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大批市民和示威者經陸路及鐵路等進入赤鱲角，交通嚴重擠塞[6]，部分更被示威者設路障封鎖[7]。另外機場多個出入口亦被示威者封鎖[8]，旅客受影響[9]。下午至傍晚，防暴警察清場[10]，有示威者徒步經北大嶼山公路[11]和青馬大橋[12]撤離機場[13]。

示威者撤離機場後抵達東涌，展開另一輪示威行動，包括扯下、踐踏、焚燒東涌游泳池的中华人民共和国國旗[14]；至於建制派立法會議員周浩鼎的東涌辦事處亦被破壞，大門被毀，一片凌亂[15]。

另外全港不同地方亦有示威，全日至少12個車站受破壞，包括青衣站入閘機被破壞、東涌站入閘機和售票機被破壞、多處水浸和控制室受損等[16]，亦有雜物被拋落路軌，導致機場快綫、東涌綫[17]、迪士尼綫[18]等全線暫停。港鐵表示被毀車站翌日或未能重啟[19]。

一批防暴警察亦在晚上進入東涌站清場，登上列車截查乘客[20]，但並沒有發現後離開[21]，期間阻礙記者拍攝。亦有警察在中環碼頭截查落船市民[22][11]，期間帶走多人疑是經水路離開機場的示威者。

晚上，大批警員在大圍站一帶截查市民，沙田區議員李世鴻高呼一句「黑警暴打市民可恥」後，遭警方指揮官按下，其後多名防暴警員用身體壓向他，被送到田心警署。警員同時以涉嫌「襲警」拘捕一男一女，兩名男警務人員報稱分別胸痛及手部受傷，其後有市民聲援，包圍田心警署[23][24]。

警方於9月6日在粉嶺拘捕一名22歲，報稱太陽板技術員的姓黃男子，涉嫌「參與暴動」，「刑事毀壞」，「串謀侮辱國旗」，「串謀縱火」，「縱火」，「藏有攻擊性武器」及「藏有仿製槍械」。9月7日上午在九龍城裁判法院提堂。被告被控於2019年9月1日，在東涌游泳池內無合法辯解而損壞屬於康文署的旗桿金屬蓋、旗桿繩及閉路電視鏡頭，並與兩名不知名人士串謀公開並故意以焚燒方式侮辱國旗。他另被控於同日在東涌游泳池附近範圍，無合法辯解而用火損壞一些橫幅、雜物及水馬圍欄。而警方於該男子住所內繳獲一支伸縮警棍及一把懷疑仿製槍械。裁判官拒絕該被告保釋，認為案件嚴重，被告有機會不依期歸柙，本案仍有其他在逃人士，而證據亦強而有力。案件押後至11月15日於西九龍裁判法院再訊，以待警方進一步調查，期間被告需還柙候訊。[29]

9月1日，警方在港鐵大圍站外拘捕沙田區議員李世鴻，並將他帶返田心警署調查。據沙田區議員丘文俊引述街坊轉述，李世鴻因不滿警方的截查和拘捕行動，在現場大聲叫囂，引致在場其他人士鼓譟，被警方以涉嫌「在公眾地方行為不檢」拘捕。[30]9月2日獲保釋。[31]而在警方截查行動中拘捕了的1男1女（女被告姓盧，42歲，男被告姓利，32歲，2人均報稱文員），經律政司批准，警方落案起訴2人「襲警罪」。2020年3月1日在沙田裁判法院提堂，他們各准以現金5000元保釋，並要守宵禁令、不得離港和到警署報到等條件。[32]到同年9月7日，署理主任裁判官溫紹明發現5名警員證人中，當中4人的供詞與辯方片段不符。4人在盤問下，承認早前的證供與辯方片段或有不符之處。有警員承認女文員可能只是意外撞擊，而非有意襲擊。裁判官也對警員表示當時無必要推撞被拘捕的1男1女，也無需要在照明充足的環境下使用電筒照向人群。[33]到9月16日，裁判官裁定一男一女襲警罪不成立，並獲訟費。裁判官指案發地點並非示威現場，假如警員能冷靜處理，可避免衝突。[34]