌返回月台。港鐵車務營運總管李聖基事後向傳媒表示，有關行為「很危險」[38]。鐵路車務員工協會指有關行為不正確，可能會使故障事件雪上加霜，例如職員須額外時間查找已拉下的開門掣及確保路軌無人才能再讓列車開行，乘客更有可能因濫用車門設施而觸犯《香港鐵路附例》[39][40]。然而2017年4月觀塘綫故障時港鐵卻打開緊急逃生門安排乘客由路軌疏散[41]。

出軌列車現場

2019年9月17日早上8時半，東鐵綫一列港鐵中期翻新列車（E21/E81編組）從旺角東站以時速約30公里駛入紅磡站1號月台期間突然出軌，導致第4、第5及第6卡車廂（613、213、513）偏離路軌，以及第4至第5卡（613、213）車廂之間接駁位斷開，部分車廂的車門因列車脫軌衝力而飛脫，繼1994年後第二宗港鐵載客列車出軌嚴重事故；[註 7][42][43]事故造成8人受傷。[44]受事故影響，東鐵綫紅磡站至旺角東站服務全日暫停，西鐵線屯門至紅磡只有一半班次行駛其餘以南昌站為總站，旺角東站至羅湖站服務維持6分鐘一班，旺角東站至落馬洲站服務維持18分鐘一班，另安排免費接駁巴士往來大圍站至鑽石山站，而19班城際直通車班次取消。[45]港鐵事後發現涉事路軌有4處出現斷裂或裂紋，將成立調查委員會調查事件。2020年3月3日，港鐵公布東鐵綫紅磡站去年9月發生的列車出軌事故調查報告，表示事故起因是出事位置一個道岔的兩條路軌距離，即動態軌距擴闊至超出關鍵水平所致。

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  第5卡車廂之間接駁位斷開
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  港鐵車務總監劉天成到場巡視
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  工程人員利用工具固定移正出軌車卡
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  港鐵利用大型吊臂車的兩條大繩索吊起出軌的第4車卡
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  出軌的第4車卡已移正

2020年2月2日，東鐵綫一列停靠羅湖站的列車被人放置兩顆土製炸彈，企圖迫使特區政府「封關」全面切斷所有與內地的關口，防止2019冠狀病毒病疫情擴散；香港警方形容向恐怖主義行近一大步。[46][47]

2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。有目擊者指出，車站職員曾暫停列車行駛，走入路軌嘗試驅趕唐狗，擾攘約6至7分鐘後，卻未能成功將唐狗帶離路軌，但車站職員卻重啟列車服務。最後該唐狗跑到粉嶺站路軌，遭一列當時駛入月台的城際直通車直接輾斃。多名目擊意外的乘客昨在網上發放事發圖片，質疑港鐵職員為何明知唐狗仍在路軌，仍然重啟列車服務。有媒體就事件向港鐵查詢，港鐵發言人無正面交代唐狗的輾斃原因，以及為何唐狗未離開路軌便重啟列車服務。[48]

有網民發起聯署，要求港鐵交代列車輾斃唐狗意外真相，至8月23日已有逾98000人參加聯署。[49]

直至2015年3月，港鐵公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。

2015年9月，港鐵禁止一名身穿校服女學生攜帶大型樂器乘車引起的風波愈演愈烈，到10月3日有大批示威者到大圍站示威抗議後，有市民在沙田站要求港鐵職員量度內地旅客車上行李，職員同意，呼籲該男女先下車叫車長開車，但男女不信任港鐵職員，要求職員將有關行李帶出車廂量度，男子更站在另一邊車門，用身體擋住車門關上。其間一名男子阻止該男女行為，雙方推撞，並爆發罵戰。列車到達火炭站時，有關人士均被帶下車。網民對事件評價兩極，有人質疑行李尺寸合共175厘米，超過規定的170厘米。亦有人質疑港鐵職員為何不先將該行李拿下車，讓黑衣男女繼續阻礙列車開出。[50]

旺角東至紅磡段於1999年裝設隔音屏障

由於東鐵綫大部分路段位於地上和橋面，結果使九龍西和新界東居民飽受噪音騒擾，其後經九鐵、區議會和環境保護署據理力爭，隔音屏障才能於1991至2001年間開始出現。[51]

雖然東鐵綫於1910年便已通車，毫無疑問早於沿綫所有現存的民居建築落成，即沿綫居民在遷入前都已清楚知道東鐵綫的存在會產生噪音。在受到沿綫部分路段附近居民的投訴後港鐵決定降低東鐵綫部份路段之行車速度，上水站至紅磡站之行車時間被延長6分鐘，非官方港鐵故障消息「MTR Service Update」曾為此事製作短片，列車在其中三路段實施「臨時速度限制」導致車程延長，包括[52]：

• 粉嶺至太和近帝欣苑段：原定車速每小時110公里，被降低至每小時60公里（追車維持正常車速），由2011年3月5日起生效，至另行通知
• 大圍至九龍塘近名城段：原定車速每小時90公里，被降低至每小時70公里，由2012年6月13日起生效， 2020年1月8日起被降低至每小時60公里，已於2020年3月中旬放寛至每小時70公里。
• 旺角東站至九龍塘段，原定車速每小時80公里，被降低至每小時50公里（南方向）/ 每小時40公里（北方向），由2013年11月15日起生效，至另行通知
• 旺角東站至紅磡近旺角東站：原定車速每小時120公里，被降低至每小時50公里，由2012年10月17日起生效，至另行通知

到2016年10月1日起，因應環保署的《噪音管制條例》要求，旺角東站至九龍塘段被收緊至30公里，使每班列車駛過該處時需要多約30秒至2分鐘不等，變相較平日接載少約6000名乘客。[53]惟報章測試後發現，由紅磡至九龍塘站車程時間大增1至6分鐘不等。「MTR Service Update」認為可能會增加乘客候車時間，使一早已十分擠迫的九龍塘站月台更水洩不通。[54]

正因如此，東鐵綫的原先最高速度是每小時120公里，但實際的最高速度經常遠低這個標準（以非繁忙時間為甚，列車在ATO模式下經常惰行慢駛以節省電力）。有時列車的全程最高速度只有每小時100至110公里，而且經常在路上臨時停車，加上減速措施，令全程行車時間不斷拉長，令原本由羅湖至紅磡需要約40分鐘[55]，延長至現時的45分鐘，亦原本由落馬洲站至紅磡需要約42分鐘，延長至現時的50分鐘。有時更需逾一小時。

2009年起，港鐵在上水站一號月台的第二至四卡位置設置落地透明圍板，並加派保安在入閘機前監視，以防水貨客衝閘

位於香港與深圳邊境地區的羅湖站及上水站是攜帶水貨過境的乘客（下稱「水貨客」）每日使用次數最高的車站，有相當數目的水貨客更冒檢控之虞衝過或跳越閘機以避過支付車資[56][57][58]，並且對檢控他們之港鐵職員施以多種暴力襲擊、偶爾更會召集附近的同黨進行圍毆[59]，導致相關職員需告假逾10天療傷。有逃票者故意觸發八達通閱讀器不對重疊起來的八達通卡扣數的安全系統為衝閘製造口實[60]。根據港鐵2008年統計數字顯示，上水站之檢控衝閘數字為東鐵綫其他車站（不包括羅湖站）100倍以上，即每年約過萬宗，平均每日約有30宗於該站發生，每宗成功檢控個案背後亦涉及多於一人犯案，包括水貨客孔武有力之同黨。[61]

為打擊此等行為及杜絕水貨客聯群結隊聚集點貨行為，港鐵已經依照前區局議員程張迎和觀塘區議員施能熊之建議，鎖定於2009年3月1日起於上水站採取出入閘分流措施，在一號月台的第二至四卡位置設置圍欄，分隔上落車之人流，並且於羅湖站由活板閘機更換為九鐵和地鐵早期使用之轉棍閘機，而少數幾部闊閘機亦有職員把守，以防止多名乘客只繳付一名乘客的車資卻同時通過閘機。港鐵公司配合鐵路警區、邊界警區之行動對長期逗留月台之水貨客採取屢勸不聽後處之以罰款港幣2000元。同時港鐵在車站加派職員在入閘機前監視，[62]並聘請了廉政、申訴專員公署和紀律部隊退休員工成立逃票罪行防治組，[63][64]而加強執法以來港鐵錄得了更頻密的職員執勤時遇襲數字。[65]

由於北行列車有兩個總站，羅湖站及落馬洲站。往落馬洲站的班次佔全綫的三分之一，但較少人乘搭。往羅湖站的班次被分薄，導致每班列車更多人。

九龍塘站、沙田站、上水站較繁忙的車站，過境乘客經常擠進車廂，令部份往羅湖站的車廂過於擠迫。上午繁忙時間南行方向由於沒有直通車，加上班次較下午繁忙時間為多，所以車廂擠迫情況尚可接受。

下午繁忙時間受到直通車影響（現時北行有2班）及班次較上午繁忙時間為少，而直通車多數不準時開出，令紅磡站北行列車遲上加遲開出，部份班次相距達7分鐘，再下一班車則可以只相距2分鐘，形成「拖卡」。再加上部份乘客衝門，以致列車車門往往要關上3次甚至更多才成功，令隨後列車延遲到達，尾隨列車不能載上全部乘客，特別是九龍塘站。隨著廣深港高速鐵路香港段投入服務，城際直通車乘客量減少 ，由2019年7月10日起，東鐵綫下午繁忙時間北行直通車將減少一班，或可令下午繁忙時間北行班次略為增加，可望稍為舒緩九龍塘站的人潮[66][67] 。

2020年，受2019新型冠狀病毒影響，由1月30日起所有城際直通車服務暫停，隨後2月4日羅湖站及落馬洲站關閉，令東鐵綫服務不受直通車影響，班次不穩或繁忙時間拖卡問題暫時得以舒緩。

擁有彎曲月台的大學站月台邊緣與車廂間有達10英吋闊度的空隙[68]

港鐵在多個高危車站月台加設「空隙黑點」警示

東鐵綫沿綫大部分均為地面路段，而且是唯一未有設置月台幕門或月台閘門的路綫，因此不時出現跳軌自殺事件，或有乘客非法橫過路軌前往對面月台，導致列車服務受阻。

過去九廣鐵路仍未電氣化前，由於那時的柴油火車速度慢而且班次疏，很多人會直接橫過路軌，雖然九廣鐵路局已在路軌旁竪立警告牌，警告市民切勿貪一時之便在路軌上行走，但仍無阻人們違規橫過路軌。據當時報章報道，在1977年有10人死於火車意外，25人受傷；在1978年的9個月內，有4人被柴油火車輾斃，其中3宗在沙田發生。隨着1970年代末新界東部多個大型新市鎮急速發展，人口增長迅猛，老舊的柴油火車服務已經無法滿足需求，再加上舊式鐵路的安全問題，火車電氣化已經逼在眉睫。[69]

惟在九廣鐵路電氣化後，由於全綫不設月台幕門或閘門，乘客意外墮軌或跳軌自殺事件不絕於耳。在2016年10月31日，83歲老婦在羅湖站月台步出車廂時不慎由月台空隙踏空墮下路軌，右手受傷，幸傷勢無礙。有關相片在網上廣傳，引起市民對港鐵月台安全的關注。2017年3月24日一名60多歲老翁在上水站墮軌並被列車輾過，身體斷成三截不治，同年6月11日一名任職中學教學助理的24歲女子疑不堪工作壓力在大圍站跳軌自殺死亡[70]，公眾擔憂本綫淪為「自殺天堂」。部分月台又由於設計問題造成月台邊緣與車廂之間的空隙特別闊，在2011年和2016年分別有一名20多歲少女、一名3歲男童和一名老婦不慎從車廂與月台間空隙墮下路軌。[71][68]

港鐵表示已特別在東鐵綫各站採取相應措施，包括在月台邊緣加設照明閃光提示乘客、加裝膠條縮窄空隙、貼上大型提示標語、安排月台助理和以廣播提醒乘客小心空隙，但長遠需要等到沙田至中環綫項目落成，採用車身較闊的新列車即港鐵東鐵綫現代列車及加裝月台伸縮踏板，才可解決月台空隙問題。[72]由於東鐵綫本身歷史悠久，月台無法承受五百公斤閘門帶來的額外重量，故此需要加固月台，如以鋼製強化支架支撐。[73]在立法會鐵路事宜小組委員會上港鐵概括指出加裝月台閘門的困難包括月台結構的限制、現有信號系統和列車的限制以及月台空隙較闊帶來的安全風險，綜合各個因素後港鐵公司認為同步進行沙中綫計劃和在東鐵綫加裝自動月台閘門的工程是較理想的方案。[74]

在1999年8月之前，由於屠房設於市區，因此運載牲口的貨卡需前駛經沿線各站。每日平均有30個車卡運載牛、豬及羊來港（列車通常在中午前夕進入香港），使乘客及居民受到「豬車」氣味困擾。直到區域市政局（現改為食物環境衛生署）上水屠房於2000年1月啟用後，問題終於得以解決。[75]

雖然大部分東鐵綫全綫車站洗手間已經在2015年至2016年翻新，廁所都只提供座廁，但是東鐵綫少部分廁所設計非常狹窄和使用率甚高，引致部分廁所衛生問題日益嚴重，結果有時廁所臭氣沖天情況間中出現惡化。

2018年，香港大學最新研究發現，東鐵綫扶手細菌抗藥性基因最高，透過深圳過境乘客不斷轉乘而散播社區抗藥菌至全港。馬鞍山綫（現為屯馬綫一期）檢測出的耐藥性細菌含量亦幾乎與東鐵綫相同。[76]

由於東鐵綫早期車廂設計非常狹窄，導致大圍站、沙田站和粉嶺站成為前往九龍方向的人流瓶頸位「重災區」，而此情況於大老山隧道巴士線投入服務後才顯著改善。2014年立法會文件披露東鐵綫最繁忙路段載客率和客量，若以每平方米四人站立密度計算，得出100%飽和的載客率，現時客量達5.87萬人次。[77]

1989年，九廣鐵路曾有興建過海鐵路的計劃，把九廣鐵路英段由旺角站延長，以地底隧道方式經何文田站及黃埔站，過海到達香港島的炮台山站，再連接維多利亞公園及中環至灣仔填海區，為當時的「第三條過海鐵路」計劃[78]，預計在1998年前落成。但根據同年發表的《香港運輸政策綠皮書》，政府屬意將觀塘綫延伸至炮台山站作為第三條過海鐵路。隨著香港機場核心計劃落實，政府於翌年決定以機場鐵路作為第三條過海鐵路，九廣鐵路英段過海的計劃便取消了。

計劃於落馬洲站和上水站之間的古洞興建古洞站，並接通未來的港鐵北環綫，舒緩由上水一帶前往屯門和元朗一帶的多重轉車問題。

隨著九廣鐵路於2002年得到沙田至中環綫的發展權，便於2004年重提使用沙田至中環綫過海段改為以九廣東鐵（今東鐵綫）過海的計劃。根據2008年沙中綫的最新建議，香港政府將會興建第四條過海鐵路，並租予港鐵公司營運，以接駁現時的紅磡站以及港島北岸。屆時東鐵綫南行列車會在駛經紅磡站後，會途經建於灣仔北地底的會展站，最後和現有的金鐘站交匯。行政長官會同行政會議於2012年3月27日批准進行沙田至中環綫鐵路項目，項目於同年6月22日啟動工程。惟先後受2018年沙中綫偷工減料醜聞；2019年11月反對逃犯條例修訂草案運動的大三罷行動中，本綫大學站附近的設施受嚴重破壞影響，新信號系統更新工程有阻延影響；後又受2020年1月底起2019冠狀病毒病疫情影響物料到港時間的不同因素影響，沙田至中環綫過海段（即紅磡至金鐘段）預計延至2022年通車。[79]目前，東鐵綫延伸部分除會展站外已達致「軌通」的目標，並正安裝各式機電裝置。

由於受到香港島地理環境所限，香港島的車站不能建得太長；東鐵綫會由現在12卡列車縮減到9卡列車，並由新列車行走[80][81]。

東鐵綫自通車以來都沒有安裝月台門，港鐵曾表示加裝閘門工程需要配合沙田至中環綫通車和新購置的列車港鐵東鐵綫現代列車，以及需進行月台加固工程以承托閘門重量。而東鐵綫部分車站月台與列車之間的空隙較大或高度相差較大，需要通過加裝月台伸縮踏板以解決問題。港鐵曾于2008年在羅湖站試驗加裝月台伸縮踏板，但試驗效果不理想并在月台加固工程時拆除，現已改為與加建月台閘門工程一并進行。港鐵同時會把月台、各種標誌、告示及廣播進行「港鐵化」。港鐵初時預計2020年全面完成[82][83][84][85][86][87][88][89][90]，馬場站將率先進行，[91]為東鐵綫加裝月台閘門揭開序幕。

港鐵在2016年5月16日公佈東鐵綫過海延綫車站建造月台幕門、現有車站加建自動月台閘門以及旺角東站、大學站和羅湖站加建月台伸縮踏板的工程合約以511,666,066元批出給深圳市方大自動化系統有限公司[92][93]，是截至2020年全球單個合同金額最大、全亞洲難度最大的月台門工程，為港鐵首次將月台門合約批給中國大陸承辦商[94]。現時東鐵綫月台加固和平整工程已大致完成，預計將於2021年下半年結束混合車隊營運後，方可開始安裝月台閘門，可能要待至2022年1月初全面完成。而東鐵綫過海延綫的金鐘站和紅磡站新月台已完成月台幕門的安裝、測试及验收工作。整個工程完成後，標誌著港鐵整個鐵路系統所有車站（輕鐵、城際直通車红磡站、高铁香港西九龙站除外）均設有月台閘門或幕門。

多家傳媒在2019年12月報道深圳當局開始重新規劃罗湖口岸的設計，建議把港鐵東鐵綫北延過深圳河，以及預留接口位置與香港在內地做「一地兩檢」，改變現時兩地兩檢的通關模式。港府表示未有接獲深圳市政府有關部門建議，待接獲深圳方面提出的正式建議後，有關部門會研究建議的可行性及效益[95][96]。

• 和合石支線：和合石站（全線已關閉及清拆）
• 沙頭角支線：粉嶺站、洪嶺站、禾坑站、石涌凹站、沙頭角站（粉嶺站的九廣鐵路主線部分仍然運作，整條沙頭角支線除粉嶺站、洪嶺站車站建築外其餘部分均已清拆）
• 九廣鐵路（英段）（主線）：舊大埔墟站、大埔滘站、舊尖沙咀站
• 尖沙咀支線：尖東站（已撥歸西鐵綫）

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