普濟殿

臺灣清治時期，康熙二十五年（1686年），寺廟初次重建落成，由坐南朝北改為坐北朝南[6]。為臺南府城最早的王爺廟[5]。

康熙末年陳文達《臺灣縣志》載：「竹林寺，堂祀觀音。周圍環以竹，遍植花果；寺雖窄狹，別具幽雅之致。」，並記寺廟在鎮北坊，石萬壽研究此「竹林寺」當即普濟殿原名，或其別稱。[9]

乾隆十一年（1746年），石文耀等人發起重修。嘉慶二十二年（1817年），石克纘等人再度發起重修。單龍盤柱為嘉慶戊寅年所落款[8]。當時北港朝天宮開山住持-樹壁禪師 ( 臨濟正宗第34代) 的再傳弟子 邇蓮禪師(臨濟正宗第41代) 任普濟殿主持[8]，出資取得寺廟右側土地，用以加蓋偏殿。邇蓮禪師圓寂後，同屬樹壁禪師法脈之瑞芳禪師(臨濟正宗第43代) 於道光、嘉慶年間任普濟殿住持。[6]

寺廟內有塊嘉慶二十四年（1819年）的〈重興碑記〉刻：「禁：大殿前埕，理宜潔淨，毋許積科以及演唱影戲…」可見證嘉慶年間臺灣府城已有皮影戲活動[10]。該碑還刻寫：「蓋聞蓮花片座，鍾靈嘗吸夫日星，貝葉半笥，護法必防乎風雨。維扶輿之所結，為法界之攸宜。北魏則一萬三千，罔非式廓；南朝則四百八十，亦係卜臧。曩者因王戾止，普濟名殿。」[9]

咸豐五年（1855年）的〈普濟殿重興碑記〉，記有捐款為石鼎美、黃謙記、蔡振益、陳合成、黃邦記、吳昌記、魏茂源、林致和。其中石鼎美即石時榮，在清嘉慶年至同治年間，府城的大小公眾事務捐輸都能見其紀錄，建有石鼎美古厝。[11]

清末時，此廟為負責佛頭港、新港墘港、兌悅門等地治安的七合境之一，財力為成員中最大，境主廟則是老古石集福宮[12]。

普濟殿的石碑

臺灣日治時代的二十世紀初，此殿設有名為「鏞鏘社」的京劇團[13]。

廟頂上的剪黏為洪坤福作品[8]。

昭和十七年（1942年），粗糠崎土地公廟被廢後，廟中神像被安置於普濟殿內[3]。

在日治末期，遭盟軍轟炸，廟前拜亭毀損[6]。同年，1944年，新營太子宮與普濟殿中斷交陪境[14]。

普濟殿元宵花燈

1945年，寺廟再次發起重修；1974年又再度重修，始成今貌，其正殿與偏殿大門開口方向相左，較為特殊[6]。潘麗水曾在此殿繪畫門神[15]。

1966年後，聖君廟法主公神像安置於普濟殿內[3]。

約1990年代，殿方開始會在池府千歲聖誕舉行救濟貧困，此後多年來未曾間斷。每年有三次救助活動，分別在農曆六月八日的池府王爺聖誕、農曆三月十八日的張府聖君聖誕、農曆九月十九觀音菩薩的聖誕日。[2]

2011年，台南大天后宮舉辦遶境，新營太子宮與普濟殿恢復中斷六十多年的交陪境[14]。

2013年，台南市政府嚴厲管制廟會只能在神轎進出廟各放一串鞭炮、晚上十時後不可製造噪音，引發兩極反應，廟方人員與市議員謝龍介因而抗議市長賴清德[16]。

2014年起，廟方在台灣元宵節前後舉行創意彩繪花燈比賽，次年臺灣網友票選為普濟殿的元宵燈會為全台灣春節十大必看燈會之一[17]。

2015年臺南市登革熱疫情，殿方依照古禮點雄黃、起硫磺、灑淨水、驅瘟疫，並以「蜘蛛八卦穴」為中心，向外各大街小巷皆佈連炮進行除疫儀式。殿方解釋此些儀式為祖先常用，或許不具科學根據，但至少讓市民心安。[18]